LAPORAN PENELITIAN IDENTIFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS DENGUE DARI DAERAH ENDEMIS DBO (.LANJUTAN) RENI HERMAN

PSI

35

a

LAPORAN PENELITIAN

IDENTIFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS DENGUE

DARI DAERAH ENDEMIS DBO (.LANJUTAN)

RENI H ERMAN

PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN KEMENTERIAN KESEHATAN 2012

.

------ ----·

-. ...

I.

i -

,

..,

'•

,,.

.

•

No.

'·

/-:]_- �.- :)NJ.

•

Ki.i��

'

I

T

No

.,!:tH

'

=

�Ps: -= --

.__ ____ __

·-

1

-2 c- -

_j

-- �

__--

.

.

"

J

I •\ ':...:

I .l

•

..., 1� ,.,.

.

••

LAPORAN PENELITIAN

IDENTIFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS DENGUE

DARI DAERAH ENDEMIS DBD (LANJUTAN)

RENI HERMAN

PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN KEMENTERIAN KESEHATAN 2012

SUSUNAN TIM PENELITI Tim Pusat No

Nama

Jabatan Peneliti

Kedudukan dalam Tim

Uraian Tugas

1

dr. Reni Herman, MBiomed

Peneliti Pertama

Ketua Pelaksana

Bertanggung jawab untuk semua kegiatan penelitian

2

drg. Sekar Tuti, Mkes

Peneliti Madya

Penanggungjawab penelitian di RS

Bertanggung jawab untuk semua kegiatan penelitian di RS

3

Tedjo Sasmono, PhD

Peneliti Madya

Analisis hasil sekuensing

Melakukan analisis terhadap hasil pemeriksaan sekuensing

Penanggungjawab penelitian di 4

Dr. Lidwina, MKes

Peneliti Madya

Jayapura

Memonitor kegiatan pengumpulan data RS di Jayapura

5

Dr. Lisa Adrlani L

Peneliti (Non fungsional)

Pemeriksaan ELISA

Melakukan pemeriksaan ELISA

6

Benekditus Yohan, SSi

Penellti (Non fungsional)

Pemeriksaan RT PCR

Melakukan pemeriksaan RT PCR

7

Agustiningsih, SSi


Pemeriksaan sekuensing

Melakukan pemeriksaan sekuensing

8

Hartanti Dian lkawati,SSi




9

dr. Frans Dany

Peneliti (Non fungslonal)

Anallsis data kl in is

klinis

10

Arie Ardiansyah

Pembantu peneliti



11

Sumamo

Pembantu Peneliti

Pemeriksaan RT PCR

Membantu pemeriksaan RT PCR

Memeriksa dan bertanggujawab atas data kelengkapan data

12

Farida

Pembantu Penelltl

Pemeriksaan ELISA

Membantu pemeriksaan ELISA

13

Fahim

Pembantu Peneliti

Perslapan alat

Membantu sterilisasi a lat

14

Santono

Pembantu penelitl

Perslapan bahan

Membantu mepersiapkan bahan untuk penelitian

15

16

Kastrimin Rida Citahati, SE

Sekretariat Penelitian Sekretariat Penelitian

Keuangan Administrasi

Menylapkan perlengkapan dan keuangan untuk kegiatan di RS Menylapkan surat dan adminstrasi kegiatan di RS

nm daerah

No 1 2 3

4

Na ma Nurhasanah

Jabatan Peneliti

Kedudukan dalam Tim

Uraian Tugas

Koordtnator Samarinda

Dr. H.Mardiono.M,Kes.

Koordinator

Dr. Nurliana Noor

Koordlnator

Dr. Carta Gunawan,

Pembantu Peneliti

Koordinator penelitian di Samarinda

Membantu koordinasi penelitian di Samarinda

Penanggung jawab kegiatan penelitian RSUD AW Sjahranie

Bertanggung jawab untuk kegiatan penelitian di RSUD AW Sjahranie

Koordinator kegiatan penelitlan

Membantu koordinasi kegiatan penelltian

Dokter di bagian Penyakit Dalam

Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitlan

Dokter di bagian Penyakit Dalam

Mendlagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian

Dokter di bagian Anak

Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian

··---·-

SpPD Dr. Enni P, SpPD

Pembantu Peneliti

Dr. Wahyu 0. SpA

Pembantu Peneliti

7

Dr. Usman L.

Pembantu Peneliti

Dokter di UGO

8

Dr. Lily P Kalalo, SpPK

Pembantu Peneliti

Dokter Patologi Klinis

Bertanggung jawab untuk penyimpanan sampel dan data darah r utin

9

Saiful Anwar

Pembantu Peneliti

Perawat di Bagian Penyakit Dalam

Membantu follow up subyek penelitian

10

Kasmiati

Pembantu Peneliti

Perawat Bagian Penyakit Dalam


11

Rizki lntan Friani

Pembantu Peneliti

Laboran

Memisahkan dan menyimpan serum

12

Swanti P

Pembantu Peneliti

Laboran

Memlsahkan dan menyimpan serum

13

Nani AR

Pembantu Penellti

Perawat Baglan Anak


Rita Avianti

Pembantu Peneliti

Perawat Baglan Anak


Dian Febri

Pembantu Peneliti

Perawat IGD


5 6

14

15

ii

16 17

Telda Banda, SKM

Koordlnator

dr. Armenius R. Sondakh

Koordlnator

Sp THT-KL

Koordinator penelitian di Manado

Membantu koordlnasi penelltlan di Manado

Penanggung jawab penelitian di RSUP Prof

�ertanggung jawab untuk kegiatan pene liti an di RSUP Prof

Kandou 18

Kandou

Drs. Jemmy Siwi, MSi

Koordinator

Koordinator kegiatan penelitian

Membantu koordinasi kegiatan penelitian

Dr. Agung

Pembantu Peneliti

Dokter Penyaklt Dalam di RSUP Prof Kandou

Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian

19

Nugroho,SpPD

20

Dr. Meilisa Wantania

Pembantu Peneliti

Dokter Penyakit Dalam di RSUP prof Kandou


Dr. Suryadi N.N Tatura,

Pembantu Peneliti

Dokter di Bagian Anak RSUP Prof Kandou


Pembantu Peneliti

Dokter di Bagian Anak RSUP Prof Kandou


Pembantu Peneliti

Dokter Patologi Klinik

21

SpA (K)

22

SpA

23

Dr. Novie Rampengan,

Dr. Hessyani P.T

Bertanggung jawab untuk penyimpanan serum dan data darah rutin

Raranta, SpPK

24

Dr. Hildegardis liando

Pembantu Peneliti

Dokter !GD RSUP Prof Kandou

Mendiagnosis DBD dan merekrut subyek penelitlan

25

Abram Babakal, Skep.Ns

Pembantu Peneliti

Perawat Bagian Anak RSUP Prof Kandou


Poppy Turang, Skep,Ns

Pembantu Peneliti

Perawat Bagian Anak RSUP Kandou


Ceicilia Sengkeh,

Pembantu Peneliti

26

27 28 29


Skep.Ns

Perawat Bagian Penyakit Dalam RSUP Prof

Jerry Pandelaki, Skep.Ns

Pembantu Penellti

Perawat Baglan Penyakit Dalam RSUP Prof

VeckyM.V

Pembantu Peneliti

Kandou Membantu follow up subyek penelitlan

Kandou Laboran


iii

I

I I

Wowiling,AMAK 30

31 32

lrayanti, AMAK

Pembantu Penelltl

Laboran

Memlsahkan serum

Amman Baher

Koordlnator

Koordinator Penelltlan di Temate

Membantu koordinasi kegiatan penelitlan di Ternate

Koordlnator

Penanggung jawab Kegiatan Penelitian d l RSUD Chasan Basoirie

Bertanggung jawab untuk keglatan penelitian di RSUD Chasan Boesoirie

Abdul

Cha lid

Djamar,

SSt, FT

33

Husen Masabessy, Skep

Koordlnator

Koordlnator keglatan penelitian

Membantu koordinasi keglatan penelltlan

34

Dr. Nani Harmaenl, SpA

Pembantu Peneliti

Dokter Baglan Anak

Mendlagnosls DBD dan merekrut subyek penelltlan

35

Dr. Suhanto Hamid

Pembantu Peneliti

Dokter IGD RSUD Chasan Boesoirle


Dr. Taha Albaar, SpPD

Pembantu Peneliti

Dokter Penyaklt Dalam RSUD Chasan

Mendiagnosls DBD dan merekrut subyek penelitian

36 37 38 39 40

Boesolrle Dr. Eko Sudarmo, SpPD

Pembantu Peneliti

Dokter Penyaklt Dalam RSUD Chasan Boesoirie

Mendlagnosls DBD dan merekrut subyek penelltlan

Dr. Fasni Halil, SpPK

Pembantu Peneliti

Dokter Patologi Klinis RSUD Chasan Boesolrle

Bertanggungjawab untuk penyimpanan sampel serum dan data darah rutln

Aisyah

Pembantu Peneliti

Perawat Baglan Penyakit Dafam

Membantu follow up subyek penelitlan

Rosmiyati Saleh,

Pembantu Penellti

Perawat Bagian Penyaklt Dalam


Amd.Kep

41

Salam Sabtu

Pembantu Penellti

Perawat Baglan Anak

Membantu follow up subyek penelitlan

42

Sita Raihana

Pembantu Penelitl

Perawat Bagian Anak

Membantu follow up subyek penelltlan

43

Syafaruddin Rosman

Pembantu Peneliti

Laboran


Ridwan Hasan

Pembantu Peneliti

Laboran

Memisahkan dan menyimpan serum

44

iv

45 46

47 48

49

Vira R

Pembantu Penelitl

Perawat IGO


I Made Suparta Gapar

Koordlnator

Koordlnator Penelitian di Jayapura

Membantu koordinasl penelitian di Jayapura

Drg.

Koordinator

Martinus

Ginting,

RSUD

Penangung Jawab Kegiatan Penelltlan di RSUD

Bertanggungjawab untuk kegiatan penelitlan di RSUD

MKes

Dok II

Jayapura

Jayapura

Musnadi

Koordinator

Koordinator keglatan penelltlan

Membantu koordinasi kegiatan penelitian

Dr. Samuel Maripadang

Pembantu Peneliti

-

Mendlagnosis DBD dan merekrut subyek penelitian Dokter di Bagian Penyakit Dalam RSUD

Baso, Sp PD

Jayapura

so 51

Dr. Afifah, SpPD

Pembantu Penelitl

Dokter di Baglan Penyakit Dalam RSUD


Jayapura Dr. Jackquiline Ruth

Pembantu Peneliti


Anet Ririhena, SpA Dokter di Bagian Anak RSUD Jayapura

52

Dr. Renny Haryati,SpA

Pembantu Peneliti

Dokter di Bagian Anak RSUD Jayapura

Mendlagncsis DBD dan merekrut subyek penelitlan

Dr. Juliwati Aronggear,

Pembantu Peneliti

Dokter Patologi Kllnik RSUD Jayapura


Dr. Rlka Sari Ginting

Pembantu Peneliti

Dokter IGD RSUD Jayapura


Sri Cendrakasih

Pembantu Peneliti

Perawat Baglan penyakit Dalam RSUD

Membantu/o//ow up subyek penelitian

53 . MKes, SpPK 54 55

Jayapura Halimah Karamang

Pembantu Peneliti

57

Florentina Anitu

Pembantu Peneliti

58

Theresia Santi Anitu

Pembantu Penelitl

59

Diana Slnggih

Pembantu Peneliti

56

Membantu/o//ow

up subyek penelitian

Perawat Baglan Anak RSUD Jayapura

Membantu/o//ow


Perawat baglan anak RSUD Abepura

Membantu/o//ow


Laboran

Membantu memisahkan serum

Perawat Baglan Penyaklt Dalam RSUD Jayapura

v

60

61

Franslska

M

Pembantu

Penelitl Laboran

Hana Krimawati

Pembantu Peneliti Teknisi

serum Menyimpan serum, meme riksa kelengkapan dan isi kuesioner serta mengirimka n sampel dan kuesioner Membantu memisahkan

vi

KEMENTERIAN KESEHATAN RI SADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN an Percetakan Negara No. 23 Jakarta 10560 talc Pos 1226 Jakarta l 0012

Telepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745 (021) 42881754 Fax

KEPUTUSAN KEPALA PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN NOMOR: HK.03.05/llJ/750/2012 TENTA N G PEMBENTUKAN TIM PELAKSANA PENELITIAN TAHUN 2012

KEPALA PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN MENIMBANG

MENGINGAT

:

a.

bahwa untuk melaksanakan kegiatan penelitian pada Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, perlu ditunjuk Tim Pelaksana Penelitian Tahun 2012;

b.

bahwa berdasarkan pertimbangan huruf a tersebut diatas, maka dipandang perlu menetapkan Keputusan Kepala Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan tentang Pembentukan Tim Pelaksana Penelitian Tahun 2012 sejumlah tujuh belas penelitian;

1.

Undang-Undang Nomor 23 Tahun 1992 tentang Kesehatan (Lembaran Negara Republik Indonesia tahun 1992 Nomor 100, Tambahan Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 3.495);

2.

Undang-undang Nomor 14 Tahun 2001 tentang Paten (Lembaran Negara Republik Indonesia Tahun 2002 Nomor 109, Tambahan Lembaran negara Republik Indonesia Nomor 4130);

3.

Peraturan Pemerintah RI No. 39 Tahun 1995 tentang Penelitian dan Pengembangan Kesehatan (lembaran Negara Tahun 1995 Nomor 67, Tambahan Lembaran Negara Nomor 3609);

4.

Peraturan Pemerintah Nomor 20 Tahun 2005 tentang Alih Tehnologi Kekayaan lntelektual serta hasil Penelitian dan Pengembangan oleh Perguruan Tinggi dan Lembaga Penelitian dan Pengembangan (Lembaran Negara Tahun 2005 Nomor 43, Tambahan Lembaran Negara Nomor 4497);

5.

Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 791/Menkes/SKNll/1999 tentang Koordinasi Penyelenggaraan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan;

6.

·

Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 1179A/Menkes/SK/X/1999 tentang Kebijakan Nasional Penelitian dan Pengembangan Kesehatan; ·

Peraturan Presiden Nomor 47 Tahun 2009 tentang Pembentukan dan Organisasi Kementerian Negara.

MEMPERHATIKAN

7.

Peraturan Menteri Kesehatan No. 1144/Menkes/PerNlll/2010 Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Kesehatan;

8.

Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No.HK.03.05/4/11675/ 2011 tanggal 30 Desember 2011 tentang Penetapan l
1.

