STEGANOGRAFI TEKS PADA FILE DNA BERFORMAT FASTA DENGAN METODE DNA REKOMBINAN
ARIF RAMADHAN
DEPARTEMEN ILMU KOMPUTER FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2010
STEGANOGRAFI TEKS PADA FILE DNA BERFORMAT FASTA DENGAN METODE DNA REKOMBINAN
ARIF RAMADHAN
Skripsi Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana Komputer pada Departemen Ilmu Komputer
DEPARTEMEN ILMU KOMPUTER FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM INSTITUT PERTANIAN BOGOR BOGOR 2010
ABSTRACT ARIF RAMADHAN. Text Steganography in Fasta-formatted File of DNA using Recombinant DNA Method. Under the guidance of SHELVIE NIDYA NEYMAN and DIMAS ANDRIANTO. Steganography is a technique of inserting information into a media. This technique focuses on removing suspicion of storage media messages. Hiding information with this technique usually is performed in media images, sounds, and text documents. Those media are already common for use as storage media messages, which has low capacity and stood by people. This is a problem that will lead to greater suspicion on such media.The solution is then offered to find new media that has a high level of random, hard to understand and has a large capacity. This study discussed the application of steganography in the media Fasta-formatted file of DNA using recombinant DNA. Insertion was done by replacing certain parts of DNA sequences of DNA on file with the message. The message that would be inserted first converted into the form of DNA sequences.The performance of the insertion of messages with recombinant DNA method was tested by analyzing the properties of steganography that were imperceptible, fidelity, recovery and analysis of safety. Testing the quality of a DNA file was done by using BLAST as a tool to determine the similarity of DNA sequences located on the internet. The results showed that the insertion of recombinant DNA method provides a vague presence of a message, to make the process of extracting the message and producing good quality media. Thus steganography in Fasta-formatted file of DNA using recombinant DNA method is a good solution as the new media that has a high level of random. Keywords: steganography, fasta, DNA recombinant, BLAST
Judul Nama NIM
: Steganografi pada File DNA Berformat Fasta dengan Metode DNA Rekombinan : Arif Ramadhan : G64063186
Menyetujui: Pembimbing I
Pembimbing II
Shelvie Nidya Neyman, S.Kom., M.Si. NIP 19770206 200501 2 002
Dimas Andrianto, S.Si., M.Si. NIP 19831119 200912 1003
Mengetahui: Ketua Departemen Ilmu Komputer,
Dr. Ir. Sri Nurdiati, M.Sc. NIP. 19601126 198601 2 001
Tanggal Lulus:
RIWAYAT HIDUP Penulis dilahirkan pada tanggal 4 Mei 1988 di Jakarta sebagai anak pertama dari dua bersaudara dari Nurbaiti. Pada tahun 2003, penulis menempuh pendidikan menengah atas di SMA Negeri 5 Tangerang dengan masuk pada program IPA dan lulus tahun 2006. Pada tahun yang sama penulis diterima sebagai mahasiswa Departemen Ilmu Komputer, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor melalui jalur Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru (SPMB). Pada tahun 2008, penulis pernah menjadi juara lomba film pada acara G-ACTION dan juga pernah menjadi koordinator seksi acara pada acara IT TODAY 2008. Pada tahun 2009, penulis melaksanakan kegiatan praktik kerja lapangan di Mabes Polri dengan judul “Pembuatan Website Polri”.
PRAKATA Puji dan syukur penulis ucapkan kepada Allah SWT yang telah memberikan rahmat dan karuniaNya sehingga penulis dapat meyelesaikan tulisan ini. Tidak lupa shalawat dan salam penulis ucapkan kepada junjungan besar kita Nabi Muhammad SAW yang telah memberikan banyak teladan bagi penulis, Tulisan ini dapat diselesaikan olah penulis setelah melalui banyak hambatan. Karena itu, penulis ingin mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu penulis, diantaranya : 1
Ibu, Adik dan seluruh keluarga besar atas doa, dukungan, motivasi dan pengorbanan yang diberikan
2
Ibu Shelvie Nidya Neyman, S. Kom., M. Si. dan Bapak Dimas Andrianto S.Si., M.Si. atas bimbingan dan arahan yang diberikan selama pengerjaan tugas akhir ini
3
Bapak Hendra Hermawan S.Kom., M.T. sebagai mederator seminar dan dosen penguji pada ujian akhir penulis
4
Seluruh responden atas kesediaannya mengisi kuisioner penulis
5
Doris, Reddy, Inez, Dewi, Syamsul sebagai teman bimbingan bersama dan tempat bertukar pikiran
6
Seluruh teman-teman ilkomerz 43. Terima kasih untuk semua saat yang menyenangkan yang diberikan kepada penulis
7
Musthofa, Wildan, Arief, Rendy, Hendro, Akbar, Doris, Hizry, Aan, Eko sebagai teman dota bersama, bermain bersama, sekaligus sahabat terbaik penulis
8
Keluarga besar cemara, Ade, Farid, Roy, Danan, Fiul. Terima kasih telah menjadi teman dan sahabat penulis
Penulis juga mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu selama pengerjaan penyelesaian tugas akhir ini yang tidak dapat disebutkan satu per satu. Semoga penelitian ini bermanfaat.