Daftar lsian Pelaksanaan Anggaran (DIPA) Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan tahun 2012 dengan No.0683/024-11.1.01/00/2012, tanggal 9 Desember 2011: 1

tentang

KEMENTERIAN KESEHATAN RI SADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN an

Pcrcetakan Negara No. 23

talc Pos 1226 Jakarta 10012

Jakarta 10560

Telepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745 Fax (021) 42881754 ·

MEMUTUSKAN MENETAPKAN

1) Mernbentuk Tim Pelaksana Penelitian Siomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan Tahun 2012 sebagaimana tercantum dalam lampiran keputusan ini;

KESATU

2) Kepada Tim Pelaksana Penelitian pada Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, Sadan Litbang Kesehatan Tahun Anggaran 2012, dap at diberikan honorarium sebagaimana tersebut dalam lampiran 2 Keputusa n ini; Tim Pelaksana Penelitian Tahun 2012 mempunyai tugas sebagai berikut:

KEDUA

1) Melaksanakan Penelitian pada Pusat Biomed is d a n Teknol og i Dasar Kesehatan Tahun 2012, dengan susunan Tim :>eperti pada lampiran surat keputusan ini;

2)

Meny erahkan Laporan Kemajuan Penelitian, Laporan Pelaksana
Dasar Kesehatan.

KETIGA

/

Dalam melaksanakan tugasnya, Tim bertanggungjaiwab kepada Kep ala Pusat Biomedis dan Teknologi

Dasar Kesehatan serta wajib me n yampa i kan laporan

akhir penelitian seb ag ai pertanggungjawaban kegiatan; KEEMPAT

Biaya pelaksanaan kegiatan serta honor Tim Pelak�ana Penelitian Tahun 2012 d ibebankan pada anggaran DIPA . Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan Tahun 2012;

KELIMA

Keputusan ini mulai berlaku sejak bulan Januari sampai dengan Desember 2012

dengan ketentuan apabila dikemudian hari ternyata terdapat kekeliruan dalam

penetapan ini akan diadakan perbaikan dan perubahan sebagaimana rnestinya. Ditetapkan di Pada tanggal

Jakarta

6 Februari 2012

Tembusan Yth:

1. Sekretaris Jenderal Kemenkes RI; 2. lnspektur Jen d era l Kemenkes RI 3. Ketua Sadan P eme riksa Keuangan; 4. Kepala Sadan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan; 5. Kepala Sadan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan; 6. Sekretaris Sadan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan; 7. Kanwil Ditjen Anggaran Kernenkeu RI Df
13.

Masing-masing y;mg bersangkutan untuk dilaksanakan. 2

'

�

KEMENTERIAN KESEI-IATAN RI SADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN

'!>; wf.>' "

Ian Percetakan Negara No. 23 Jakarta 10560

Telepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745

otakPos 1226 Jakarta 10012

Fax.

.(021) 4288 l 754

Lampiran 1

Keputusun Kepala Pusat Biomedis dan Teknologi Oasar

Kesehatan Nomor Tanggal

:

HK.03.05/111/750/2012 6 Februari 2012

/

SUSUNAN TIM PELAKSANA PENELITIAN TAHUN 2012 IDENTIFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS DENGUE DARI DAERAH ENDEMIS DBD (LANJUTAN)

1.

dr. Reni Herman, M.Biomed

Peneliti Pertama/Ketua Pelaksana

2.

dr. Sekar Tuti, M.Kes

Peneliti Madya

3.

Tedjo Sasmono, PhD

Peneliti Madya

4.

dr. lidwina, M.Kes

Peneliti Madya

5.

dr. Lisa Andriani Linggonegoro

Pembantu Peneliti

6.

Benediktus Yohan, S.Si

Pembantu Peneliti

7.

Agustiningsih, S.Si

Pembantu Peneliti

8.

Hartanti Dian lkawati, S.Si

Pembantu Peneliti

9.

dr. Frans Dany

Pernbantu Peneliti

10.

Arie Ardiansyah

Pembantu Peneliti

11.

Sumarno

Pembantu Peneliti

12.

Farida

Pembantu Peneliti

13.

Fa him

Pembantu Peneliti

14.

Santono

Pembantu Peneliti

15.

Kastrimin

16.

Rida Ci tahati SE

Sekretariat Penelitian II

17.

Nurhasanah

Ko ordinator

18.

Telda Banda, SKM

Koordinator

19.

Ammar Baher

Koordinator

20.

I Made Suparta Gapar

Koordinator

21.

Deny Mabuai

Koordinator

22.

dr. H. Mardiono, M.Kes

Koordinator

23.

dr. Nurliana Noor

Koordinator

24.

dr. Armenius R.Sondakh, SpTHT-KL

25.

Koordinator

dr. Jemmy Siwi, M.Si

Sekretariat Penelitian ,

Koordinator

26.

dr. Abdul Chalid Djamar, S.St, FT

Koordinator

27.

Husen Masabessy, Skep

Koor dinator

28.

drg. Martinus Ginting M.Kes

Koordinator

29.

Musnadi

Koordinator

30.

dr. J. Maurits Okoseray, MARS

Koordinator

31.

drg. Aloysius Gyay, M.Kes

Koordinator

32.

drg. Wahyu 0, SpA

Pembantu Peneliti

33.

dr. Usman L

Pembantu Peneliti

34.

dr. Suryadi N.N Tatura, S[A(K)

Pembantu Peneliti

35.

dr. Novie Rampengan. SpA

Pernbantu Peneliti

,

13

I

1 � .KEMENTERIAN l(ESEHATAN RI BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN Ian Percetakan Negara No. 23 Jakarta I 0560

Telepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745

takPos 1226 Jakarta 10012 36.

37.

38.

Fax.

c'r. Nani Harmaeni, SpA

Pembantu Penefiti

dr. Suhanto Hamid dr. Jacquiline Ruth Anet Ririhena,SPA

39. dr. Renny Haryati, SpA 40. dr. Dwi Darmawan,SpA 41.

42.

43.

44.

dr. Agung Nugroho, SpPD

45.

dr. Meilisa Wantania

Pembantu Peneliti Pembantu Peneliti Pembantu Peneliti Pembantu Peneliti Pembantu Peneliti

Pembantu Peneliti Pembantu Peneliti

48. dr. Samuel Maripadang Baso, SpPD 49. dr. Afifah, SpPO dr. Oktavianus Peday, SpPD

51.

dr. Aris Musdianto

52.

53.

Pembantu Peneliti Pembantu Peneliti Pembantu Peneliti

Pembantu Peneliti

dr. Lily P Kalalo, SpPK

Pembantu Peneliti

dr. Saiful Anwar

Pembantu Peneliti

54. dr. Hessyani P.T Raranta, SpPK 5 5. dr. Hildegarrdis Liando


56. dr. Fasni Hali!, SpPK

Pembantu Peneliti

57. Aisyah 58. dr. Djuliwati Aronggerar , M.Kes.,SpPK 59. dr. Rika Sari Ginting 60.

61.


Pembantu Peneliti

dr. Julius Dimalouw, SpPK dr. Wawan Satrio


62. Kasmiati

Pembantu Peneliti

63. Rizki lntan Friani 64. Swanti P

6 5.

66.

67.


Nani AR

Pembantu Peneliti

Abram Babkal, Skep.Ns

Pembantu Peneliti

Poppy Turang

Pembantu Peneliti

68. Ceicilia Sengkeh, SKep.N s 69. Jerry Pandelaki, SKep.Ns 70.

Pembantu· Peneliti Pembantu Peneliti

Rosmiyati Saleh, Amd.Kep

Pembantu Peneliti

71. Salam Sabtu

Pembantu Peneliti

72. Sita Raihana

73.

Pembantu Peneliti

Safaruddin Rosman

Pembantu Peneliti

74. Sri Cendrakasih

Pembantu Peneliti

75. Halimah Karamang 76. Florentina Anitu


77. Theresia Santi Anitu 78. Andy. Mar�muy

79.


46. dr. Taha Albaar, SpPD 47. dr. Eko Sudarmo, SpPD

50.

Pembantu Peneliti

Pembantu Peneliti

dr. Kusno Widianto dr. Carta Gunawan, SpPD dr. Enni P, SpPD

·(021) 42881754

Pembantu Peneliti

I

Pembantu Peneliti

Monica Wanggai

Pembantu Peneliti

80. Linda Simr;fopiaref 14

Pembantu Peneliti

�

l(EMENTERIAN KESEHATAN RI BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN

'1-1'.I H'.J-,'i

Ian Percetakan Negara No. 23 Jakarta 10560 otak Pos 1226 Jakarta I 00 l 2

81.

82.

Tclcpon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745 Fax.

(021)42881754

Fra nky Sallos o

Pembantu Peneliti

Dian

Pembantu Peneliti

Febri

83.

Rita Avianti

Pembantu Peneliti

84.

Vecky M.V Wowiling, AMAK

85.

Pembantu Peneliti

lrayanti, AMAK

Pembantu Peneliti

86.

Ridwan Hasan

87.

Vira

88.

Fransiska M

89.

Diana Singgih

Pembantu Peneliti

90.

Hana Krimawati

Pembantu Peneliti

91.

Thomas Bagensa

Pembantu Peneliti

Pembantu Peneliti

R

Pembantu Peneliti Pernbantu Peneliti

i{,,-Kepala,

Ors. Ondri Dwi Sampurno, M Si., Apt NIP

/

15

19621119 198803100 1

.!'-'-

I\.EMEN.TERIAN l(ESEII - ATAN RI SADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN PUSAT BIOMEDIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN Jalau Percetakan Negara No. 23 Jakarta 10560 Kotak Pos 1226 Jakart�1 10012

Tclepon (021) 42881758, 42881763, 42881762, 42881745

Fax

. (021)42881754

.

Larnpiran 2 Ke�utusan

Kepala

Pusat

Biomedis

clan

Te l< n o l ogi

D
Nornor Tanggal

JUDUL PENELITIAN

HK.03.05/1111750/2012

6 Februari 2012

IDENTlFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS

DENGUE DARI

DAERAH ENOEMIS 080 (LANJUTAN)

JUMLAH HONOR TIM PELAKSANA PENELITIAN TAHUN 2012

1.

Koordirator Peneliti

Jumlah honor yang diterirna setiap bulan sebesar

2.

Peneliti Madya

3. 4. 5. 6

=

Rp.

420.000

Jumlah honor yang dilerima per-jam. per-mingu sebesar

=Rp.

50.000

Peneliti Pe1iama

Jurnlah honor yang diterirna per-jam. per-mingu sebesar

=R p.

3 5 000

Penelili Non Fungsional

Jumlah honor yang diterima per-jam, per-mirggu =Rp. sebesar

20 000

Pembantu Peneliti

Jumlah honor yang diterirna per-jam, per-minggu =Rp. sebesar

20.000

Sekretarial Penelitian

Jurrilah honor yang diterima setiap bulan sebesar =Rp.

JOO 000

/

�--Kepala,

Ors Ondri Dwi Sc;mpurno, M Si , Apt NIP 196211191988031001

16

-iv--:·

KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa, karena atas berkah dan rahmat-Nya kami dapat menyelesaikan laporan ini. Semoga laporan hasil penelitian ini dapat digunakan sebagai salah satu acuan dalam pemberantasan demam berdarah dengue. Kami mengakui laporan ini masih banyak kekurangan. Oleh karena itu masukan untuk perbaikan laporan ini sangat kami harapkan Akhir kata, kami sampaikan terima kasih kepada semua pihak yang telah berperan serta dalam penyusunan laporan ini.Semoga Allah SWT senantiasa meridhai segala usaha kita. Amin.

Jakarta, Januari 2013

Penyusun

xiii

RINGKASAN EKSEKUTIF

Di Indonesia penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) sampai saat ini masih merupakan masalah kesehatan masyarakat, sejak tahun 1986 penyakit ini penyebarannya cenderung meluas dan jumlah kasus cenderung meningkat dari tahun ke tahun, terutama di kota-kota besar seperti Jakarta. Dari hasil penelitian terhadap kasus epidemi DBD tahun 2004, infeksi virus dengue

3 sangat

berkaitan dengan kasus DBD berat dan merupakan serotipe yang paling luas distribusinya disusul dengan dengue-2,

dengue-1 dan

dengue-4. Beberapa observasi

mengindikasikan

terjadi evolusi genetik virus yang dapat menghasilkan varian-varian yang lebih virulen. Berdasarkan hasil penelitian tersebut di atas serta guna mendukung rencana penggunaan vaksin untuk pencegahan DBD, akan dilakukan pemetaan distribusi virus dengue yang ada di beberapa daerah

untuk mengidentifikasi serotipe dan genotipe virus dengue yang ada di

Indonesia. Pemeriksaan genotipe akan dilakukan pada gen selubung virus (gen E) dan keseluruhan genom virus. Kegiatan ini akan dilakukan pada sepuluh kabupaten/kota yang merupakan sasaran program pengendalian demam berdarah dengue {DBD).

Oleh karena

membutuhkan biaya yang besar maka akan dilakukan secara bertahap. Pada tahun 2008 telah dilakukan identifikasi serotipe virus dengue untuk kawasan Barat, yaitu Medan, Pontianak dan Jakarta. Berdasarkan hasil pemeriksaan ditemukan keempat serotipe virus dengue bersirkulasi di kota tersebut.

Penderita DBD yang dirawat di rumah sakit

mayoritas terinfeksi oleh virus dengue serotipe 2 dan dengue serotipe

3. Sedangkan di Jakarta mayoritas

3, disusul dengan dengue serotipe 1 dan 2. Pada tahun 2009 telah dilakukan

identifikasi serotipe virus dengue dari kota Kupang. Mayoritas penderita DBD yang dirawat di Rumah Sakit terinfeksi virus dengue serotipe 2 dan 3. Pada tahun 2012 dilaksanakan identifikasi serotipe virus dengue untuk kawasan Tengah dan nmur Indonesia yaitu Balikpapan, Manado, Ternate dan Jayapura. Juga akan dilakukan identifikasi gen E dan NSl. Sampel yang telah dikumpulkan sebelumnya berasal dari lima kabupaten/kota yang mewakili propinsi di Indonesia, yaitu Medan (Sumatera Utara), Pontianak (Kalimantan Barat), Jakarta (OKI Jakarta), Kupang (Nusa Tenggara Timur) dan Ciamis (Jawa Barat). Secara keseluruhan pemeriksaan yang dilakukan adalah ELISA untuk konfirmasi diagnosis, RT PCR untuk identifikasi virus dan serotipe, serta pemeriksaan sekuensing pada gen E dan NSl. Primer yang akan digunakan adalah primer yang sudah pernah digunakan untuk sekuensing

xiv

sampel DBD di Indonesia tahun 2004. Analisis hasil berupa data klinis maupun hasil pemeriksaan laboratorium. Oleh karena tidak mungkin untuk mendapatkan sampel dari kasus demam berdarah dengue di kota Manokwari diputuskan untuk pindah lokasi penelitian ke kota Sorong. Namun, karena waktu yang tersisa hanya 2 bulan dan dikhawatirkan jumlah target jumlah sampel tidak terkumpul, maka pengumpulan sampel dari kota Sorong dibatalkan. Berdasarkan data tren jumlah kasus dari kota Ternate dan kota Jayapura, tidak mungkin untuk mendapatkan jumlah sampel hingga 120. Oleh karena itu, taget jumlah sampel dari kota Ternate dan Jayapura diturunkan menjadi masing-masing 60. Sehingga target jumlah sampel di akhir penelitian menjadi 660. Hingga akhir penelitian jumlah sampel yang terkumpul sebanyak 660, terdiri dari 270 dari Samarinda, 270 dari Manado, 60 dari Ternate dan 60 dari Jayapura. Hasil pemeriksaan laboratorium menunjukkan 63 % penderita merupakan infeksi sekunder. Virus dengue serotipe 1,2,3 2

dan 4 ditemukan di Samarinda dan Manado, sementara di Ternate dan Jayapura serotipe

dan 3. Tidak ada perbedaan gejala klinis antara infeksi virus dengue serotipe 1, 2, 3 dan

4.Pemeriksaan sekuensing masih harus menunggu optimasi karena menggunakan primer yang baru.

xv

ABSTRAK

Demam berdarah dengue (DBD ) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue. Dari hasil penelitian terhadap kasus epidemi DBD tahun 2004, infeksi virus dengue 3 sangat berkaitan dengan kasus DBD berat dan merupakan serotipe yang paling luas distribusinya disusul dengan dengue-2,

dengue-1 dan

dengue-4. Beberapa observasi

mengindikasikan

terjadi evolusi genetik virus yang dapat menghasilkan varian-varian yang lebih virulen. Berdasarkan hasil penelitian tersebut di atas serta guna mendukung rencana penggunaan vaksin untuk pencegahan 080, dilakukan pemetaan distribusi virus dengue yang ada di beberapa daerah

untuk mengidentifikasi serotipe dan genotipe virus dengue yang ada di

Indonesia. Sampel penderita diperoleh dari kasus demam dengue dan DBO dari Rumah Sakit di Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura.Penderita yang bersedia berpartisipasi diambil darah serta dicatat gejala klinisnya.Darah dipisahkan serumnya dan disimpan di freezer rumah sakit. Setelah terkumpul akan diperiksa di Laboratorium virology Litbangkes. Pemeriksaan yang dilakukan adalah ELISA untuk deteksi antibody, RT PCR untuk identifikasi virus. Serum yang positif ada virus dengue dilanjutkan dengan pemeriksaan sekuensing, untuk gen E dan NSl. Jumlah keseluruhan sampel yang terkumpul pada penelitian ini adalah 660, terdiri dari 270 dari Samarinda, 270 dari Manado, 60 dari Ternate dan 60 dari Jayapura. Hasil pemeriksaan laboratorium menunjukkan 63

% penderita merupakan infeksi sekunder. Virus dengue serotipe

1,2,3 dan 4 ditemukan di Samarinda dan Manado, sementara di Ternate dan Jayapura serotipe 2 dan 3.Tidak ada perbedaan gejala klinis antara infeksi virus dengue serotipe 1, 2, 3 dan 4.

xvi

DAFTAR ISi

SUSUNAN TIM PENELITl ........................................... .................................................i SURAT KEPUTUSAN PENELITIAN ...............................................................................vii KATA PENGANTAR....................................................................................................xiii RINGKASAN EKSEKUTIF........................................................................ .....................xiv ABSTRAK...................................................................................................................xvi DAFTAR 151.

.....................

DAFTAR GAMBAR DAFTAR TABEL.

.

.

..............

...........................................

.

.............

.

......

.

........

.............•.......•.•.........•.......................•.........................................

.•...............•............••........................•..

'.

xvii

xviii xix

...............•............................

DAFTAR LAMPIRAN ..........................................................................................................xx DAFTAR Rf NGKASAN .........................................................................................................xxi

I.

PENDAHULUAN

II.

TINJAUAN PUSTAKA

.

.

....... ........

..

................................ .

. .

................................. . .

A. Epidemiologi Dengue

..

.

....

...............................

. ..

..............

.............

.

.....

.

........

.

.

.

.....................................

.

....

......

..................................

.

.

...... .........

B. Aspek Biologi virus dengue

.

.............................................................. .

C. Genetika

..............................................................

D. Patogenesis

..............

.. . . . . .. . .

.

. ..................

.

.......

.

.......

............

.

.

.

......

.

.....................

. . ...

.......

.

..........

...............

.

................

.

TUJUAN DAN MANFAAT

.

IV.

METODE

V.

PERTIMBANGAN IZIN PENELITIAN

VI.

HASI L PENELITIAN

VII.

PEMBAHASAN

VIII.

KESIMPULAN

IX.

SARAN

X.

UCAPAN TERIMA KASIH

XI.

DAFTAR RUJUKAN

........................................................... .............................

. .

................... ...

...............

.

.........................................

..

...

.

..........

.

.

.....

................................................

.

......

.....................................

.................

.

.........

.

...........

.

.

.

..........

.

....

.

....

.

.............

...............

............

...............

.

. . . .. ..

.

.

.

.............

23

.42

.......................

.....

.

17

.............

.

43

....................

............................................

.

8

.22

.

. .......................

3

12

.... ......

.

Ill.

3

..................

.

1

....

. . .

57

...................

61

62

.....................................................................................................................

....

.

.

.

....................

....... ....................

..........................

. . .. ..

.

.

. . ..

.

.

..

.... ......... .

.................. ..................

.

.

......

.

.

62

........

63

.......... ..............

xvii

Daftar Gambar

Gambar 1. Distribusi global virus dengue, mengindikasikan serotipe dan genotipe virus . 3 .

Gambar 2. Distribusi Aedes aegypti dan aktivitas dengue . .

Gambar 3. Struktur virion Flavivirus yang matur Gambar

.........

.. . .. . .. .

.

..

.

......

4. Struktur imatur dan matur vriron flavivirus .

.

......... ... . . . .

.....

..

. ..

.

.

. .

..............

.

.

.

....

..

..

. . .. .

.

. . ......................................

...................................

.

...

.

.

•

.

............... .....

.

..

....

..

...

. .

Gambar 6. Siklus replikasi Flaviviridae Gambar 7. Alur Penelitian

..

11

. . . . . . .. . .. . . .. ...

..

............ .

Gambar 5. Organisasi genom virus dengue

. . . ....... .. 5

. . .

....................... ..

.

.

.

...

....

. 12

.

.13

....

.

....

.....

.

.....

.

.....

15 24

.................................... ................................................. ...............

Gambar 8. Urutan strategi sekuensing yang dilakukan untuk mendapatkan genom virus.40 Gambar 9. Tren kasus DBD di kota Samarinda .. ..

........

. .. .

..

....

.................... .........

. . ..

...

.

..

...

.43

...

Gambar 10. Tren Kasus DBD di kota Manado .............................. ...................................... 44 Gambar 11. Tren kasus DBD di kota Ternate......................................................................46 Gambar 12. Tren kasus DBD di kota Jayapura

...................... .....................

.

.

..

........ ......

47

........

xviii

Daftar Tabel

Tabel 1. Klasifikasi virus dengue berdasarkan genotipe E

................

Tabel 2. Definisi kasus Demam Berdarah Dengue

.................

Tabel 3. Klasifikasi tingkat keparahan infeksi dengue ... . ...

..

.

.

....... .........

... .. ...

......

.

..

..........

.

. .. . .

. ....

........

.

.....

..

. .....

..................................................

TabeI 4. Primer serotyping

7

21

22

32

.................................................................................................

TabeI 5. Primer Genotyping

................................... ........

Tabel 6. Distribusi sampel Samarinda

.........................

.. .

.. .

..

36

................................................

........

Tabel 7. Distribusi sampel dari Manado

................................

.

Tabel 8. Distribusi sampel dari Ternate

................................

.

.....

.....

.

............

Tabel 11. Gambaran klinis infeksi dengue pada anak

....

. . . .....

.......................

.....

.

... .

Tabel 21. Serotipe virus dari Jayapura

.

...

.

.

......................

•

.

. .. .. .

.

..

.

. .46

......

......

.

..

..........

49

..............

49

.

.

.

. .

..

.

.

.

. ...

..... .

.

..

.

.

..

50

........

. .............

.

...

...

......

.

.......

52

.

................. .....

.

..

..

...

..............

.

.

.

.........

.............. .......................

...........

..... .. .

.

.

. 53

.53

. ..... 54 ...

............

...........

.

........................................... ......

...

51

. . . ..... 52

...............................

Tabel 22. Gambaran klinis infeksi dengue serotipe ! .

51

...................

.................. .

..............................

..

...

.. . . ....... .... . .. ..

.48

.............................

. .. . .. . . . . .. . ..

.45

........... ...

....................................

......

. .. .. . . .

............

..

. . ... . .... . . ..

Tabel 17. Status hematologi penderita confirm infeksi dengue

Tabel 20. Serotipe virus dari Ternate

..

. .

.....

Tabel 16. Gambaran klinis infeksi sekunder pada dewasa

..

..

. .. . . .

.

.

. .

..

..... ...

Tabel 15. Gambaran klinis infeksi primer pada dewasa . . ..

..............

. . .. . . ..

............ ..... ..

..

Tabel 19. Serotipe virus dari Manado

. .. .

.............. ..

. .... . .

Tabel 14. Gambaran klinis infeksi sekunder pada anak .

Tabel 18. Serotipe virus darl Samarinda

.

...... ......................

................................. ...

Tabel 12. Gambara.n klinis infeksi dengue pada dewasa. Tabel 13. Gambaran klinis infeksi primer pada anak

.

.

. .

....................................

.

.....

........ ... ..........

Tabel 9. Distribusi sampel dari Jayapura

Tabel 10 Gambaran klinis confim infeksi dengue

.

.

.

54

. 54 .

54

.....

. . ... ... . .. .. 55

........................ ...

.

...

.

..

...

.

Tabel 23. Gambaran klinis pada infeksi dengue serotipe 2 ............................................... 55

xix

Tabe 24. Gambaran infeks dengue serotype

.

3 .

... ..... ...............

Tabel 25. Gambaran infeksi dengue serotipe 4

..

. . . ..

...

.....

.

.......................

. .. . ... 56 ...

..

..

...

:................................................. 56

DAFTAR LAMPIRAN

lampiran 1. SOP Perekrutan Subyek Penelitian

.

.

........ ................... ...........

Lampiran 2. SOP Pemisahan Serum

64

.

..

........... ...........

•

....................................................................................

Lampiran 3. Formulir penjelasan dan persetujuan peserta penelitian

.

................ .............

65

66

xx

DAFTAR SINGKATAN

ADE

= Antibody dependent enhancement

CFR

=

Crude Fatality Rate

CMV

=

Cytomegalovirus

DBD

=Demam Berdarah Dengue

DENV

=

OF

= Dengue Fever

DHF

= Dengue Haemorrhagic Fever

DMSO

= Dimethyl sulphoxide

DSS

= Dengue Shock Syndrom

FBS

= Foetal Bovine serum

HI

= Haemaglutination Inhibition

HIV

= Human Immunodeficiency Syndrom

lgG

= lmmunoglobin G

IL

= Interleukin

IFN

=Interferon

RNA

=Ribonucleic Acid

SLE

=

TBE

=Tick Borne Encephalitis

TNF

=Tumor Necrosis Factor

UTR

=

WHO

=World Health Organisation

Virus dengue

St Louis Encephalitis

Untranslated Region

xxi

I.

PENDAHULUAN

Di Indonesia penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) sampai saat ini masih merupakan masalah kesehatan masyarakat, sejak tahun 1986 penyakit ini penyebarannya cenderung meluas dan jumlah kasus cenderung meningkat dari tahun ke tahun, terutama di kota-kota besar seperti Jakarta. Jumlah kasus DBD secara nasional sejak tahun 1990 sampai 2006 menunjukkan adanya peningkatan. Pada tahun 1990 dilaporkan sebanyak 22.807 kasus DBD dan 821 diantaranya meninggal (CFR = 3,60%), kemudian pada tahun 1991, 1992, 1993, 1994, 1995, 1996, dan 1997 dilaporkan ber turut-turut 21.120 kasus dengan jumlah kematian 578 (CFR = 2,74%), 17.620 kasus dengan jumlah kematian 509 (CFR = 2,89%), 17.418 kasus dengan jumlah kematian 418 (CFR = 2,40%), 18.783 kasus dengan jumlah kematian 471 (CFR = 2,51%), 35.102 kasus dengan jumlah kematian 884 (CFR

=

2,52), 16.517 kasus dengan jumlah kematian

1.192 (CFR = 2,67%) dan 30. 730 kasus dengan jumlah kematian 681 (CFR=2,22%). 1 Pada kejadian luar biasa (KLB) tahun 1998 dilaporkan angka kesakitan pada 72.133 penderita, dan 1.414 diantaranya meninggal (CFR = 1,96%). Kejadian ini diduga merupakan puncak siklus lima tahunan, karena pada tahun 1999 terjadi penurunan angka kesakitan menjadi 21.134 penderita dengan 422 kematian (CFR= 1,99%). Akan tetapi pada periode selanjutnya dari tahun 2000 sampai 2006 jumlah kasus DBD terus meningkat, namun CFR cenderung menurun. Pada tahun 2000

angka kesakitan sebesar 33.443 dengan 472 kematian (CFR = 1,41%), terus meningkat

menjadi 80.837 penderita dengan kematian 1.099 (CFR = 1,35%) pada tahun 2005, dan menjadi 111.730 penderita dengan jumlah kematian 1.162 (CFR = 1,04%) pada tahun 2006.2 Berdasarkan datatersebut di atas, terlihat bahwa angka CFR masih di atas standar nasional yaitu < 1%. Dari hasil penelitian terhadap kasus epidemi DBD tahun 2004, infeksi virus dengue-3 ! DV-3), sangat berkaitan dengan kasus DBD berat dan merupakan serotipe yang paling luas distribusinya disusul dengan Dengue-2,

Dengue-1 dan

Dengue-4. Beberapa observasi

mengindikasikan bahwa kemungkinan terjadi evolusi genetik virus yang dapat menghasilkan varian-varian yang lebih virulen. Keadaan ini dapat menimbulkan ataupun virulensi virus. 3•6

variasi sifat imunogenik

Berdasarkan hasil penelitian tersebut di atas, dan sedikitnya informasi genetik virus dengue yang ada di Indonesia serta guna mendukung rencana penggunaan vaksin untuk pencegahan DBD, kami merencanakan pemetaan distribusi virus Dengue yang ada di beberapa untuk mengidentifikasi serotipe dan genotipe virus Dengue yang ada di Indonesia,

daerah

serta memonitor munculnya genotipe baru. ldentifikasi genotipe akan dilakukan pada gen selubung (gen E) untuk menentukan strain virus danidentifikasi

keseluruhan genom virus.