Bogor, November 2010
Arif Ramadhan
DAFTAR ISI Halaman DAFTAR TABEL....................................................................................................................................v DAFTAR LAMPIRAN............................................................................................................................v PENDAHULUAN Latar Belakang ....................................................................................................................................1 Tujuan Penelitian ................................................................................................................................1 Manfaat Penelitian...............................................................................................................................1 Ruang Lingkup ....................................................................................................................................1 TINJAUAN PUSTAKA Steganografi.........................................................................................................................................1 Deoksiribose Nukleic Acid (DNA).......................................................................................................2 DNA Rekombinan...............................................................................................................................2 Enzim...................................................................................................................................................2 Sequence Alignment.............................................................................................................................3 Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)....................................................................................3 Fasta.....................................................................................................................................................3 Linear Congruential Generator (LCG)...............................................................................................4 METODE PENELITIAN Tahap Penyisipan Pesan.......................................................................................................................5 1 Pencarian Fragmen.....................................................................................................................4 2 Pengonversian Pesan..................................................................................................................5 3 Penghitungan Jumlah Fragmen Terpakai...................................................................................5 4 Pembangkitan Nilai Acak Awal.................................................................................................5 5 Pembuatan Marker Pesan...........................................................................................................5 6 Pengacakan Posisi Fragmen.......................................................................................................5 7 Pemotongan Pesan.....................................................................................................................5 8 Pembuatan Fragmen Terakhir....................................................................................................5 9 Pembuatan Fragmen Pesan........................................................................................................6 10 Penyisipan Fragmen Pesan.......................................................................................................6 Tahap Ekstraksi Pesan.........................................................................................................................6 1 Pembangkitan Marker................................................................................................................6 2 Pencarian Fragmen.....................................................................................................................6 3 Pembangkitan Urutan Fragmen.................................................................................................6 4 Penyatuan Pesan.........................................................................................................................6 5 Pengonversian Sekuen DNA menjadi Pesan.............................................................................7
iv
HASIL DAN PEMBAHASAN Analisis Imperceptible.........................................................................................................................7 Analisis Fidelity ..................................................................................................................................8 Analisis Recovery.................................................................................................................................9 Analisis Keamanan..............................................................................................................................9 KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan........................................................................................................................................10 Saran..................................................................................................................................................10 DAFTAR PUSTAKA.............................................................................................................................10 DAFTAR GAMBAR Halaman 1 Skema Proses Steganografi...................................................................................................................2 2 Rekombinan DNA dengan Plasmid......................................................................................................2 3 Struktur Enzim HaeIII...........................................................................................................................3 4 Tahap Penyisipan Pesan........................................................................................................................4 5 Tahap Ekstraksi Pesan...........................................................................................................................6 6 Diagram Hasil Kuisioner.......................................................................................................................8 7 Grafik Jumlah Karakter Terhadap Nilai Query Coverage....................................................................8 DAFTAR LAMPIRAN Halaman 1 Contoh Tahap Penyisipan Pesan.........................................................................................................12 2 Contoh Tahap Ekstraksi Pesan............................................................................................................13 3 Kuisioner.............................................................................................................................................14
v
PENDAHULUAN Latar Belakang Informasi, khususnya yang hanya dapat diakses oleh orang-orang tertentu, merupakan hal yang penting dan dijaga kerahasiaanya. Demi menjaga kerahasiaan informasi, perlu dilakukan pengamanan. Salah satu cara yang dilakukan untuk mengamankan informasi adalah dengan teknik steganografi. Steganografi merupakan teknik pengamanan informasi dengan menyisipkan informasi ke dalam sebuah media tanpa menimbulkan kecurigaan. Pada umumnya steganografi dilakukan pada media gambar, musik, video dan teks. Penyembunyian pada media digital pernah diteliti sebelumnya oleh Andiniarti pada tahun 2009 yang berjudul “Implementasi Steganografi pada Media Teks dengan Metode Line-Shift Coding dan Metode Centroid”. Penelitian tersebut menggunakan file berformat postscript (*.ps) sebagai tempat penyimpanannya. Namun, penelitian tersebut memiliki kelemahan yaitu mempunyai kapasitas yang rendah. Pada penelitiannya, Andiniarti hanya bisa menyisipkan bit pesan sebanyak baris genap pada media penyimpanan. Selain masalah kapasitas, keumuman suatu media sebagai tempat penyimpanan dan pemahaman suatu file juga merupakan suatu masalah lain. Pemahaman tentang suatu file dan keumuman file merupakan salah satu alasan seseorang mencurigai media penyimpanan. Oleh karena itu, perlu dilakukan penyembunyian di media baru. Media yang diharapkan adalah media yang memiliki tingkat acak yang tinggi, mempunyai kapasitas yang tinggi dan tidak mudah untuk seseorang menyadari perbedaan asli dan tidaknya. Media tersebut adalah file berformat fasta. Fasta merupakan format file yang berisi sekuen DNA. Sekuen DNA merupakan sesuatu yang sifatnya sangatlah acak dan secara visual terlalu sulit untuk orang menyadari asli atau tidaknya. Penelitian ini berfokus pada penyembunyian informasi dengan file DNA sebagai media penyimpanannya. Penyisipan informasi ke dalam file berformat fasta dilakukan dengan menerapkan metode DNA Rekombinan. Untuk mensimulasikan konsep ini, dibuat juga sebuah program penyisipan dan pengekstraksian pesan.
Tujuan Penelitian 1
Mengimplementasikan teknik steganografi pada media file DNA berformat fasta
2
Menerapkan metode DNA rekombinan sebagai metode penyisipan pesan dalam file DNA
3
Membandingkan mutu file DNA sebelum dan sesudah disisipkan pesan
4
Menghitung kapasitas ditampung suatu file DNA
5
Mengetahui tingkat kecurigaan terhadap file DNA yang telah disisipi pesan
yang
dapat
Manfaat Penelitian Manfaat dari penelitian ini adalah mengetahui kinerja dari metode penyisipan pesan dengan DNA rekombinan pada media file DNA berformat fasta serta diharapkan dapat menjadi sebuah metode baru dalam penyisipan pesan. Ruang Lingkup 1. Data DNA telah terekstraksi dan berbentuk file berformat fasta yang didapatkan dari situs resmi National Center for Biotechnology Information (www.ncbi.nlm.nih.gov) 2. File DNA berformat fasta dengan struktur berstandar internasional 3. Teknik yang digunakan untuk penyisipan pesan adalah metode DNA Rekombinan 4. Metode DNA Rekombinan yang dilakukan tidak mempertimbangkan efeknya kepada organisme secara langsung, melainkan hanya menerapkannya pada file DNA 5. Enzim yang digunakan dalam metode DNA Rekombinan adalah HaeIII 6. Pesan yang dapat disembunyikan berupa teks berformat ASCII TINJAUAN PUSTAKA Steganografi Steganografi adalah seni dan ilmu menyembunyikan informasi dengan menyisipkan pesan ke dalam pesan lainnya yang nampaknya tidak berbahaya. Steganografi berarti "tulisan tersembunyi" dalam bahasa Yunani. Tujuan dari steganografi adalah
1
menyembunyikan keberadaan dari sebuah pesan dan membuat sebuah komunikasi tersembunyi. Berdasarkan tujuannya, dapat dikatakan bahwa steganografi adalah kebalikan dari kriptografi yang tujuannya adalah menyembunyikan isi dari pesan (Cachin 2005). Ada beberapa properti yang digunakan dalam steganografi, yaitu: 1
Embedded message (hidden text) : pesan yang disembunyikan
2
Cover-object (cover text) : pesan yang digunakan untuk menyembunyikan embedded message
3
Stego-object (stego text) : pesan yang sudah berisi pesan embedded message
4
Stego-key: kunci yang digunakan untuk menyisipan pesan dan mengekstraksi pesan dari stego text
Properti tersebut masuk dalam proses steganografi secara langsung. Skema proses steganografi dapat dilihat pada Gambar 1. Key Cover object
Key Stego-text
Fungsi Penyisipan
Embedded text
Deoksiribose Nukleic Acid (DNA) Seluruh bagian kehidupan, termasuk manusia, mengandung sebuah molekul yang membawa kode genetik dari kehidupan, molekul tersbut adalah DNA. Molekul DNA berupa helix ganda yang terbuat dari dua untai dari empat dasar yaitu Adenin, Guanin, Sitosin (Cytosine) dan Timin. Bentuk dari molekul DNA, ditemukan pada tahun 1953 oleh Watson dan Crick (Wendell 2003). DNA Rekombinan DNA rekombinan merupakan bagian DNA yang dibentuk secara buatan dan berasal dari dua atau lebih sumber yang kemudian disatukan menjadi sebuah molekul tunggal. Di lain pihak, teknologi DNA rekombinan adalah sebuah teknik untuk membuat DNA rekombinan. (Tortora 2005) Metode DNA rekombinan dimulai dengan mengambil DNA dari kedua sumber yang memiliki endonuklease yang sama. Enzim restriksi memotong fragmen pada ujungnya. Fragmen tersebut kemudian digantikan dengan fragmen baru yang diapit enzim yang sama. Proses tersebut dapat dilihat pada Gambar 2.