Kegiatan ini dilakukan di sepuluh kabupaten/kota yang memiliki kasus DBD beberapa tahun terakhir. Oleh karena kegiatan ini membutuhkan biaya yang besar maka kami mencoba melakukannya secara bertahap. Pada tahun 2008 telah dilakukan identifikasi serotipe virus Dengue untuk kawasan Barat, yaitu Medan, Pontianak dan Jakarta. Berdasarkan hasilpemeriksaan ditemukan keempat serotipe virus dengue bersirkulasi di kota tersebut. Penderita DBD yang dirawat di rumah sakit mayoritas terinfeksi oleh virus dengue serotipe 2 dan 3. Sedangkan di Jakarta rriayoritasdengue serotipe 3, disusul dengan dengue serotipe 1 dan2. Pada tahun 2009 telah dilakukan identifikasiserotipe virus dengue darikota Kupang. Berdasarkan hasil pemeriksaan terhadap serum penderita DBD yang dirawat di Rumah Sakit, mayoritas terinfeksi virus dengue serotipe 2 dan 3.

Pada tahun 2012 dilaksanakan identifikasi serotipe virus dengue untuk kawasan Tengah dan Timur Indonesia yaitu Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura. Juga dilakukan identifikasi gen selubung virus dari sampel yang telah dikumpulkan sebelumnya. Sampel yang telah dikumpulkan sebelumnya berasal dari lima kabupaten/kota yang mewakili propinsi di Indonesia, yaitu Medan (Sumatera Utara}, Pontianak (Kalimantan Barat), Jakarta (DKI Jakarta), Kupang (Nusa Tenggara Timur) dan Ciamis (Jawa Barat}. Pada penelitian ini identifikasi gen fokus pada gen E dan NSl.

2

II. TINJAUAN PUSTAKA

A. Epldemlologi Dengu e Sebaran Global

Kejadian luar biasa demam dengue sudah dilaporkan dari setiap benua. 7 Epidemiologi pertama

kali yang dicatat terjadi pada tahu 1779 di Batavia (Jakarta) dan Cairo. Ketika itu

penyakit dengan gejala seperti dengue ini terjadi secara simultan. Setalah itu, kejadian luar biasa

dilaporkan juga di Philadelphia, Zanzibar, Calcutta, India Barat dan Hongkong. Epidemi

demam

dengue menjangkiti ratusan hingga ribuan kasus setiap tahunnya di Asia Tenggara,

dimana keempat serotipe dapat ditemukan di wilayah ini.(Gambar 1) Setelah perang dunia kedua

muncul pola endemik terbaru penyakit ini, diikuti dengan meningkatnya insiden 8 komplikasi dari demam dengue (DHF dan DSS) di Asia.

tndia & Sri Lanka La·in Amer ca & Caribbean OENV-1 !it. Ill) ftFNl/-1 (tll) CE.N'/ :! 11'"" Co::i 1 DENI/-� (Arr. An A.,. ::oi;J 0Et\V·3 { I, Ill) £)EN'/ 3 ! 'rf, t\I) Df:.f�\·4 t lJ 0LtN·4 ( 11 Suo-Sahatan A'ri::;a OFN'l·1 ;1111 DEl\V-2 (Cos! OHN 3 •,Ill)

Scu�naad A.sia rno1h) OENlf· l (I, ll Ill' Ut NV-2 (..Cm As As I As II 0os) OtNV-3 (II) Dl:NIJ-4 (I Ill;

�I.thM1<:.t A<;1.::1 I �1"l1 1th I OE�'/ i 11, 1 1} DE'4'1·Z A-., I. A.;:, 11. �v::: i DE"i'/·3 l, lit UL�/·4 1. 111

O;eania DE\JV·I o ll · O:NV·2 I A11 Cos l

DE 1'1\'-1 (Ill) II

OE:\$V-1

Gambar 1. Distribusi global virus dengue, mengindikasikan serotipe dan genotipe virus (Sumber: Holmes EC. 2009 ] Virus Dengue (DENV) dapat ditemukan di daerah tropis dan subtropis, sesuai dengan kondisi ekologi yang diperlukan untuk mempertahankan siklus alami virus. Virus Dengue ditularkan oleh nyamuk, yang secara prinsip adalah Aedes aegypti. Tetapi, pada beberapa 3

daerah yang

berperan adalah Aedes olbopictus dan Aedes polynesiensis. Vektor nyamuk akan

menularkan

virus setelah menghisap darah dari penderita yang terinfeksi virus ini. Setelah 10-

12

hari virus berada di dalam tubuh vektor, nyamuk ini akan menjadi infeksius sepanjang

9 hidupnya. Virus dengue saat 50-100 juta

ini telah bertransmisi pada lebih dari 100 negara, WHO memprediksi terjadi

kasus infeksi virus dengue setiap tahunnya. Lebih dari 500.000 kasus memerlukan

perawatan di

Rumah Sakit dan lebih dari 15.000 meninggal. 10

Sebaran di Indonesia

Di Indonesia, penyakit demam berdarah dengue merupakan salah satu masalah kesehatan

karena setiap tahun angka kesakitan dan kematian yang ditimbulkannya cukup

tinggi. Pengamatan sejak tahun 1968 tampak bahwa jumlah kabupaten kota dengan terdapatnya kasus demam berdarah dengue terus meningkat. Hingga tahun 2008, hampir semua

provinsi di Indonesia sudah ditemukan DBD. Pada tahun 2007, jumlah kejadian DBD

mencapai total 139.695 kasus (incidance rate 64 kasus per 100.000 populasi) dengan total meninggal mencapai 1.395 kasus (CFR 1 %). Keadaan DBD tahun 2007 ini meningkat lebih tinggi dibandingkan dengan keadaan pada tahun-tahun sebelumnya. 11 Dari beberapa catatan kejadian luar biasa demam dengue dan demam berdarah dengue sejak tahu 1968 di Indonesia, tampak adanya perubahan epidemiologi. Perubahan tersebut berupa siklus 5 tahunan menjadi fenomena tahunan. Selain itu distribusi umur yang terifeksi

didominasi oleh anak, pada beberapa tahun belakangan mulai didominasi oleh remaja

dewasa. Keempat serotipe virus dengue ditemukan pada kejadian luar biasa yang sudah · tercatat dari hampir semua provinsi di lndoneisa, namun virus dengue ,2 ' dan dengue 3 dan

merupakan serotipe yang jumlahnya lebih menonjol dibandingkan dengan serotipe yang lain. Dalam

beberapa dekade penyakit dengue telah menyebabkan 400 kematian tiap tahunnya,

namun dengan pemberian terapi suportif, jumlah case fatality rate (CFR) terus menurun. 12·13 Hingga tahun

2008, CFR demam berdarah di Indonesia 0,86 dengan angka yang bervariasi pada

tiap-tiap provinsi.11

4

Faktor yang berpengaruh terhadap penyebaran Meningkatnya insiden demam berdarah dengue yang dilaparkan disebabkan oleh adanya perubahan, baik pada manusia maupun terhadap ekologi vektor. 14 Pada daerah yang terisolasi,epidemi terjadi akibat terdapatnya tipe baru. Oleh karena demam dengue biasanya tidak memberikan gejala yang khas (subklinik) banyak kasus yang tidak dilaporkan. Perubahan lingkungan dapat menyebabkan meningkatnya infeksi pada manusia dan memicu timbulnya kajadian luar biasa. Setelah perang dunia kedua, secara pelan pelan penyakit yang ditularkan oleh nyamuk Aedes ini mulai menyebar. Keadaaan ini mungkin berkaitan dengan perpindahan penduduk besar-besaran, dan kebetulan juga meningkatnya densitas nyamuk

Aedes aegypti

seiring dengan mudahnya transpor darat dan udara serta

cepatnya perpindahan kasus yang terinfeksi. 15 Hingga kini, jumlah negara dan kasus infeksi oleh

virus dengue mulai meningkat dan menjadi salah satu masalah kesehatan di

dunia.(Gambar 2)

World Di stribution of Deng ue

-

2005

.'

tz"'' Ate
Gambar 2. Distribusi Aedes aegypti dan aktivitas dengue [Sumbe r : CDC]

5

Faktoryang berperan dalam letupan

Pada daerah hiperendemik di asia tenggara lebih dari setengah anak-anak pernah oleh satu atau lebih serotipe virus dengue. Di daerah tropis, epidemi cenderung

terinfeksi terjadi

selama musim hujan. Meskipun meningkatnya curah hujan menyebabkan penyebaran

vektor

nyamuk, insiden penyakit pada manusia tidak berhubungan erat dengan densitas

populasi vektor. Faktor lain (terutama meningkatnya temperatur yang mempersingkat masa inkubasi virus dengue pada vektor) sepertinya menjadi lebih penting. 14 Bebarapa faktor penting lain yang berperan dalam menimbulkan letupan kasus dengue, adalah efektifnya dimana

kontrol nyamuk di daerah endemik DBD. Ketiga adalah perubahan demografi,

tidak terkontrolnya pertumbuhan penduduk dan urbanisasi yang tidak terencana.

Perubahan

demografi ini mengakibatkan munculnya rumah-rumah yang tidak sesuai standar,

sumber serta urban.

banyaknya nyamuk Aedes aegypti di pemukiman padat penduduk. Kedua, tidak

saluran air dan manajemen sampah yang tidak adekuat di pemukiman penduduk

Genangan air pada sampah-sampah ini merupakan habitat ideal bagi Aedes aegypti

s�bagi vektor utama

dalam penyebaran virus dengue.

7•16

Epidemiologi molekuler don evo/usi virus

Pola filogenetik dan sekuen nukleotida dari gen E membagi masing-masing serotype ke dalam beberapa genotipe E

yang secara umum berhubungan dengan asal geografi. Tabel 1.

6

Tabel 1. Klasifikasi virus dengue berdasarkan genotipe E Virus Dengue tipe l

Genotipe I

II

Jepang (isolat t unggal

,

I 943),

Hawaii ( i solat tunggal, 1 944),

Thailand, Indonesia, Filipina, Taiwan, Pasifik Selatan

�

Thailand, Malaysia, Bum1a, Afrika Barat, Amerika (masuk tahun 1977) New Guinea (prototipe), Sri Lanka (sebelum tahun 1 969),

Dengue tipe 2

Distribusi Geografi

1

Filipina, Taiwan, Thailand, Malaysia, Cina, Amerika ("topotipe

Jamaika" masuk tahun 1 9 8 1 ) 11

III

IV

Seychelles, Sri Lanka, Afrika (masuk ke Afrika Timur tahun 1980-1981), Indonesia, Saudi Arabia India, Pasifik Selatan, Am.erika ("topotipe Puerto Rico" masuk

t.ahun 1969) Afrika Barat

Dengue

I

Filipina, Indonesia, Malaysia, Pasifik Selatan ( 1 980-an)

tipe 3

l1

Thailand

m

Sri Lanka, India, Afrika

IV

Pasifik Selatan ( 1960-an), Amerika ( 1 960-an, 1970-an)

Dengue

I

Indonesia, Pasifik Selatan, Amerika

tipe 4

II

Thailand, Filipina

[Sumber: Monath & Heinz. 1996]. Analisis genetik dari masing-masing strain diduga juga memberikan variasi dalam

�a1 vl rulensi virus. Pembagian genotipe ini dapat juga digunakan untuk menentukan asal virus penyebab epidemi. Untuk serotipe 2 dan 3 yang berasal dari Asia Tenggara dan genotipe yang berasal dari benua dimana India berada, diidentifikasi sebagai penyebab kejadian luar biasa kasus DHF dan atau DSS,

serta banyaknya kasus infeksi primer

dengan derajat penyakit yang berat. 17

7

Vektor nyamuk pada infeksi Dengue

Nyamuk dengan genus Aedes (Aedes aegypti, Aedes albopictus dan Aedes polynesiensis) mempunyai peran penting dalam transmisi virus dengue. Namun vektor

yang paling penting adalah A aegypti.

Sedangkan

peran

A.albopictus dan A.

Polynesiensis sebagai vektor tergantung pada geografi tertentu. A.aegypti hidup di daerah tropis dan subtropis. Nyamuk ini dapat berkembang

pada air yang terpolusi atau air yang tergenang dalam jumlah yang sedikit. Telur dapat bertahan lama, karena tahan terhadap pengeringan.

Meningkatnya populasi larva

terlihat pada musim hujan. Perubahan temperature dan kelembapan mempengaruhi propagasi virus pada nyamuk.

Temperatur lingkungan juga memberikan pengaruh

terhadap viremia akut pada nyamuk betina, masanya menjadi lebih pendek dengan meningkatnya suhu. Setelah menghisap darah penderita DBD, virus bereplikasi pada midgut, kemudian mencapai haemocoel dan haemolymph,

dan akhirnya menca �ai

jaringan lain dari nyamuk termasuk kelenjar liur. Setelah bereplikasi di kelenjar liur, nyamuk menginfeksi kasus baru dengan mensekresikan liurnya setelah menghisap darah. Beberapa studi melaporkan terdapatnya transmisi transovarial dari nyamuk betina yang terinfeksi, sehingga memungkinkan untuk menjadi reservoir virus selama periode inter epidemik. 18

B. Aspek Biologi Virus Dengue Si/at /isik don kimia

Virus dengue termasuk ke dalam family flaviviridae (family ini terdiri dari 3 genus; Hepacivirus, Flavivirus don Pestivirus) dan genus flavivirus. Partikel jlavivirus berbentuk sferis, dengan diameter 40-60 nm dan

ketebalan bagian tengah sekitar

sekitar 30 nm. Masa molekuler virion adalah 60 x 106. Komposisi virion terdiri atas 6% RNA, 66% protein, 9% karbohidrat. dan 19% lipid. Flavivirus dapat diinaktivasi dengan pelarut organik dan deterjen. Pada kondisi in vitro, virion stabil pada lingkungan alkali, yaitu pada pH 8. Virion sensitif terhadap panas, pelarut organik dan deterjen. 10 Virion Flavivirus yang matur mengandung

3

struktur protein, yaitu : nukleokapsid atau

8

protein di bagian tengah (C ; 12 kDa), membran protein yang tidak mengalami glikosilasi (M ;

8

kDa) dan selubung protein ( E

; 53

kDa) yang biasanya mengalami glikosilasi.

Protein M dan protein E dihubungkan dengan selubung lemak yang berupa jangkar membran yang hidrofobik. Selubung lemak tersebut terdiri dari sekitar

17%

dari berat

virion dan berasal dari lipid sel host. Protein E adalah komponen utama pada permukaan virion, protein ini terdiri dari antigenik determinan yang penting untuk HI (Haemaglutination Inhibition) dan netralisasi, jadi mengiduksi respon imun pada host yang terinfeksi. Struktur elemen pada dari determinan protein E terlibat pada perlekatan virion dengan reseptor sel dan pada saat fusi. Deterjen dan protease digunakan untuk mengkarakterisasi struktur dari flavivirus dan untuk mengisolasi subunit imunologi. Deterjen nonionik seperti Triton X dapat melarutkan seluruh selubung, melepaskan protein M dan E. Sodium deoksikholat hanya melepaskan protein E, sementara

protein

M tetap

menempel

dengan

nukleokapsid

.

Protease

memperlihatkan bagian dari glikoprotein E berlokasi pada lipid bilayer. Berdasarkan analisis struktur primer pada glikoprotein flavivirus, terdapat regio jangkar pada membran yang bersifat hidrofobik pada ujung karboksil dari molekul protein E. 10 Selubung flavivirus melindungi genom dari nuklease sel dan bagian dari nukleokapsid dapat dikeluarkan dengan terlebih dahulu diolah dengan menggunakan deterjen dan didegrasi dengan ribonuklease. lnfektivitas flavivirus dan hemaglutinin stabil secara optimal pada pH

8.4

dan

8.8.

Sensitif terhadap pH rendah, jadi tidak memungkinkan

untuk infeksi melaui oral. Namun TSE (Tick Borne Encephalitis) memungkinkan untuk menginfeksi lewat susu yang terkontaminasi. Flavivirus dengan cepat dapat diinaktivasi "

dengan suhu yang tinggi. Pada suhu 50°C, 50% dari infekstivitas hilang dalam wak't 11 l0 menit. Suhu rendah dapat mempertahankan infektivitas, dengan stabilitas paling besar pada suhu -60°C atau lebih rendah. Berdasarkan percobaan, virus yang mati di dalam darah dan larutan protein lain .terjadi dalam. waktu 30 menit pada suhu

56°C.

Aerosol

juga dapat merupakan sumber infeksi yang berbahaya di laboratorium, karena virus SLE (St Louis Encephalitis) stabil selama 6 jam pada susupensi aerosol pada suhu ruangan dan kelembaban 23 % hingga

80%.

Flavivirus dapat diinaktivasi dengan menggunakan

9

formaldehid,

2%

hidrogen peroksida, 500 - 5000 ppm clorin, alkohol,

1%

sinar ultraviolet, iradiasi gama dan diisinfeksi oleh glutaraldehid, iodin

2%

hingga

3%

3%

dan

8%

dan fenol iodofor. Namun virus yang ditularkan oleh kutu lebih resisten

dibandingkan dengan virus yang ditularkan oleh nyamuk. 10

Struktur antigen

Semua anggota genus flavivirus memiliki bagian antigen umum, seperti yang perlihatkan dengan tes HI dengan serum imun poliklonal dan ini merupakan dasar dari klasifikasi. Sementara tes netralisasi dapat digunakan untuk memisahkan individu virus pada genus dan untuk menentukan subgrup virus yang berdekatan. Pada awalnya, diferensiasi dari masing-masing individu virus dilakukan berdasarkan netralisasi silang dengan menggunakan poliklonal antisera hiperimun. Berdasarkan hasil penelitian ini flavivirus dibedakan ke dalam sejumlah kompleks antigenik dan memperlihatkan bahwa terdapat perbedaan antigenii< pada struktur protein selubung (E). Bersamaan dengan inl, hasil silang HI dinyatakan terdapatnya grup, sero kompleks dan tipe determinan spesifik. 17 Perlekatan antara virus dengan sel merupakan tahap penting dalam menentukan infektivitas virus. Perlekatan virion dimediasi oleh glikoprotein E dan infektivitas berhubungan dengan afinitas perlekatan protein E pada permukaan sel. Antibodi mengikat protein E dan menghalangi perlekatannya dengan reseptor. Sejumlah data memperlihatkan terdapatnya kompleksitas dari determinan antigen yang dikenal oleh antibodi pada permukaan virion. Berdasarkan sekuen dari sejumlah falvivirus diperoleh kelasifikasi berdasarkan sekuen yang homolog ·c:?.n 'konstruksi dari evolutionary tree . Berdasarkan perbandingan sekuen asam amino dari protein E,dihasilkan

gambaran

yang sangat sesuai dengan serokompleks flavivirus yang telah diuraikan berdasarkan netralisasi silang menggunakan serum poliklonal. 17 Mikroskop cryoelectron telah digunakan untuk menentukan struktur 3 dimensi virion dengue serotipe 2. Penelitian ini mengkornfirmasi ukuran dan susunan virion seperti yang telah dilakukan sebelumnya terhadap virus TBE. Terdapat 90 dimer protein

10

E yang tersusun

pada permukaan virion dengan susunan menyerupai tulang ikan. Dimer

dimer ini terpasang paralel pada lipid membran, memberikan bentuk permukaan yang licin. (Gambar 4). Sebaliknya struktur virion yang immatur (mengandung prM) menampilkan susunan yang sangat berbeda, dengan terdapatnya tonjolan-tonjolan yang dibentuk oleh susunan trimer prM/E. Akibatnya ukuran virion yang imatur sedikit lebih besar dibandingkan dengan virion yang matur. 19 (Gambar 3 & Gambar 4)

Gambar 3. Struktur virion Flavivirus yang matur [ Sumber: Kuhn. Et al 2002) Immature

Mature

- sE

capsid (C)

dimer

membrane

Gambar 4. Struktur imatur dan matur vriron flavivirus. [Sumber : Stiasny, K., et al 2006] Protein lain yang juga dapat berperan sebagai antigen adalah protein nonstruktural 1 11

(NSl). Protein ini disekresikan oleh sel yang terinfeksi oleh flavivirus. menggunakan NSl yang dipurifikasi dari sel terinfeksi

atau NSl rekombinan

menunjukkan bahwa NSl menginduksi respon imun protektif diinfeksi dengan dengue, yellow fever atau TBE .

Eksperimen

hewan coba yang

10'19

C. Genetika Struktur dan Organisasi genom

Genom virus Dengue kira-kira 11.000 bp dengan 5' capped (terdapat gugus metil guanosin) dan 3'-end yang biasanya tidak berpoliadenilasi. Genom ini mengkode 10 protein dalam suatu open reading frame tunggal. (Gambar 5) Terdapat tiga protein struktural yang dikode pada sepertiga ujung 5' dari genom virus1 yaitu : protein capsid (C) yang membentuk lapisan pelindung genom (nukleokapsid), protein membran (M), dan protein envelope (E), yang merupakan protein permukaan yang melekat di dalam envelop virion. Tujuh protein non struktural (NS) yang dikode pada duapertiga ujung 31 genom virus yaitu: NSl, NS2a, NS2b, NS3, NS4a, NS4b, dan NSS. 10

NC s·-

EIPrM

E

NS3

NS1

NC

ns4a

n s2a ns2b

NS5

-3'

ns4b

Gambar S. Organisasi genom virus dengue [Sumber : WHO, 2007] Keterangan : C prM E

= Capsid =

prkursor membran

= Envelope

NSl = Non-struktural 1 NS3 = Non-struktural 3 NSS = Non-struktural 5

12

Protein yang disandi oleh genom virus 1.

Protein capsid:

Merupakan protein dengan massa 9 hingga 12 kD, mengandung 112 hingga

127

asam

amino yang sangat bermuatan positif oleh karena mengandung residu lisin dan arginin dalam jumlah besar. Besarnya proporsi asam amino ini diduga untuk menentralisasi muatan negatif dari RNA virus. 2.

Protein Membran :

2

bentuk protein membran telah dikarakterisasasi. (i). prM

yang terdapat pada virion imatur dan (ii) protein membran yang terdapat permukaan virion yang matur. Hanya protein membran yang matur yang dapat mengalami fusi pada kondisi asam pada endosom. 3.

Protein envelope (selubung) : merupai
60 kD. Protein E berhubungan dengan sejumlah aktivitas biologi termasuk menmpel dengan reseptor, hemaglutinasi eritrosit, menginduksi antibodi netralisasi mayor, memediasi fusi dengan membran pada pH yang rendah didalam endosom dan perakitan virus. 4.

Protein NSl

:

adalah protein dengan besar 42 hingga 50 kD. Protein ini terdapat

dalam bentuk berbeda, pada permukaan sel dan bentuk sekresi pada medium ekstraseluler. Bentuk dimer ini dipengaruhi oleh regio C terminal yang juga diperlukan untuk sekresi protein. Protein ini merupakan salah satu target antibodi. 5.

:

Protein NS3

protein dengan berat 67 hingga

flavivirus. Dua fungsi yang dimiliki oleh protein ini

70

kD dan sangat conserved pada

adalah protein dengan aktivitas

protease dan helikase. Beberapa data menunjukkan bahwa protein ini juga berperan .

..

pada proses c��i n g (penambahan gugus metil guanosin pada 5' genom) dan metilasi dari RNA virus. 6.

Protein NSS : Merupakan protein dengan besar 104 hingga 106 kD, juga

merupakan protein yang conserved. Protein .ini memiliki aktivitas RNA dependent RNA polimerase. 17

13

Siklus replikasi

Gambaran umum tentang replikasi famili flaviviridae tampak seperti pada gambar 6. Siklus hidup virus Dengue dimulai ketika vektor menghisap darah dan virus masuk kedalam tubuh pejamu. Selanjutnya dimulai proses replikasi seperti yang diuraikan dibawah ini.

2

f'ot�·blPf. ;a ·11MI;;ti' R'lf

3

,\,..i1'tJWr ,i Lu: PfldOl.Ol"M ll,1ol("M 4.llM rht .,,J l\\.tleoi.p ., llC �!�4CM at'd i.r�oa\t

� .. ... I

t·

.; •

••

., d I . !• I '

•

4

't-" v.c.11 rlr..if .;•Id C"IJa· J)!O:�ll�\ wnU'P-111?d

Tl-t Vl'L� l"' ·r�l?\ lr:lf'11nPo;i.l1nn to.tsyrrM�tr-:: 1yrtl-1-1,1 o' •IN� VY4, I • _d.. 1 c

6

\ubt�wfl'I tr• •tbt.o • Q�··•·•IF\

Luve q��rt..:,� o' •<.J µ1otc ri vi•1vr1 .. ..

JIS� " t"*' l� ;nil!d,\ t :r. 1"';•>1.l

Vr�I ma:1.raticn o..�vs

n tne uol;i

..,,.,,! '1ft-tkJ�t.. :• ' .:'l " \ ' J' ' �MK!

Gambar 6. Siklus replikasi Flaviviridae [Sumber : Clyde,K dkk. 2006]

(1) Virus Dengue menempel dan (2) masuk ke dalam sel diperantarai reseptor.{3). pH yang rendah di dalam endosom menyebabkan perubahan pada protein E virus dan terjadi fusi antara envelop virus dengan membran sel. Nukleokapsid (materi genetik dan pembungkus virus ) segera masuk ke dalam sitoplasma. Setelah Capsid terbuka (4) RNA .14

virus ditranslasi pada membran Retikulum Endoplasma, membentuk 3 protein struktural dan 7 protein Nonstruktural.Setelah sintesis protein selesai, (S) dimulailah sintesis RNA. Berikutnya, (6) terjadi perakitan partikel virus di dalam Retikumlum Endoplasma dan menjadi matur di dalam Sadan Golgi. (7) Virus matur disekresikan melalui jalur sekretori sel pejamu.

1.

Penempelan, Penentrasi dan Uncoating

Virus Dengue menempel pada sel yang memiliki reseptor yang sesuai. Ada dua mekanisme

penempelan virus Dengue.

Pertama, kompleks virus dengue dan

lmmunoglobin G (lgG) dapat menempel pada makrofag atau monosit melalui reseptor Fe yang terdapat pada permukaan sel. Mekanisme yang kedua, virus dapat menempel pada permukaan sel (termasuk monosit) melalui reseptor virus yang sensitif-tripsin. Reseptor sel host dapat berikatan dengan bagian tertentu dari glikoprotein E.15 Virus dengue melakukan penentrasi pada membran plasma melalui perusakan membran pada tempat adsorbsi, lalu terjadi proses endositosis. Proses uncoating pada virus dengue disebabkan terjadinya fusi protein envelope virus dengan membran sel host yang disebabkan oleh perubahan pH. Kondisi asam dapat menyebabkan terjadinya deposit nukleokapsid di dalam sitoplasma. 8•22•23

2.

Translasi awal dan replikasi RNA awal

Pada fase awal ini RNA virus harus dapat menjadi cetakan untuk replikasi dan translasi. RNA genom virus Dengue merupakan rantai positif, sehingga harus ditranskripsi terlebih dahulu untuk menghasilkan rantai negatif untuk proses replikasi. Proses translasi tidak memerlukan rantai negatif, karena rantai positif dapat langsung ditranslasi .

3.

Sintesis dan pemrosesan protein virus de.ngan proteolitik

Protein struktural dan nonstruktural virus berasal dari prekursor poliprotein yang besar, yang dikode oleh satu Open Reading Frame yang panjang . Translasi dimulai dari kodon AUG yang pertama dari genom RNA. Masing-masing protein virus kemudian terbentuk

15

dengan adanya proses ko-translasional proteolitik pada ujung N dari prM, E, NSl dan NS4B terjadi di lumen retikulum endoplasma.

4.

Replikasi RNA

Replikasi RNA terjadi di daerah membran halus perinuklear dari set yang terinfeksi virus dengue. Ada tiga bentuk RNA yang dapat diekstraksi dari sel yang terinfeksi virus dengue, yaitu : RNA replicative form, RNA replicative intermediate dan RNA 42 S RNAse sensitive.