Fungsi Ekstraksi
Embedded text
Gambar 1 Skema Proses Steganografi. (Pfitzmann 1996) Sebuah informasi disisipkan ke dalam cover-object dengan fungsi penyisipan. Fungsi penyisipan dilakukan dengan menggunakan key tertentu sehingga menjadi stego-object. Untuk mendapatkan kembali informasi pada stego-object dibutuhkan fungsi ekstraksi dan sebuah key. Suatu steganografi dikatakan baik apabila memenuhi syarat-syarat sebagai berikut: 1
Imperceptible, di saat keberadaan pesan rahasia tidak dapat dipersepsi oleh indrawi
2
Fidelity, di saat mutu cover-object tidak jauh berubah akibat embedded
3
Recovery yang berarti data yang disembunyikan harus dapat diungkapkan kembali
Gambar 2 Rekombinan DNA dengan Plasmid. (Saeb et al 2007) Enzim Enzim adalah pemercepat sebuah reaksi yang terjadi tanpa melibatkan adanya perubahan kimia secara permanen. Enzim tidak dapat habis dalam reaksi dan tidak muncul dalam produk hasil reaksi. Ada beberapa jenis enzim, salah satunya adalah enzim restriksi. Enzim restriksi adalah enzim yang menyerupai sebuah gunting molekuler yang memotong DNA menjadi bagian-bagian pada daerah tertentu dalam rangkaian. Enzim menurunkan DNA asing dengan memotong area yang mengandung rangkaian tertentu dari nukleotid. Sebuah enzim restriksi melakukan pengamatan jarak dari sebuah molekul DNA. 2
Ini dilakukan untuk mencari pola dari nukleotid yang merupakan rangkaian pengenalan pada enzim. Ketika menemui sekuen tertentu yang dikenali oleh enzim, biasanya empat hingga enam nukleotid, enzim akan mengikatnya ke molekul DNA dan melakukan pemotongan di tiap dua gula fosfat pada helix ganda. Ketika pemotongan telah dilakukan, molekul DNA akan terpotong menjadi bagian-bagian. Sebuah enzim restriksi selalu memotong DNA pada rangkaian yang ia kenali (Vento,Gillum 2005). HaeIII merupakan salah satu enzim restriksi. Enzim ini berasal dari bakteri Haemophilus aegypticus. HaeIII memiliki struktur yang sederhana sehingga keberadaannya mudah ditemukan di berbagai rangkaian DNA. HaeIII memiliki struktur GG*CC. Struktur HaeIII dapat dilihat pada Gambar 3.
Gambar 3 Struktur Enzim HaeIII. (Hunt 2003) Sequence Alignment Dalam bioinformatika, Sequence alignment adalah sebuah cara mengurutkan sekuen DNA, RNA atau protein untuk mengidentifikasi daerah kemiripan yang mungkin menjadi sebuah konsekuensi hubungan fungsional, struktural atau evolusioner antar sekuen. Aligned sequence sisa dari nukleotida dan asam amino merepresentasikan baris dari sebuah matriks. Celah yang terbentuk dimasukkan antar sisa sehingga kemiripan karakter disejajarkan dalam kolom yang sesuai (Lesk 2002).
database sekuen publik, dan kemudian memasukkan sekuen ke dalam textbox pada situs BLAST. Pencarian dilakukan di NCBI database dan server, dan hasilnya ditampilkan pada browser dalam format yang telah ditentukan. Penemuan sebuah sekuen yang mirip dari query dalam database, berguna untuk mendapatkan beberapa kemungkinan apakah alignment tersebut baik dan apakah menggambarkan sebuah hubungan biologikal yang mungkin terjadi, atau apakah kemiripan yang diamati adalah diakibatkan oleh kemungkinan itu sendiri. BLAST menggunakan teori statistik untuk menghasilkan sebuah bit angka dan expected value (e-value) untuk tiap pasangan alignment. E-value (nilai harapan) mengindikasikan arti statistik sebuah pasangan alignment dan merefleksikan ukuran dari database dan penilaian sistem yang digunakan. Jumlah dari alignment dengan nilai yang ekuivalen atau lebih baik dari nilai yang didapat dari proses alignment secara kasar, yang mengharapkan angka pada database dapat dicari oleh kemungkinan. Semakin rendah nilai dari evalue, maka semakin besar kemiripan yang terjadi. Selain e-value, BLAST juga menghasilkan nilai query coverage. Nilai ini merupakan nilai yang dihasilkan dari pembandingan antara query atau file inputan dengan hasil yang ditemukan dari database server. Query coverage adalah persentase dari query yang sama dengan yang ada di database. Sebuah sekuen DNA dikatakan sama apabila query coverage bernilai 100 % dan evalue bernilai 0,0. Sebuah sekuen DNA dikatakan semakin mirip apabila query coverage bernilai mendekati 100% dan e-value mendekati 0,0.
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
Fasta
Basic Local Alignment Search Tool adalah sebuah alat yang paling sering digunakan untuk menghitung kemiripan suatu sekuen. BLAST ada dalam berbagai variasi penggunaan dengan perbedaan query sekuen terhadap database yang berbeda (Maden 2003).
Fasta merupakan algoritme pertama yang digunakan secara luas untuk mencari kemiripan sekuen protein dan DNA pada database. Fasta juga berarti sebuah format file untuk sebuah sekuen asam nukleotida atau protein (NCBI 2010).
Cara yang paling banyak digunakan dalam penggunaan BLAST adalah dengan memasukkan sebuah sekuen nukleotida atau protein sebagai query terhadap seluruh
Fasta merupakan sebuah format file yang berisi sekuen nukleotida atau protein. Struktur format file ini terdiri atas dua bagian. Bagian pertama merupakan bagian header file yang 3
berisi keterangan dari sekuen DNA berupa karakter angka, karakter huruf kecil dan karakter huruf besar. Bagian ini dimulai dengan simbol > dan dipisahkan dengan simbol | dan berjumlah satu baris. Header file tersebut digunakan sebagai identitas bagi suatu struktur. Bagian kedua merupakan bagian isi yang terdiri dari 70 pasang basa setiap barisnya. Pasang basa yang dimaksud pada file berformat ini berupa karakter A,C,G, atau T.
dengan memberikan masukan berupa file DNA dan pesan teks. Secara garis besar ada beberapa langkah yang dilakukan dalam melakukan tahapan ini yaitu pencarian fragmen, pembuatan fragmen pesan, dan penyisipan pesan. Tahapan penyisipan pesan dapat dilihat pada Gambar 4. File DNA Pesan
Linear Congruential Generator (LCG) Linear Congruential Generator (LCG) merupakan suatu metode pembangkitan bilangan acak yang paling banyak digunakan di dunia, tapi sudah mulai digantikan dengan metode baru. Kekuatan dari pembangkitan dengan metode ini adalah kecepatannya dalam melakukan pemrosesan karena hanya menggunakan sedikit langkah. Hal inilah yang membuat metode ini banyak digunakan dalam aplikasi penyisipan (Lomont 2008).
Pencarian Fragmen
Konversi Pesan
Penghitungan Jumlah Fragmen Terpakai Pembangkitan Nilai Acak Awal
Rumus dari metode ini yaitu :
X n1=a X nb mod m Xn+1 :
angka random
Xn
: angka random sebelumnya
a
: pengali
b
: penambah
m
: modulus
X0
: nilai awal
Pembuatan Marker Pesan Pengacakan Posisi Fragmen
Pemotongan Pesan
Pembuatan Fragmen Terakhir
METODE PENELITIAN Metodologi yang digunakan pada penelitian ini terdiri atas lima tahap. Penelitian diawali dengan studi pustaka, penentuan topik, kemudian dilanjutkan dengan perumusan masalah. Pada tahap perumusan masalah, penelitian yang akan dilakukan adalah mengenai steganografi pada file DNA berformat fasta dengan menggunakan metode DNA rekombinan. Setelah itu, penelitian dilanjutkan dengan tahap implementasi dan analisis hasil. Tahap Penyisipan Pesan Dalam tahapan ini pesan (embedded message) yang berupa teks disisipkan ke dalam file DNA (cover object). Penyisipan dilakukan
Pembuatan Fragmen Pesan
Penyisipan Pesan
Stego object
Key
Gambar 4 Tahap Penyisipan Pesan. 1 Pencarian Fragmen Pada cover-object (file DNA) dilakukan pencarian fragmen yang diapit oleh enzim restriksi HaeIII. Fragmen dicari berdasarkan 4
pola E--E. E merepresentasikan struktur enzim restriksinya. Simbol -- merupakan isi dari fragmen. Contoh fragmen : GGCCAGCGTGCGTGGCGTGGGCC 2 Pengonversian Pesan Pesan dan sekuen DNA memiliki bentuk yang berbeda sehingga pesan tidak bisa langsung disisipkan ke dalam file DNA. Oleh karena itu, pesan harus diubah terlebih ke dalam bentuk DNA dengan aturan konversi sebagai berikut: 00 : G 01 : A 10 : T 11 : C Pesan yang berupa teks dipisah menjadi karakter yang kemudian diubah menjadi bentuk biner sesuai dengan kententuan ASCII. Kode biner tersebut yang kemudian diubah menjadi pasang basa dengan aturan konversi seperti disebutkan sebelumnya. 3 Penghitungan Jumlah Fragmen Terpakai Jumlah fragmen terpakai merupakan hal yang penting karena nilai tersebut akan digunakan sebagai batas atas rentang untuk melakukan pengacakan nilai pada proses selanjutnya. Nilai ini disesuaikan dengan panjangnya pesan. Proses penghitungan hanya merupakan simulasi pemasukan pesan ke dalam fragmen. Proses tersebut dilakukan hanya untuk mendapatkan nilai jumlah fragmen tanpa benar-benar memasukkan pesan. Penghitungan kapasitas fragmen dapat dilakukan karena panjang marker dan panjang pesan per karakter yang selalu tetap. Panjang marker selalu bernilai 8 dan panjang pesan per karakter selalu bernilai 4. 4 Pembangkitan nilai acak awal Nilai acak awal merupakan nilai yang penting. Nilai ini digunakan sebagai nilai awal untuk membangkitkan nilai-nilai selanjutnya pada proses pengacakan. Nilai ini juga berfungsi sebagai key pada proses ekstraksi pesan. Nilai acak awal didapatkan dari pembangkitan nilai acak oleh fungsi random pada .Net Framework. Nilai ini dibangkitkan
berdasarkan jumlah fragmen yang didapat pada tahap ketiga sebagai batas atasnya. 5 Pembuatan Marker Pesan Marker pesan merupakan sebuah sekuen DNA yang terdiri atas 8 pasang basa. Adanya marker pada sebuah fragmen merupakan tanda bahwa pada fragmen tersebut terdapat pesan. Marker terdiri atas dua jenis yaitu pada bagian awal fragmen yang disebut sebagai header dan pada akhir fragmen yang disebut sebagai footer. Header dan Footer memiliki susunan sekuen DNA yang sama. Penambahan marker pada tiap fragmen pesan membuat kemungkinan tingkat keunikan fragmen menjadi lebih tinggi. Marker pesan tersebut dibangkitkan secara acak. Pengacakan menggunakan metode linear congruential generator (LCG). Metode ini digunakan karena kecepatannya dalam pemrosesan. Nilai a dan nilai b merupakan nilai konstanta yang sama dengan nilai konstanta yang dipakai oleh .Net Framework dalam melakukan fungsi pengacakan. Nilai a yaitu 214013 dan nilai b yaitu 2531011. Pola yang akan terbentuk pada fragmen dengan menambahkan marker yaitu EH--FE. E merepresentasikan enzim restriksinya. Simbol -- merepresentasikan pesannya, H merupakan header pesannya, dan F sebagai footer pesannya. 6 Pengacakan Posisi Fragmen Pada tahap ini, fragmen yang telah didapatkan pada proses pencarian fragmen, diacak posisinya. Pengacakan dilakukan dengan menggunakan metode yang sama dengan pembuatan marker pesan. Tujuannya adalah agar tingkat keamanan pesan menjadi lebih baik. 7 Pemotongan Pesan Ukuran panjang fragmen yang didapatkan tidak selalu sama dengan panjang pesan. Hal ini mengharuskan pesan dipotong terlebih dahulu sesuai panjang tiap fragmen. Pemotongan pesan dilakukan berurutan mulai dari awal pesan hingga seluruh pesan. 8 Pembuatan Fragmen Terakhir Fragmen terakhir merupakan fragmen yang berubah panjangnya ketika digantikan dengan pesan. Hal ini terjadi dikarenakan panjang
5
pesan tidak selalu sama dengan panjang fragmen. Penambahan sekuen DNA setelah pesan, dilakukan agar panjang fragmen menjadi sama dengan panjang pesan. Sekuen DNA yang ditambahkan yaitu sekuen yang dapat diabaikan pada saat ektraksi pesan dan dapat dianggap sebagai bukan pesan. Sekuen yang ditambahkan adalah sekuen GGGG yang kemudian dilanjutkan dengan sekuen asli. Sekuen GGGG memiliki arti nilai null pada karakter ASCII. Sekuen GGGG digunakan karena dapat berfungsi sebagai pembatas bahwa pesan teks telah berakhir. 9 Pembuatan Fragmen Pesan Setelah seluruh pesan telah siap, dibentuklah fragmen yang sesuai panjangnya dengan struktur EH--FE. E merupakan enzim, H merupakan header, F merupakan footer, dan simbol -- merupakan pesan. Fragmen dibentuk hingga seluruh pesan masuk ke dalam fragmen. 10 Penyisipan Fragmen Pesan Fragmen pada cover-object yang telah terpilih diganti dengan fragmen pesan. Penggantian dilakukan dengan cara mencari fragmen asli yang kemudian digatikan dengan fragmen pesan. Dengan melakukan seluruh tahap tersebut, maka akan menghasilkan file DNA yang telah tersisipi pesan (stego-object) dan key untuk ekstraksi pesan. Key merupakan nilai awal yang dibangkitkan pada tahap 4. Key ini akan digunakan untuk membangkitkan kembali header pesan dan urutan asli fragmen. Contoh langkah penyisipan dapat dilihat pada Lampiran 1. Tahap Ekstraksi Pesan Dalam tahapan ini, pesan diambil dari stego-object. Untuk dapat mengekstraksi pesan dibutuhkan stego-key yang didapat dari penyisipan pesan sebelumnya. Langkah yang dilakukan dalam pengekstaksian pesan dapat dilihat pada Gambar 5. 1 Pembangkitan Marker Marker pesan dibangkitkan berdasarkan nilai key yang didapat. Pembangkitan dilakukan dengan metode yang sama pada saat penyisipan.