RNA replicative form merupakan RNA yang utuh, RNA rantai ganda yang

mengandung rantai positif yang utuh. RNA replicative intermediate hanya berupa rantai tunggal negatif. Baik RNA replicative form maupun RNA replicative intermediate dapat menjadi prekursor bagi RNA virus rantai 42 S rantai positif. Regulasi dari replikasi RNA masih belum diketahui, tetapi kemungkinan kompleks polimerase-RNA pada tahap awal dan akhir memiliki afinitas yang berbeda bagi cetakan rantai positif dan negatif.

5.

Perakitan dan pelepasan virus

Perakitan virus dengue melalui beberapa tahapan, yaitu : (i) Perakitan nukleokapsid dari protein Core dan RNA ; (ii) Nukleokapsid melakukan budding melalui membran yang mengandung protein integral

E dan prM untuk mendapatkan envelope; (iii) Virion

belum matang keluar dari keluar dari retikulum endoplasma dengan cara budding atau eksositosis vesikel ; (iv) Maturasi virion dan reorganisasi permukaan virion dengan cara pemotongan protein prM. Pelepasan virus dengue dari sel yang terinfeksi terjadi melalui eksositosis sekretori dimana vesikel sekretori yang mengandung virus berdifusi dengan membran plasma. Protein prM harus dipotong terlebih dahulu sebelum virion dilepaskan atau ketika akan keluar dari set. Pemotongan protein prM disertai dengan reorganisasi selubung virion, yaitu pembentukan trimer protein E dari hetero.dimer: prM:-E. Proses pemotongan ini menjadikan virus matang.22'23

16

D. Patogenesis

Manifestasi klinis yang berat akibat infeksi virus dengue adalah DHF dan DSS. Kedua manifestasi ini ditandai oleh adanya perdarahan dan kebocoran plasma. Kejadian kebocoran plasma biasanya terjadi setelah akhir fase viremia, oleh karena itu kebocoran plasma lebih dihubungkan dengan faktor imunologi akibat infeksi dari pada faktor virus secara langsung. 24 Namun secara umum patogenesis DHF didukung oleh 2 teori, yaitu virulensi dan imunopatogenesis.

Vlrulensl virus sebagai penyebab DHF

Dari beberapa kejadian luar biasa infeksi dengue

dilaporkan bahwa kejadian DHF

berhubungan dengan infeksi sekunder, sehingga muncul terori ADE. Hipoteseis ini disanggah oleh adanya kejadian DHF pada infeksi primer. Sehingga diasumsikan bahwa strain virus juga memberikan manifestasi DHF. Sekuen strain Asia virus dengue serotipe 2 sebagai penyebab DHF memperlihatkan terdapat perbedaan pada asam amino

390

dari protein E, di 5' UTR dan upstream nukleotida 300, 3' UTR.25'26

lmunopatogenesis Antibody dependent-enhancement (ADE)

Mekanisme yang mengakibatkan demam berdarah dengue tidak berdiri sendiri. Beberapa studi melaporkan infeksi sekunder umumnya menyebabkan demam berdarah dengue. Fenomena antibody dependent-enhancement (ADE) merupakan hipotesis yang mendukung beratnya manifestasi klinis pada infeksi sekunder. Terdapat antibodi dari infeksi primer yang berikatan dengan virus dengue serotip'C, berbeda pada infeksi sekunder.

Kompleks

antigen

antibodi

ini

tidak

menetralisasi

infeksi

tetapi

mempermudah terjadinya infeksi pada sel yang mengekspresikan Fey reseptor seperti monosit dan makrofag. 24 Sementara kejadian Dl:IE..a.tau. bahkan . DSS yang dialami bayi (usia kurang dari 1 tahun) dan belum pernah terinfeksi dengue, dapat dijelaskan dengan hipotesis ini karena berkaitan dengan antibodi yang didapat dari ibu. 29

17

Respon /mun spesifik don sitokin

Nilai berbagai macam sitokin pada plasma menunjukkan peningkatan yang lebih tinggi pada DHF dibandingkan dengan berperan

pada

proses

DF.

Laporan ini mendukung teori bahwa sitokin

imunopatogenesis

infeksi

dengue,

oleh

karena efek

proinflamatorinya pada sel endotel vaskuler. Beberapa sitokin yang meningkat pada DHF adalah TNF-a, IL-2, IL-6, IL-8, tl-10 dan IFN-y. 33 Banyak studi tentang

TNF

a

melaporkan, sitokin ini merupakan sitokin primer yang memberikan implikasi terhadap patogenesis. Studi terhadap hewan coba yang diberi terapi anti TNF secara bermakna menurunkan angka kematian.29 TNF-a dihasilkan oleh monosit yang terinfeksi virus dengue, sitokin ini meningkatkan permeabititas vaskuler. Selain itu sel limfosit T yang spesifik juga memproduksi TNF-a, IL-2 dan IFN-y. Kedua set ini yang meningkatkan level sitokin pada kasus DHF

.26

Aktivasi komplemen

Sistem komplemen adalah suatu famili serum dan protein pada permukaan set yang mengenal patogen melalui pola molekuler, mengubah ligannya dan kompleks imun.37 Pada

DHF,

komplemen mungkin diaktivasi melalui kompleks imun yang

terbentuk oleh virus dengue yang bersirkulasi dan antibodi spesifik untuk virus dengue. Aktivasi komplemen ini belum sepenuhnya dimengerti. Namun beberapa studi mengindikasikan terdapatnya peningkatan produk aktivasi plasma, C3a dan CSa pada penderita dangan DHF.27

Patofisiologi penyakit

Kebocoran plasma terjadi akibat adanya peningkatan permeabititas pembuluh darah. Manifestasi akibat kebocoran ini meliputi hemokonsentrasi, hipoproteinemia / .. " · hipoalbuminemia, efusi pleura, ascites, ancaman syok da n syok berat. Peningkatan hematokrit tidak dapat dipakai sebagai petunjuk oleh karena dapat disebabkan oleh perdarahan yang berat atau berkaitan dengan cairan intravena.

38

Uji torniquet positif

mengindikasikan adanya peningkatan fragilitas dari kapiler. lnformasi ini bisa didapat 18

pada awal penyakit, dan merupakan akibat !angsung dari virus dengue selama fase viremia. 7

Perdarahan pada penderita DHF dapat disebabkan oleh

vasculopathy,

trombositopenia, gangguan platelet dan coagulopathy. Jumlah platelet pada penderita DHF biasanya kurang dari 100 x 109/L. Studi tentang sumsum tulang dari penderita DHF pada masa demam memperlihatkan adanya

hipocellularity dengan penurunan

megakariosit, eritroblas, prekursor mieloid.32 Gangguan platelet ini kemungkinan juga 33 disebabkan oleh kelelahan akibat aktivasi yang dicetuskan oleh kompleks imun. Gangguan coagulopathy pada penderita DHF disebabkan oleh adanya penurunan aktivitas faktor pembekuan seperti protrombin, factor V, VII, VIII, IX dan X, antitrombin dan a 2-antiplasmin, dan produk degradasi fibrin (D-Dimer) sedikit meningkat.31

Gambaran klinis don klasifikosi penyakit

Manifestasi klinik infeksi dengue sangat bervariasi, mulai dari tanpa menimbulkan gejala, demam yang tidak dapat diketahui penyebabnya, demam dengue, demam berdarah dengue hingga sindrom syok dengue (DSS). Demam biasanya terjadi selama 6 hingga 7 hari setelah 2 hingga 7 hari paska inkubasi. Gejala umum dapat diikuti dengan lemas, nyeri tulang, mual dan muntah. Bintik-bintik perdarahan dapat muncul pada kulit pada hari pertama atau kedua. Fenomena perdarahan merupakan manifestasi khas untuk demam berdarah dengue.

18

Untuk kepentingan penatalaksanaan penderita,

WHO

membuat definisi demam

berdarah dengue dan membuat klasifikasi tingkat keparahan penyakit (Tabel 2) dan (Tabel 3.).

19

Tabel 2. Definisi kasus Demam Berdarah Dengue [Sumber : Malavige, GN., et al 2004]

Defmisi kasus Demam berdarah dengue WHO Penderita dengan gejala :

1.

Demam tinggi selama 2-7 hari.

2.

Manifestasi pedarahan (minimal uji torniquet positif)

3.

Jumlah Platelet kurang dari 100 x 1 09/J

4.

Hernokonsentrasi (terjadi peningkatan nilai haemtokrit lebih dari 20% atau adanya kejadian kebocoran plasma seperti ascites,

efusi pleura,

nilai protein

serum/albwnin menurun)

Definisi kasus Demam berdarah dengue WHO Penderita dengan gejala : 1.

Demam tinggi selama 2-7 hari.

2.

Manifestasi pedarahan (minimal uji torniquet positif)

3.

Jumlah Platelet kurang dari 100 x 109/I

4.

Hemokonsentrasi (terjadi peningkatan nilai haemtokrit lebih dari 20% atau adanya

kejadian kebocoran plasma seperti ascites, efusi pleura, nilai protein serum/albumin menurun)

20

Tabel 3. Klasifikasi tingkat keparahan infeksi dengue. [Sumber : OF/DHF

Grade·•

DF

OHF

I

WHO.

1999}

Symptoms

Fc\ir:r V.Jith two or

Lc·u kopr�n Ll

more ot the tollovv1ng

OCCClSional ly.

signs: heacl ache

Tt1romf)ocytopen ia

retro-orb ft;:i l pC1in

may bP present. no

myalg iz1 . art11rnlgia

i'.:Vidcnct"' ot pk1srna loss

Above signs plw >

Tl1rornbocytop 2nia 1

positive tourniq uet

OHF

II

Laboratory

.,_

1 00,000 Hct rise ..

test

> 20%

Above signs plus

Thrombocytopenia

spontaneous bleecling

<

1 00 000. Hct rise ..

-::- 20%

-

DHF

111

Above signs plus

Throm bocytopenir.:i

circulJtory tailure

<

(vi1eak pulse.

1 00,000 Hct rise

::- 20%

hypotension. restle5sn ess) DHF

IV

Protound shock with undetecttll)le blood pressur e tind pulse

Ttlrombocytopeni;,i �

1 00 000. Hct rise ..

.::.::_ 20%

21

Ill. TUJUAN DAN MAN FAAT Tujuan Umum

Melakukan pemetaan serotipe dan genotipe virus Dengue dari daerah endemis Demam Berdarah Denguedi

Indonesia

Tujuan Khusus 1.

Menganalisis manifestasi klinis dari kasus DBD dari Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura

2.

Manganalisis hasil pemeriksaan hematologi penderita DBD

3.

Menganalisis hubungan hasil pemeriksaan hematologi dengan keadaan klinis penderita DBD

4.

Menganalisis manifestasi serologi untuk konfirmasi diagnosis DBD

5.

Melakukan pemetaan serotipe virus dengue dari kota Samarinda, Manado, Ternate, Jayapura dan Manokwari.

6.

Menganalisis hubungan serotipe virus Dengue dengan keadaan klinis penderita DBD

Manfaat 1. Memberikan informasi tentang gambaran serotipe dan genotipe virus Dengue dari daerah endemis di I ndonesia 2.

Sebagai data dasar untuk vaksin dengue strain Indonesia

22

IV.METODE

4.1.Alur Penelitian

Pengumpulan data klinis dan sampel penderita DBD dari berbagai daerah endemik

I ELISA

I

Pemeriksaan sampel di Laboratorium virologi di Balitbangkes

I RT-RCR

untuk konfirmasi diaanosis

(Lanciotti,1992) untuk menentukan ----'-:- ..... . . :v. ......

.

..

1. Gen E (untuk menentukan stran i virus)

Sequencing

NC

s· -fil B prM

ns2a

E

I

-N,,,_ S� 1

NC

NS3

____ � ___ . .

ns2b

NSS os4b

u -3'

Analisa urutan nukleotida

Gambar 7. Alur Penelitian

23

4.2. Desain dan jenis penelitian

a. Desain penelitian adalah studi potong lintang (cross sectional study) b. Jenis penelitian adalah survei dasar

4.3 Tempat dan waktu penelitian

Tempat penelitian 2 RS d i kota Samarinda, Manado, Ternate, dan Jayapura, serta laboratorium virologi Balitbangkes. Lama penelitian delapan bulan. Penelitian di kota Manokwari dibatalkan oleh karena sedikitnya jumlah kasus 080. Rencana untuk pindah lokasi penelitian di Kota Sorong juga dibatalkan oleh karena terbatasnya waktu untuk pengumpulan sampel. Rencana pemeriksaan sekuensing untuk menentukan genotype virus dilakukan d i Lembaga Eijkman, namun oleh karena tidak sepakat pada perjanjian kerjasama maka pemeriksaan sekuensing dilakukan di laboratorium virology, namun membutuhkan waktu untuk optimasi protokol kerja.

4.4. Sampel Penelitian Populasi :

Semua penderita yang diduga menderita Demam Berdarah Dengue (DBD),

yang dirujuk ke bagian anak dan bagian penyakit dalam di dua rumah sakit di kota Samarinda, Manado, Ternate, Jayapura dan Manokwari. Sampel

: serum yang berasal dari penderita yang diduga menderita DBD dan

memenuhi kreteria inklusi dan dinyatakan tersangka penderita DBD oleh klinisi. Kriteri� lnk�usi tersangka DBD : ·,

.

penderita yang dirawat di bagian penyakit dalam dan

bagian anuk yang memenuhi kriteria WHO, yaitu mengalamidemam tinggi mendadak I tanpa sebab yang jelas, berlangsung terus menerus selama 2-7 hari, disertai manifestas perdarahan (sekurang-kurangya uji Tourniquet positif), dan/atau trombositopenia (trombosit �100.000/ul) dan hemokonsentrasi (Ht� 20% dari normal) (WHO 2003) serta bersedia untuk berpartisipasi dan menandatangani informed concent. Kriteria

eksklusi : tersangka penderita DBD memenuhi kriteria inklusi yang menolak

untuk berpartisipasi. 24

Besar sampel penelltian

:

Sampel dikumpulkan dari 2 Rumah Sakit .pada masing-masing kota Samarinda, 7 bulan. Untuk kota Samarinda dan Manado

Manado, Ternate, Jayapura selama

diasumsikan jumlah penderita yang terinfeksi virus dengue dengan distribusi serotipe virus sama dengan yang ditemukan di kota Pontianak. Agar semua serotipe virus yang didapat minimal 20, maka dihitung berdasarkan persentase serotipe yang paling banyak.Jumlah kasus yang terinfeksi virus dengue serotipe 3 merupakan jumlah yang paling banyak (46%), dan digunakan sebagai dasar perhitungan.Untuk perhitungan sampel berdasarkan rumus sebagai berikut: z2 x (p x q) N = -------------d2

41

Oiasumsikan jumlah kasus DBD yang terinfeksi (P) Interval = 95%, Z =

N

0,46 jarak (d)

=

5%, Confidence

1,645 maka jumlah sampel adalah

(2,71) x (0,46 x 0,54 )

-

=

---------------------

=

269,3 "'270 sampe l

(0,0025) Untuk kota Ternate dan Jayapura agar mendapatkan virus dengue dengan jumlah yang diharapkan, dihitung berdasarkan distribusi serotipe virus dengue yang diidentifikasi dari kota Kupang. (virus dengue serotipe 3 ;33%)

(2, 71) x (0,33 x 0,67 ) N

=

-----------------------

-

=

239,7 "' 240 sampel

(0,0025) Jumlah keseluruhan sampel yang dikumpulkan pada penelitian ini 2 x 270 540sera (untuk kota Samarinda dan Manado) dan 3

x

240

=

=

720 sera (untuk kota

Ternate, Jayapura dan Manokwari). Mangingat jumlah kasus dari kawasan Indonesia bagian Timur tidak begitu banyak, maka untuk kota Ternate, Jayapura dan Manokwari jumlah sampel dikurangi 50%. Sisanya akan diambil pada tahun berikutnya. Sehingga

25

sampel yang akan dikumpulkan pada tahun 2012; 540 + 360

=

900 sera.