2 Pencarian Fragmen Fragmen dicari berdasarkan pola EH--FE. E merupakan enzim, H merupakan header, F merupakan footer dan -- merupakan isi fragmen. File DNA Key
Pembangkitan Marker
Pencarian Fragmen
Bangkitkan Urutan Fragmen
Penyatuan Pesan
Konversi Sekuen DNA
File DNA
Pesan
Gambar 5 Tahap Ekstraksi Pesan. 3 Pembangkitan Urutan Fragmen Fragmen yang didapat dari proses pencarian merupakan fragmen dalam urutan acak. Oleh karena itu, proses pembangkitan urutan fragmen harus dilakukan. Dengan menggunakan key yang didapat dari tahap sebelumnya, maka fragmen dapat dibentuk kembali dengan metode pembangkitan bilangan acak yang sama pada proses penyisipan. 4 Penyatuan Pesan Seluruh fragmen yang telah terurut tersebut kemudian disatukan. Agar pesan pada fragmen tersebut dapat diperoleh, marker dan enzim yang melekatnya harus dibuang terlebih dahulu dibuang, sehingga menghasilkan pesan yang berbentuk sekuen DNA.
6
5 Pengkonversian Sekuen DNA menjadi Pesan Pesan yang telah disatukan pada tahap sebelumnya masih belum berupa pesan yang sesungguhnya. Pesan masih berupa struktur DNA. Oleh karena itu perlu dilakukan pengonversian pesan. Aturan konversi pada tahap ekstraksi merupakan kebalikan dari konversi pada tahap penyisipan. Contoh langkah pengektraksian dapat dilihat pada Lampiran 2. Setelah tahap penyisipan dan ektraksi pesan dilakukan, maka selanjutnya adalah analisis terhadap hasil yang diperoleh. Analisis dilakukan dengan dua pandangan, yaitu dengan file DNA sebagai cover-object dan DNA manusia yang sesungguhnya yang menjadi cover-object. Analisis yang dilakukan yaitu analisis imperceptible, analisis fidelity, analisis recovery, dan analisis keamanan. HASIL DAN PEMBAHASAN Analisis Imperceptible Proses penyisipan pesan pada penelitian ini menghasilkan sebuah file DNA berformat fasta. File tersebut berisi sekuen DNA yang secara umum sulit untuk diketahui asli atau tidaknya. Analisis tahap ini dilakukan untuk menguji tingkat kecurigaan seseorang berdasarkan indera penglihatan manusia. Analisis imperceptible dilakukan dengan menyebarkan kuisioner yang bertujuan untuk mencari tahu apakah seseorang dapat mengetahui keberadaan pesan di dalam suatu file DNA. Kuisioner diberikan kepada 30 responden dari bidang ilmu yang berbeda. Sepuluh responden berasal dari Departemen Ilmu Komputer, sepuluh responden berasal dari Departemen Biologi dan sepuluh responden berasal dari Departemen Biokimia. Perbedaan latar belakang bidang ilmu pada responden membuat mereka melihat sekuen DNA dengan cara pandang yang berbeda. Hal tersebut dilakukan agar pengecekan keberadaan pesan dilakukan oleh orang yang kurang lebih mengerti tentang sekuen DNA atau tentang steganografi. Kuisioner berisi dua sekuen DNA dan dua pertanyaan. Salah satu sekuen tersebut telah disisipkan pesan. Sekuen pertama terdiri atas 1067 pasang basa dan sekuen kedua terdiri atas 1330 pasang basa. Kedua sekuen dipilih karena
memiliki panjang yang wajar untuk dilihat secara visual manusia. Pertanyaan yang diberikan berjumlah dua soal pilihan ganda. Pertanyaan pertama terkait dengan keberadaan pesan dalam ke dua sekuen DNA. Jika responden mengetahui adanya pesan maka responden memilih sekuen yang telah berubah, tidak sesuai, atau terlihat aneh secara visual manusia. Di lain pihak, pada pertanyaan kedua, responden yang dirasa mengetahui bahwa ada yang aneh pada salah satu atau kedua sekuen DNA tersebut, untuk menyertakan alasan mengapa mereka menganggapnya aneh. Contoh kuisioner dapat dilihat pada Lampiran 3. Kuisioner dinilai berdasarkan dua kriteria utama, yaitu benar dalam menjawab dan salah dalam menjawab. Responden yang menjawab secara salah ataupun tidak tahu dan menjawab secara benar dengan alasan yang tidak tepat diartikan bahwa responden tersebut tidak mengetahui keberadaan pesan. Responden jenis ini dikategorikan menjawab salah. Di lain pihak, responden yang menjawab secara benar dengan alasan yang tepat diartikan responden mengetahui bahwa ada yang janggal pada sekuen DNA tersebut. Responden jenis ini dikategorikan menjawab benar. Hasil kuisioner untuk analisis imperceptible dapat dilihat pada Tabel 1. Tabel 1 Hasil Kuisioner untuk Analisis Sifat Imperceptible Bidang Ilmu
Pilihan Jawaban Salah
Benar
Ilmu Komputer
9 orang
1 orang
Biokimia
9 orang
1 orang
Biologi
9 orang
1 orang
Total
27 orang
3 orang
Berdasarkan pada Tabel 1, dapat dilihat bahwa bahwa 9 responden dari masing-masing bidang ilmu tidak mengetahui secara pasti atau tidak mengetahui adanya pesan dalam sekuen DNA. Hanya 3 orang dari keseluruhan jumlah responden yang berpendapat mereka mengetahui adanya perbedaan dan memberikan
7
Jumlah Pemilih
alasan yang tepat. Grafik hasil kuisioner dapat dilihat pada Gambar 6. 100.00% 90.00% 80.00% 70.00% 60.00% 50.00% 40.00% 30.00% 20.00% 10.00% 0.00%
muncul suatu sekuen DNA baru pada coverobject. Sekuen baru yang terbentuk dikhawatirkan akan mengurangi kualitas cover-object. Proses analisis ini dilakukan dengan cara mencari nilai e-value dan query coverage yang dihasilkan dari file DNA. Untuk mendapatkan nilai tersebut, digunakan alat yang sudah disediakan di situs www.ncbi.nlm.nih.gov. Alat bantu yang digunakan bernama BLAST.