Jumlah target sampel untuk kota Ternate dan Jayapura harus dikurangi lagi setelah mendapat data jumlah kasus DBD dalam beberapa tahun belakangan dari Dinas Kesehatan Maluku Utara dan Papua. Jumlah target sampel dari Ternate dan Jayapura sebelumnya masing-masing 120, dikurangi setengahnya menjadi 60 untuk masing masing kota. Sehingga jumlah target sampel keseluruhan 660. Rencana semula akan dilakukan identifikasi strain virus dengue dengan menggunakan sampel yang dikumpulkan pada penelitian ini dan sampel yang sudah dikumpulkan sebelumnya. Di laboratorium Litbangkes terdapat serum yang teiah dikumpulkan dari kabupaten Ciamis, belum dilakukan pemeriksaan serotipe virus. Serum tersebut akan dilakukan pemeriksaan RT PCR bersamaan dengan sampel yang dikumpulkan pada penelitianini. Jumlah sampel yang akan dilakukan pemeriksaan RT PCR sebanyak 900 + 350 sera dari Ciamis

=

1250 sera.

Untuk menentukan strain virus akan disekuensing gen E dari masing-masing serotipe virus dan diperlukan paling sedikit 20 sampel per masing-masing kota. Oleh karena jumlah sampel yang ada belum memenuhi kriteria, maka akan dilakukan sekuensing gen E pada semua sampel positif virus dengue yang sudah terkumpul. Jumlah sampel yang sudah dapat dilakukan identifikasi gen E, Medan 58, Pontianak 54, Jakarta 36 dan Kupang 36, dan Ciamis 100 sampel. Jumlah sampel yang akan dilakukan identifikasi gen E adalah 284 sampel. Bila untuk sekuensing gen E diperlukan masing-masing 4 primer untuk masing masing serotipe, maka satu sampel akan disekuensing sebanyak 4 kali, maka jumlah pemeriksaan sekuensing gen E yang akan dilakukan adalah 284 sera x 4 kali

=

1136

pemeriksaan sekuensing. Untuk sekuensing keseluruhan genome, diambil 1 sampel untuk masing-masing serotipe dari masing-masing kabupaten/kota. Jumlah keseluruhan sampei yang akan disekuensing whole genome ; 4 serotipe x 10 kabupaten/kota

=

40 sampei.

Bila pemeriksaan sekuensing whole genome untuk satu serotipe virus memerlukan 30 primer, maka jumlah pemeriksaan sekuensing yang akan dilakukan untuk identifikasi

26

'

whofe genome adalah; 30 primer x 4 serotipe x 10

kabupaten kota

=

1200 pemeriksaan sekuensing

Jumlah keseluruhan pemeriksaan sekuensing

adalah 1136. Untuk mengantisipasi

kekurangan reagen karena kegagalan pem2riksaan sehingga perlu diulang, maka jumlah pemeriksaan ditambah 10

%.

Sehingga jumlah keseluruhan pemeriksaan sekuensing

2570 pemeriksaan.

Namun oleh karena perjanjian kerjasama kedua instansi tidak dapat dispakati, pekerjaan identifikasi genetik dilakukan di lapratorium virologi Utbangkes oleh peneliti Litbangkes. Oleh karena jumlah reagen yang disediakan untuk pemeriksaan sekuensing di Litbangkes hanya untuk 1000 reaksi, maka sekuensing gen E yang tadinya akan dilakukan terhadap 20 sampel per serotipe per kota, maka dikurangi menjadi 1 per serotipe per kota. Dan pemeriksaan sekuensing keseluruhan genom yang tadinya akan dilakukan terhadap 1 serotipe virus per kota ditiadakan, diganti dengan pemeriksaan gen NSl untuk 1 sampel per serotipe per kota.

a.

Cara Pengumpulan sampe: : Anak-anak atau dewasa penderita DBD (derajat I, II, Ill dan IV) yang dinyatakan memungkinkan untuk diambil darahnya oleh dokter ahli anak atau dokter ahli penyakit dalam, akan d iambil darah vena Cubiti sebanyak 5 ml.Serum darah dipisahkan, dimasukkan ke dalam Cryovials dan disimpan dalam freezer -20°C. Pada waktu yang sudah ditentukan sera yang sudah terkumpul akan diambil dan dibawa ke laboratorium virologi di Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, Badan ·

Litbangkes.

,

4.5. Definisi Operasiona/ ..

Sampel positif 080

adalah sera tersangka penderita DBD yang dinyatakan

memenuhi

kriteria inklusi oleh klinisi setempat dan menunjukkan hasil positif pada

hasil

pemeriksaan serologi (RT-PCR).

27

4.6. Bohan dan prosedur kerja

Sampel serum yang sudah terkumpul terlebih dahulu dilakukan pemeriksaan ELISA untuk

konfirmasi

diagnosis.

Kemudian

dilakukan

pemeriksaan

RT PCR

untuk

rnenentukan antigen dan serotipe virus dengue.

a.

Pemeriksaan ELISA (Enzyme Linked lmmunosorbent Assay) Pemeriksaan ELISA untuk deteksi antibody terhadap virus dengue menggunakan kit PanBio lgM Capture ELISA dan PanBio lgG Capture ELISA.

Cara kerja untuk deteksi lg M Dengue : 1. Pastikan semua reagen dan strip untuk tes berada pada suhu ruang sebelum digunakan. 2.

Encerkan serum dengan menggunakan serum diluent (pink) perbandingan 1:100. •

3.

Encerkan calibrator, kontrol positif dan kontrol negative denagn serum diluent. •

·

495ul serum diluent + Sul serum

495ul serum diluent + Sul controls

4. Tambahkan lOOul serum yang telah diencerkan serta kontrol pada sumur plate untuk tes sesuai dengan tempat yang telah dltentukan. 5.

lnkubasi plate microtiter selama 60 menit pada suhu 37°C

±

1°c.

6. Siapkan Antigen-Monoclonal Antibody Tracer mix. Untuk plate 96 well, tambahkan • •

40ul antigen (biru) + 9960ul Antigen diluent Ambil 6ml antigen yang sudah diencerkan dan tambahkan dengan 6ml of Mab Tracer (kuni itg�

•

lnkubasi mix selama 60 menit pada suhu ruang.

7. Cuci sebanyak 6 kali dengan wash buffer. Encerkan Wash Buffer: •

950ml aquadest + SOml wash buffer concentrate

8. Tambahkan lOOul Antigen-Monoclonal Antibody Tracer mix pada masing-masing

sumur. 28

9.

lnkubasi plate mikrotiter 60 menit pada 37°C ± re.

10. Ulangi pencucian seperti langkah no 7. 11. Add 100ul TMB into each well. 12.

lnkubasi plate mikrotiter selama 10 menit pada suhu ruang.

13. Tambahkan Stop Solution pada masing-masing sumur. 14. Baca plate mikrotiter pada 450nm, dengan reference jilter 630nm. 15. Kalkulasi : •

Cut-off= Mean absorben Calibrator x Calibration Factor

•

Calculated value = (Absorbance I Average of Cut-off) x 10

•

Serum dikatakn positif lgM Dengue jika hasil perkalian lebih besar dari 11.

Cara kerja untuk deteksi lg G Dengue : 1. Pastikan semua reagen dan strip untuk tes berada pada suhu ruang sebelum digunakan. 2.

Encerkan serum dengan menggunakan serum diluent (pink) perbandingan 1:100. •

49Sul serum diluent + Sul serum

3. Encerkan calibrator, kontrol positif dan kontrol negative denagn serum diluent. •

49Sul serum diluent + Sul controls

4. Tambahkan 100ul serum yang telah diencerkan serta kontrol pada sumur plate untuk tes sesuai dengan tempat yang telah ditentukan. 5. lnkubasi

plate microtiter selama 60 menit pada suhu 37°C

±

l°C.

6. Siapkan Antigen-Monoclonal Antibody Tracer mix. Untuk plate 96 well, tambahkan • •

40ul antigen (merah) + 9960ul Antigen diluent Ambil 6ml antigen yang sudah diencerkan dan tambahkan dengan 6ml Mab Tracer (hijau)

•

lnkubasi mix selama 60 menit pada suhu ruang.

7. Cuci sebanyak 6 kali dengan wash buffer. Encerkan Wash Buffer: •

9S0ml aquadest + SOml wash buffer concentrate 29

8.

Tambahkan 100ul Antigen-Monoclonal Antibody Tracer mix pada masing-masing

sumur. 9. lnkubasi plate mikrotiter 60 menit pad a 37°C ± l°C.

10. Ulangi pencucian seperti langkah no 7. 11. Add lOOul TMB into each well. 12. lnkubasi plate m ikrotiter selama 10 menit pada suhu ruang. 13. Tambahkan Stop Solution pada masing�masing sumur. 14. Baca plate mikrotiter pada 450nm, dengan reference filter 630nm. 15. Kalkulasi : • • •

Cut-off= Mean absorben Calibrator x Calibration Factor Calculated value = (Absorbance I Average of Cut-off) x 10 Serum dikatakn positif lg G Dengue jika hasil perkalian lebih besar dari 22.

b. Pemeriksaan RT PCR lso/asi RNA RNA virus

diisolasi terlebih dahulu dengan menggunakan menggunakan QIAamp Viral RNA

Mini Kit (Qiagen). Lisis virus menggunakan buffer yang mengandung guanidin tiosianat, diikuti dengan 2 kali pencucian menggunakan buffer yang salah satunya juga mengandung guanidin tiosianat. Filatrasi menggunakan QIAamp Mini spin column dan terakhir elusi menggunakan buffer yang mengandung RNase free water dengan 0,04% sodium azida. Cara kerja: 1. Untuk 1 sampel, siapkan 560 µI buffer AVL dengan 5,6 µI carrier RNA (yang sudah dilarutkan dengan buffer AVE dan tersimpan pada suhu -20°C). 2.

Bekerja pada Biosafety Cabinet Class 11,

tambahkan 140 µI serum pada Buffer

AVL/Carrier RNA (560 µI) pada tabung mikrosentrifus. Mix dengan vortex selama 15 detik. 3. lnkubasi

pada suhu ruang (15-25°C) selama 10 min.

4. Sentrifus untuk menurungkan cairan pada ruru tabung. S.

Tambahkan 560 µI ethanol absolut pada masing-masing sampel, mix dengan vortex

30

selama 15 detik. 6. Pindahkan

630 µI larutan dari tahap 5 ke QIAamp spin column, tutup dan sentrifus 8000

rpm selama 1 menit. Tempatkan QIAamp spin column pada collection tube yang sudah disiapkan, buang ta bung yang mengandung filtrat. 7. Hati-hati 8.

membukan QIAamp spin column dan ulangi tahap 6.

Hati-hati buka QIAamp spin column dan tambahkan 500 µI buffer AWl, tutp tabung dan

sentrifus 8000 rpm selama 1 menit. Pindahkan QIAamp spin column pada collection tube yang bersih, buang tabung yang mengandung filtrat. 9.

Hati-hati buka QIAamp spin column, dan tambahkan 500 µI buffer AW2. Tutup tabung

dan sentrifus 14,000 rpm selama 3 menit. Ulang setrifus 14,000 rpm selama 1 menit setelah mengganti collection tube. 10. Tempatkan QIAamp spin column pada tabungmikrosentrifus 1.5 ml. Buang collection tube

yang mengandung filtrat. Buka QIAamp spin column dan tambahkan 60 µI of buffer

AVE.

Tutup, inkubasi pada suhu ruang selama 1 menit.Sentrifus pada 8000 rpm selama 1

menit. 11. Buang column filter dan simpan RNA dalam refrigerator selama menyiapkan PCR master mix.

RT PCR (Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction)

Penentuan serotipe menggunakan protokol RT-PCR dari Lanciotti 8 dengan sedikit modifikasi sesuai dengan protokol dari reagen yang digunakan, yaitu Platinum Taq DNA Polymerase (lnvitrogen).

Tabel 4. Primer serotyping Primer

Sequence

Genome

Product size

position

(bp)

01

5'-TCAATATGCTGA AACGCGCGAGAAACCG-3'

134-161

511

02

5'-TTGCACCAACAGTCAATGTffiCAGGTTC-3'

616-644

511

TSl

5'-CGTCTCAGTGATCCGGGGG-3'

568-586

482

(Dl & TSl)

31

I

·-·-

232-252

5'-CGCCACAAGGGCCATGAACAG-3'

TS2

----

-

TS3

5'-TAACATCATCATGAGACAGAGC-3'

TS4

5'-CTCTGTTGTCTTAAACAAGAGA-3'

•

I

119 (Dl & TS2)

400-421

290 (Dl & TS3)

506-527

392 (Dl & TS4)

Amplifikasi I (PCR I)

1. RT PCR master mix menggunakan lnvitrogen Superscript Ill with Platinum Taq cat no 12574-026 2.

Cairkan reagen (2x Reaction mix, Distilled water, Primer Dl dan 02 kecuali enzim Taq polymerase, karena enzim ditambahkan terakhir).

3.

Persiapan reagen dilakukan pada laminar flow.

4.

Pada tabung sentrifus 1,5 ml siapkan reagen sebagai berikut:

5.

Reagen

Vol (µ/)

2x Reaction mix

12.5

Destilled water

4.5

Primer Dl

1

Primer D2

.1

Platinum Taq

1

Jumlah

20

Pada ruangan terpisah (ruang ekstraksi )t ambahkan 5 µI RNA pada campuran reagen tersebut.