Biologi Biokimia Ilmu Komputer
Salah
BLAST menerima input berupa file DNA yang telah disisipi pesan. File tersebut yang kemudian dihitung tingkat kemiripannya secara otomatis oleh BLAST sehingga didapatkan daftar sekuen DNA berserta nilai e-value dan query coverage yang dihasilkan.
Benar
Jawaban
Gambar 6 Diagram Hasil Kuisioner.
Percobaan dilakukan sebanyak 16 kali dengan menginputkan file DNA yang berbeda dan telah berisi pesan di dalamnya. Dari tiap percobaan tersebut, media penyimpanan yang digunakan sama yaitu file DNA yang terdiri atas 6498 pasang basa dan berukuran 6,4 Kb. Masing-masing dari file DNA disisipkan pesan dengan banyaknya karakter sebanyak kelipatan 50 beserta kapasitas maksimalnya. Jumlah karakter mulai dari 0 hingga 700 dan 702 karakter (kapasitas maksimal). Nilai query coverage yang dihasilkan dari setiap percobaan dapat dilihat pada Gambar 7.
Pada Gambar 6 terlihat bahwa sebagian besar atau 90% responden tidak mengetahui keberadaan pesan. Hanya 10% responden yang berpendapat bahwa mereka mengetahui dan menjawab dengan alasan yang tepat. Hasil kuisioner menunjukkan bahwa sebagian besar orang tidak mengetahui bahwa ada pesan dalam sekuen DNA yang telah disisipkan pesan atau dengan kata lain sebagian besar orang tidak curiga terhadap sekuen tersebut. Jadi, dapat disimpulkan bahwa teknik steganografi pada file DNA berformat fasta telah memenuhi salah satu kriteria utama yaitu imperceptible.
Pengaruh Jumlah Karakter terhadap Nilai Query Coverage
Query Coverage
100.00% 80.00% 60.00% 40.00% 20.00% 0.00% 0
100
200
300
400
500
600
700
800
Jumlah Karakter Gambar 7 Grafik Pengaruh Jumlah Karakter terhadap Nilai Query Coverage. Analisis Fidelity Penyisipan suatu pesan ke dalam media file DNA akan mengubah sekuen DNA tersebut. Perubahan tersebut akan mengubah mutu cover-object. Pada proses penyisipan, perubahan struktur DNA dilakukan pada fragmen tertentu yang telah terpilih. Fragmen yang telah terpilih tersebut diganti dengan fragmen baru yang berisi pesan, sehingga
Pada Gambar 7 terlihat bahwa terjadi penurunan nilai query coverage. Penurunan terus terjadi seiring dengan penambahan jumlah karakter. Penurunan tersebut mengakibatkan penurunan tingkat kemiripan antara stego-object dengan cover-object-nya. Penurunan query coverage tersebut menandakan adanya perubahan yang terjadi dan bukan menandakan mutu pada file DNA. 8
Penilaian mutu file DNA dilihat dari nilai evalue yang dihasilkan. Nilai e-value yang dihasilkan selalu bernilai 0,0. Nilai e-value 0,0 berarti kemiripannya dengan suatu DNA tinggi. Jadi, berdasarkan percobaan tersebut, dapat disimpulkan bahwa file yang telah dilakukan penyisipan masih memiliki mutu yang baik dan masih dianggap sebagai suatu DNA, sehingga teknik steganografi ini dapat dikatakan memenuhi kriteria fidelity. Analisis Recovery
a = 12 b=4 c = 1/b = 1/4 p = ca =(1/4)12 = 5,7 x 10-7 Peluang kegagalan sebesar 5,7 x 10 -7 berarti kecil kemungkinan untuk proses ekstraksi gagal dilakukan. Jadi, dapat disimpulkan bahwa metode ini dapat diekstraksi dan memenuhi kriteria sifat recovery. Analisis Keamanan
Proses penyisipan pesan menghasilkan sebuah file DNA baru yang telah disisipi pesan. Keberhasilan dalam pengambilan kembali pesan tersebut menandakan ektraksi pesan atau recovery dapat dilakukan. Analisis ini dilakukan dengan cara mengekstraksi pesan yang telah disisipkan pada percobaan tahap analisis fidelity sebelumnya. Percobaan dilakukan sebanyak 16 kali pengekstraksian pesan. Pada seluruh percobaan mengekstraksi pesan, mendapatkan hasil bahwa seluruh pesan dapat diekstraksi. Pesan yang terekstraksi merupakan pesan yang benar dan sesuai. Berdasarkan hasil percobaan, peluang kemungkinan pesan dapat diekstraksi adalah 100 %. Hasil ini menandakan bahwa proses ektraksi dapat dilakukan. Namun, secara teoritis peluang kemungkinan kegagalan hasil masih mungkin terjadi. Hal ini dapat terjadi karena ditemukannya struktur yang sama dengan marker dan enzim pada fragmen pesan, sehingga terjadi kesalahan pencarian fragmen pada tahap ektraksi pesan. Hal ini mengakibatkan pesan tidak dapat terekstraksi. Peluang kemungkinan kegagalan dapat terjadi dapat dihitung dengan penghitungannya sebagai berikut: p = ca a : jumlah pasang-basa sekuen marker dan enzim b : banyaknya kejadian yang mungkin dari tiap pasang-basa c : kemungkinan tiap pasang-basa untuk terjadi
Analisis imperceptible telah menandakan keamanan yang diberikan yaitu dari segi visual. Jika seseorang tidak mencurigai bahwa di dalam file DNA tersebut ada pesan, maka secara visual dapat dikatakan aman. Keamanan yang diberikan pada metode ini tidak hanya dari segi visual saja, tetapi juga dari adanya fungsi pembangkit bilangan secara acak. Tingkat keamanan pengacakan bergantung pada metode yang digunakan, dalam hal ini adalah metode LCG. Seseorang yang dapat mendeteksi pesan, belum dapat mengetahui isi pesannya karena masih berbentuk sekuen DNA dan fragmennya masih dalam urutan acak. Untuk dapat mengetahui pesannya harus dibangkitkan urutannya dan dikonversikan terlebih dahulu. Ketahanan informasi dengan metode ini dinilai kurang baik. Informasi yang disisipkan dapat menjadi rusak apabila seseorang mengubah fragmen pesan. Jika hal tersebut terjadi, maka pesan yang disembunyikan pada media menjadi tidak sesuai lagi. Berdasarkan uraian di atas dapat disimpulkan bahwa teknik steganografi dengan metode DNA rekombinan dikatakan aman karena memiliki beberapa sistem keamanan. KESIMPULAN DAN SARAN Kesimpulan Dari hasil percobaan yang dilakukan pada penelitian ini diperoleh beberapa kesimpulan: 1 Metode DNA rekombinan dapat dilakukan untuk menyisipkan pesan ke dalam file DNA
p : kemungkinan untuk tiap karakter membentuk sekuen marker dan enzim 9
2 File DNA sebelum dan sesudah penyisipan pesan memiliki mutu yang hampir sama dengan mutu file DNA sebelum disisipkan pesan dengan e-value bernilai 0,0 3 Jumlah karakter yang mampu disisipkan ke dalam file DNA bergantung pada banyaknya fragmen dan panjangnya fragmen pada pesan 4 Peluang kemungkinan terjadi kegagalan proses ektraksi adalah sebesar 5,7 x 10-7 5 Kemanan pesan dengan metode ini bergantung pada kemanan secara visual dan metode pengacakan yang digunakan Saran Penelitian masih memiliki peluang untuk dikembangkan lebih lanjut, yaitu: 1 Perlu dilakukan pengenalan suatu fragmen yang lebih baik dari pengidentikan dengan marker dikarenakan kemungkinan untuk terjadi kesalahan pengekstraksian masih ada 2 Perlu dipertimbangkannya penyisipan pesan pada bagian yang tidak mempengaruhi replikasi DNA dan sintesis protein 3 Perlu dilakukan kompresi pesan agar kapasitas penyimpanan pesan meningkat DAFTAR PUSTAKA Andiniarti I. 2009, Klasifikasi Dokumen Teks Berbahasa Indonesia Menggunakan Minor Component Analysis [Skripsi]. Bogor: Departemen Ilmu Komputer, IPB. Cachin C. 2005. Digital Steganography. Ruschlikon, Switzerland : Zurich Research Laboratory.
Maden T. 2003. The BLAST Sequence Analysis Tool. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.f cgi?book=handbook&part=ch16#A611 [29 Juni 2010]. NCBI 2010. Glossary. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.f cgi?book=handbook&part=A1237#app53 [6 Juli 2010] Lesk, A.M. 2002. Introduction to Bioinformatics. Oxford : Oxford University Press. Pfitzman B. 1996. Information Hiding Terminology, Proceeding of First International Workshop Information Hiding. Cambridge : Lecture Note In Computer Science. Hlm 347-356. Saeb M, El-abd E, dan El-Zanaty M.E. 2007. On Covert Data Communication Channels Employing DNA Recombinant and Mutagenesis-based Steganographic Techniques. Egypt : Alexandria University. Tortora, G.J. 2004 dan 2007. Microbiology An Introduction 8th and 9th ed. San Francisco. Vento Amy B. dan Gillum David R. 2002. Recombinant DNA Such as Plasmids and Viral Vectors, and the Application of Recombinant DNA Techniques in Molecular Biology. University of New Hampshire. Wendell M. Smith. 2003. DNA Based Steganography for Security Marking. Montreux : Xix International Security Printers Conferences.
Engle S. 2003. Current state of steganography: uses, limits, & implications. California, America: University of California. Gehani A, LaBaen T, dan Reif H. John. 2004. DNA-based Cryptography. Durham : Duke University. Heider D dan Barnekow A. 2007. DNA-based watermarks using the DNA-Crypt algorithm. Muenster, Germany. Hunt E. 2003. Genetic Engineering and Genomics ch 4.
10
LAMPIRAN
Lampiran 1 Contoh Tahap Penyisipan Pesan >gi|414551|gb|U02969.1|SCU02969 Saccharomyces cerevisiae nucleocytoplasmic 18S ribosomal RNA (RDN) gene, partial sequence GCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCCATTCGGGT AGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTT TGGGCCCGGTTGGCCGGTCCGATTTTTTCGTGTACTGGATTTCCAACGGGGCCTTTCCTTCTGGCTAACC GGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGG TGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAAC GAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACGCGCGC Pencarian Fragmen yang diapait oleh GGCC [1] GGCCCATTCGGGTAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGT TGAACTT TGGGCC [2] GGCCGGTCCGATTTTTTCGTGTACTGGATTTCCAACGGGGCC [3] GGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACGAAGTTTGAGGCAA TAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCC Pesan : Steganografi DNA, Arif Ramadhan, IPB Pesan dalam DNA : AAGCACAGATAAATACATGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGA ACGTATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGT Jumlah Fragmen Terpakai : 3 Nilai Pembangkit Acak Awal : 2 Marker : GCGAAGCA Pengacakan Posisi Fragmen [1] GGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCC [2] GGCCGCGAAGCAGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTAT TGCGAAGCAGGCC [3] GGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGTG GGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCC Stego-text >gi|414551|gb|U02969.1|SCU02969 Saccharomyces cerevisiae nucleocytoplasmic 18S ribosomal RNA (RDN) gene, partial sequence GCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCGCGAAGCAG AATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTATTGCGAAG CAGGCCCGGTTGGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCCTTTCCTTCTGGCTAACC GGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGG TGGTGCATGGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTG GAGTAAAGGAGGTGGGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCCGCACGCGCGC
12
Lampiran 2 Contoh Tahap Ekstraksi Pesan Stego-text >gi|414551|gb|U02969.1|SCU02969 Saccharomyces cerevisiae nucleocytoplasmic 18S ribosomal RNA (RDN) gene, partial sequence GCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCGCGAAGCAG AATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTATTGCGAAG CAGGCCCGGTTGGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCCTTTCCTTCTGGCTAACC GGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGG TGGTGCATGGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTG GAGTAAAGGAGGTGGGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCCGCACGCGCGC Bangkit Marker dengan key = 2 Marker : GCGAAGCA Pencarian Fragmen [1] GGCCGCGAAGCAGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTAT TGCGAAGCAGGCC [2] GGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCC [3] GGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGTG GGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCC Urut Fragmen [1] GGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCC [2] GGCCGCGAAGCAGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTAT TGCGAAGCAGGCC [3] GGCCGCGAAGCATTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGTG GGGTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGCGAAGCAGGCC Penyatuan Pesan GGCCGCGAAGCAAGCACAGATAAATACATAGCGAAGCAGGCCGGCCGCGAAGCAGAATCTATCCATACACGTATGA ATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGAACGTATTGCGAAGCAGGCCGGCCGCGAAGCATTAATATGT GGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGTGGGGTGTGATGCCCTTAGACGT TCTGGCGAAGCAGGCC Pembuangan Karakter Bukan Pesan AAGCACAGATAAATACATGAATCTATCCATACACGTATGAATATATTAGTGGAGAGAGCTAGGAGTCGGTGGAGGA ACGTATTTTAATATGTGGAAGTATGAATCAATGAATAGATTGATGAATCTGTCGGTGGAGTAAAGGAGGT Pesan : Steganografi DNA, Arif Ramadhan, IPB
13
Lampiran 3 Kuisioner
KUISIONER Pengidentifikasian Keberadaan Informasi pada Sebuah Struktur DNA Arif Ramadhan Departemen Ilmu Komputer Institut Pertanian Bogor 2010 Nama Responden : …………………………………………………………………………………… Umur
: ………
Pekerjaan
: ……………………………………………………………………………………
Departemen
: …………………………………………………………………………………
Perhatikan Kedua sekuen DNA di bawah ini Sekuen DNA 1 : >gi|414551|gb|U02969.1|SCU02969 Saccharomyces cerevisiae nucleocytoplasmic 18S ribosomal RNA (RDN) gene, partial sequence GCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCACTGACTGA GTAATCTACGCACAGATTAACAGACAAACAGGTGGAAGGATAAACGTACAGATGAATCTATTAATGAATC TGTGGAGGTATCCATACATCCACGTGTCGGTGGGCGTGCGGGCGAGCGGGGGGAGCTCGTAGTTACTGAC TGGGCCCGGTTGGCCGGTCCGATTTTTTCGTGTACTGGATTTCCAACGGGGCCTTTCCTTCTGGCTAACC TTGAGTCCTTGTGGCTCTTGGCGAACCGGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGT ATTGCTCGAATATATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACC ATCGTAATGATTAATAGGGACGGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTA TTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGACGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGAT CGAAGATGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGTGGTGTTTTTT TAATGACCCACTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAAGGC TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACG GGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGG TGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAAC CTACTAAATAGTGGTGCTAGCATTTGCTGGTTATCCACTTCTTAGAGGGACTATCGGTTTCAAGCCGATG GAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACGCGCGC
Sekuen DNA 2 : >gi|303286278|ref|XM_003062383.1| Micromonas pusilla CCMP1545 proteasomal ATPase, mRNA ATGGGCGTCCTCGTGGAGACCTCCCAACCCGCGAAGGATGGCCTTCGCGGGTACTACAGCGCGAAGATCG AGGAGTACGAGATCGCCGTCAGGGATAAGACGCAGAACCTCCGGCGGTTGGAGGCGCAGCGGAACGAGCT GAACCACAAGGTCCGGATGCTTCGCGAGGAGATCCAGCTCCTGCAAGAGCCCGGATCGTACGTCGGTGAA GTCGTGAAGGTGATGGGGAAGACGAAGGTCCTCTGCAAGGCGCGTCTCGTTCACCCCGAGGGTAAATACG TCGTGGACATCGCGAAGGACATAGACATCAACACGCTCACCACCGGCGCGCGCGTCGCGCTGAAGAACGA CAGCTACGCGCTCCATCTCATCCTCCCGTCGCTCGTGGACCCGCTCGTGTCGCTCATGAAGGTGGAGAAA GTGCCGGACTCCACGTTCGACATGATCGGCGGCCTGGACGAGCAGGTGAAGGAGATCAAAGAGGTGGTGG AGCTCCCGATCAAACACCCGGAGCTGTTCGAGTCGCTGGGGATCGCGCAGCCGAAGGGGGTGATCTTGTA CGGACCTCCGGGGACGGGGAAGACGTTGCTGGCGCGAGCCGTCGCGCACCACACCGACTGCTGCTTCATC CGCGTCAGCGGGTCGGAGCTCGTGCAGAAGTACATCGGCGAGGGCGCGCGGATGGTGCGCGAGCTGTTCG TGATGGCGCGGGAGAACGCGCCGGCGATTCTGTTCATGGACGAGGTGGACTCGATCGGGTCGGCGCGAGG GAGCGGCGGCGGCGACAGCGAAGTCCAGCGCACGATGCTGGAGCTTTTGAACCAGCTCGACGGGTTCGAG GCGTCGAACAAGATCAAGGTGATCATGGCGACGAACCGCCTCGATATCCTCGACAGCGCGCTGCTGCGGC CGGGAAGGATCGATCGCAAGATTGAGTTCCCGAACCCGACAGAGGATTCGCGCGTGGACATTTTGAAGAT TCACTCGCGGAAGATGAACTTAGTGCGCGGGATCGACATGAAGAAGATCGCGTCGAAGATGACGGGCGCG
14
Lampiran 3 Kuisioner (Lanjutan) AGCGGGGCGGAGAGCAAGGCGGTGTGCACGGAGGCGGGGATGTTCGCGCTGAGAGAGCGCAGGGTGCACG TCACCCAAGAGGATTTCGAGATGGCCGTGAGCAAGGTGATGATGAAGGACTCGGAGAAGAACATCTCCGT CGCCAAGTTGTTCACGTGAGCGAGCGGCGAGCGGCGCGCGCGCGGGGACGAGCGCGAGCGCGTCTCGCGA CGATGTAATCAAACCACCGACGAAGAGCGTTTCG
Pertanyaan 1.Pada dua buah sekuen DNA di atas, manakah yang memiliki informasi lain (selain informasi DNA) di dalamnya? a. Sekuen DNA 1 b. Sekuen DNA 2 c. Sekuen DNA 1 dan sekuen DNA 2 d. Tidak Ada e. Tidak Tahu 2.Jika pilihan Anda sebelumnya bukan d atau e, dari manakah Anda mengetahui bahwa DNA tersebut memiliki informasi lain di dalamnya? a. Jumlah baris b. Perbedaan warna c. Kejanggalan Struktur d. Adanya bagian yang hilang e. Menebak f. Lainnya………………………………………………………………………………………..
J Terima kasih sebesar-besarnya atas kesediaan Anda dalam mengisi kuisioner ini J Jawaban kusioner : A dan C
15