6.

Set pada mesin PCR dengan protocol sebagai berikut:

1. 48.0

45:00

2.

94.0

02:00

3.

94.0

00:30

60.0

01:00

t· 40 x

68.0

02:00

_i

"i !

!

32

4.

68.0

5.

8.0

07:00 00

Amplifikasi II 1.

2.

Siapkan reagen pada tabung sentrifus 1,5 ml dengan komposisi sebagai berikut: Reagen

Vol (µI)

2x Reaction mix

12.5

Destilled water

2.4

Primer Dl

1

Primer TSl

1

Primer TS2

1

Primer TS3

1

PrimerTS4

1

Platinum Taq

0.1

Jumlah

20

Di ruangan terpisah, bekerja pada BSC 11, encerkan amplikon hasil PCR I dengan pengenceran 50 kali (49 µI destilled water + 1 µI RNA hasil PCR I).

3.

Tambahkan 5 µI RNA yang telah diencerkan pada reaction mix.

4.

Set mesin PCR dengan protocol sebagai berikut: 1.

94.0

02.00

2.

· '9�.u

01:00

1

i

58.0

01:00 � 2 0 x

72.0

02:00 J

3.

72.0

10:00

4.

8.0

I

00

5. Amplikon hasil PCR II dilanjutkan dengan dielektroforesis .

33

Hasil amplifikasi diidentifikasi dengan menggunakan gel 2 %.

Elektroforesis

Persiapan gel agarose 2% : timbang 2 gr agarose, dengan menggunakan tabung Erlenmeyer 250 ml larutkan dalam 100 ml 1 x TBE buffer.* Didihkan, sebelum dingin tambahkan 10 µg ethidium bromide(dalam larutan)** campur hingga rata. Tuang pada cetakan gel, hindari terbentuknya gelembung udara, biarkan dingin (± sel.a ma 30 menit). Simpan dalam refrigerator bila belum akan digunakan. *Untuk membuat TBE buffer 1 x, tambahkan 100 ml TBE buffer 10 x pada 900 ml distilled water **Tergantung pada konsentrasi Ethidium Bromide dari produsen, atur agar terdapat 10 µg terdapat

pada gel

1. Pada tangki yang terisi 1 x TBE, masukkan gel 2. Tambahkan 1 ul loading dye yang telah dicampur dengan 10 ul (tergantung ukuran well pada gel) amplicon (produk PCR) pada masing-masing well. Jangan lupa tambahkan marker pada well yang terakhir 3. Hubungkan tangki gel dengan kabel listrik dan nyalakan. (Detil penggunaan alat berbeda-beda untuk masing-masing merk). 4.

Proses elektroforesis berlangsung selama 40 menit. Hasilnya dibaca dengan menggunakan Gel doc.

c.


Primer yang akan digunakan pada penelitian ini adalah primer yang sebelumnya telah digunakan untuk sekuensing sampel DBD dari Indonesia tahun 2004 oleh Harun S dkk (komunikasi pribadi). Urutan primer yang akan digunakan Tabel 5.

34

Tabel 5. Primer Genotyping Kode

1 Sekuen Primer

Dengue

Dlal

5'-ACAGCTTCCCCTGGTGTIGG-3'

DEN-1

D1A2

5' - DTCTTCCCAACTGGAYACATG-3'

DEN-1

5'-YACRCARTCATCTCCRCTGAT-3'

DEN-1

5' -CACTCCACTGAGTGAATICTCTCT-3'

DEN-1 -

5' -GGRATRACATCCCATGGTTT- 3'

DEN-1

ID1A7

5' -AGRACACGTAACGTICTWCCTTC-3'

DEN-1

5'-CCTACCTCCTCCTARAGATTTCA-3'

DEN-1

D1A8

5' -CAAGTCCCATCAATATAGCTGC-3'

DEN-1

D1A9

5'-CCAGlYARCACAGCTATCAAAGC-3'

DEN-1

DlAlO

5'-TCTCTCYGGCTCAAAGAGGG-3'

DEN-1

OlAll

5' -CRTAGCCTGARTTCCATGATCT-3'

DEN-1

01A12

5'-CCTCGTCCTCAATCTCTGGTAG-3'

DEN-1

01A13

5' -TICCACTTCYGGAGGGCT-3'

DEN-1

01A14

5'- CCGGAAGCCATGTTGTTTT-3'

DEN-1

OlAlS

5'-GCAlYTTTCTRCTCCATCTGGATC-3'

DEN-1

01A16

5' -CARCTTCCARGTYTCGTICTI-3'

DEN-1

01A17

5'-CCAATGGCYGCTGAYAGTCT-3'

DEN-1

D1A18

5'-AAAGGTGGYTCYGYYTCAAT-3'

DEN-1

D1A19

5'-GTTTGTGGACRAGCCATGATI-3'

DEN-1

01A20

5' -CGTCTTCAAGAGTTCAATGTCC-3'

DEN-1

01A21

5'-CATYGCAATRAG RGTGCACAT-3'

DEN-1

01A22

5'-AGCTICCGATICGAAACTGT-3'

DEN-1

D1A23

5' -AGAACCTGTIGATICAACAG-3'

DEN-1

0151

5'-TRGCTCCATCGTGGGGAT-3'

DEN-1

01$2

5'-TIGCTYTCAGGCCAAGGACC-3'

DEN-1

0153

5' -AAACGTICCGTSGCACTGGC-3'

DEN-1

0154

5' -TGTGTGTCG MCGAACGTT-3'

DEN-1

DlSS

5'- GCAATGCACACYGCGTTG-3'

DEN-1

5' -GGYTCTATAGGAGGRGTGTICAC-3'

DEN-1

01A3 D1A4 OlAS

i

I !

�

D1A6

01$6 !

01$7

i

5'-GGCCCAAGG RAARAAAATG-3'

DEN-1

01$8

I

5'-ACAAACAGCAGGGCCRTGGCA-3'

DEN-1

01$9

I

5' -CCTAGCYYTGATGGCYACTTT-3'

DEN-1

5'-RGCYGGSCCACTAATAGCT-3'

DEN-1

I

----t01$10

'

35

01$11

5' -AAGAGRCTGGAACCRAGYTGGGC-3'

DEN-1

D1Sl2

5' AAATGGCAGAGGCGCTCAAGGG-3'

DEN-1

DlS13

5' -ACAAAAAAYAAYGACTGGGACTAT-3'

DEN-1

01$13

5' -ATGGRGAAAGGAACAACCAG-3'

DEN-1

01$15

5'-GGATAGCGGCCTCYATCATACT-3'

DEN-1

DlS16 01$17

! 5'-GCAAARGCYACTAGAGAAGCTCAA-3' i

DEN-1

5'-GAAACRACYAAACAYGCAGTG-3'

DEN-1

S'-CCACYCATGAAATGTAYTGGGT-3'

DEN-1

01519

S'-GCCARGTGGTTATGGGGTTT-3'

DEN-1

01520

S'-GGATGATCTTCAGAATGAGGC-3'

DEN-1

01$21

5'-TYATGAAGGATGGGAGGGA-3'

DEN-1

01522

S'-AGTTGTTAGTCTACGTGGAC-3'

DEN-1

D2Al

5'-AGGAAACGAAGGAACGCC-3'

DEN-2

02A2

5'-ACGCCATGCGTACAGCTT-3'

DEN-2

02A3

5'-CCGTYGTCATCCATTCATG-3'

DEN-2

02A4

5'-TTTCTTCTGTG RCTGTCAGGTG-3'

DEN-2

D2AS

5' -TCTGCTGCC1111GCCTT-3'

DEN-2

D2A6

5'-CATGGTAWGCCCAYGTTTTGT-3'

DEN-2

02A7

5'-TTCTGGCGGRRTGAAGAA-3'

DEN-2

D2a8

5'-TGACACYGCAATGGTAGTGTT-3'

DEN-2

5' -CAATGCTATGTCTCARCATTGGTGT-3'

DEN-2

D2A10

5'-TACGCCCTTCCRCCTGCTTCA-3'

DEN-2

D2A11

5' -CCAGTGTGCACAGTCTTCATCAT-3'

DEN-2

02A12

S'-ATGG RTCTCTRCTTCCCGG-3'

DEN-2

02A13

S' -CACCATTACCATAAAGACCCAC-3'

DEN-2

D2A14

5' -GCCGTGATTGGTATTGATACAGGA-3'

DEN-2

D2A15

5'-GTGCAACTCACTTTCCATGC-3'

DEN-2

02A16

5'-CGGCTGTGACCAAGGAGTT-3-'.).,.

DEN-2

D2A17

5' -CCGCTGACATGAGTTTTGAGTC-3''

DEN-2

D2A18

5'-CCACTGCCACATTTCAGTTC-3'

DEN-2

02A19

S'-GGCGRCCTAAGACATRTCI111-3'

DEN-2

D2A20

5'-GCCATARCCTGTCARTTCTGC-3'

DEN-2

5'-CTGAAACCCCTTCTACAAAGTCTC-3'

DEN-2

5'-TGTGGTTCTCCGTTACGTGT-3'

DEN-2

5'-AGMCCTGTTGATTCAACAG-3'

DEN-2

5'-GCAACAGCTGACAAAGAGATTCTC-3'

DEN-2

DlS18

02a9

D2A21 D2A22 D2A23 0251

i

-j

---·---

36

0252

5' -CACCACRGGAGAACAYAGAAGA-3'

DEN-2

0253

5' -CAGCCTAAAWGAAGAGCAGGA-3'

DEN-2

02S4

5' -GCGAAGAAACAGGATGTIGTIG-3'

DEN-2

0255

5' -GGTGACACAGCCTGGGATTI-3'

DEN-2

0256

5'-YATGACAGGAGACATCAAAGGA-3'

DEN-2

0257

5'-WCAACACAACTAYAGACCAGGCT-3'

DEN-2

0258

5' -TGGGCGTGACTIATCTIGC-3'

DEN-2

0259

5' -GCATTTIRGCCAGTTCTCTCCTA-3'

DEN-2

02510

S'-GYGCTGTYCTAATGCATAAAGG-3'

DEN-2

02511

5'-YAGAGTCGTGGCAGCTGAA-3'

DEN-2

02512

5'-GGAAGACYTTTGATTCTGAGTATGT-3'

DEN-2

02513

5'-GCAGACAGAAGGTGGTGTTTI-3'

DEN-2

02514

5' -CCACACTGGATAGCAGCTTCAATA-3'

DEN-2

02515

5' -GACTYCAAGCAAAAGCAACC-3'

DEN-2

02516

5'-CAGGAAGTGGATAGAACCTTAGCA-

DEN-2

02517

5'-CTCTCACG RAACTCCACACAT-3'

DEN-2

02518

5'-RGCAGAGTGGCTKTGGAAA-3'

DEN-2

02519

5'-GGGACACAAGAATCACACTAGAAG-3'

DEN-2

02520

5' -AGGAATACACAGATTACATGCCA-3'

DEN-2

02521

5' -GGAATGGTGCTGTTGAATCAAC-3'

DEN-2

02522

5'-AGTWGTTAGTCTACGTGGAC-3'

DEN-2

D3A1

S'-GGTTTCTCACGCGTTICAG-3'

DEN-3

03A2

5' -TTTIAACGTCCTTGGACGG-3'

DEN-3

03A3

5'-GGATGCTAGTCTRAGATCTCTTCTG-3'

DEN-3

5' -CTGCCTCTTTGGTCTTTCCT-3'

DEN-3

5'-CGTTCTCTGTCCACAAGTTICC-3'

DEN-3

03A6

5'-GCATTRACATGTCGRGTTCC-3'

DEN-3

03A7

DEN-3

03A8

5'I · CCTCGCACTTCTGTRACTTI-3' 5'-TTGAACTGCACACARAACCAG-3'

DEN-3

03A9

5' -CACCTGGYTCYTTAGACATTCCTA-3'

DEN-3

03A10

5'-GCYGCAAARTCCTTGAATTCCT-3'

DEN-3

D3A11

5' -TTGGTCCAGCCAGGATCA-3'

DEN-3

03A12

5'-GTGAAATGRGCCTCATCCAT-3'

DEN-3

03A13

5' -CCTGGCATGGTTTGAAAGTT- 3'

DEN-3

5'-ACTGTGATCATTAARTIGTGGGA-3'

DEN-3

5'-CCCCARAGCRATTCCATT-3'

DEN-3

03A4 03AS

D3A14 03A15

I I

I

--�·..-------

37

D3A17

5'-CACTIGGACACTCCGGTGT-3'

DEN-3

ID3A18

5' -GATICCTATCGCAATGCATG-3'

DEN-3

D3A19

5' -GCGTTTCKGAGACTICTITCTIC� 3'

DEN-3

D3A20

5' -GACGGTGTATTTGAGGTICTCA-3'

DEN-3

D3A21

5'-GGCTAGTATGGTRAACCCTGG-3'

DEN-3

D3A22

5'-CCTTCTTGAAGCCTTIYARGACCT-3'

DEN-3

03A23

5' -AGAACCTGTIGATICAACAG-3'

DEN-3

0351

5'-CAGTTICGACTCGGAAGCTT-3'

DEN-3

0352

5' -CAACATGTGCACACTCATAGCC-3'

DEN-3

0353

5'-GACTACCATGGCTAAGAACAAGC-3'

DEN-3

0354

5'-GAAGAACAAAGCATGGATGGTA-3'

DEN-3

0355

S'-TGAACCTCCI11IGGGGAA-3'

DEN-3

0356

S'-CCMAAAAGATIGGCAACAGC'3

DEN-3

S'-CATGGGCTATIGGATAGAAAGC-3'

DEN-3

0358

5'-GGTGATGAGAGGAAAATTIGGG-3'

DEN-3

0359

5'GAAAACAGATIGGCTCCCAA-3'

DEN-3

03510

S'-CCCCCCAGAGACACAGAAAG-3'

DEN-3

03511

S' -CGACACCAGAGTIGGAAGAAG-3'

DEN-3

03512

5'-GCTCATGGAATICAGGCAAT-3'

DEN-3

03$13

5' -CCAGCTCTCTTTGAACCAGAAA-3'

DEN-3

03$14

5'-CTCYTGGGACTGATGATCTTGT-3'

DEN-3

03515

5'-CTGATGGGTTT RGACAAAGGA-3'

DEN-3

03$16

5'-1111ICTATYATGAAATCAGTIGGA-3'

DEN-3

03$17

5'-CAACAGTGGAAGAAAGCAGAAC-3'

DEN-3

03518

S'-ACAAAACCATGGGATGTGG-3'

DEN-3

03519

S'-CTGGTICTCGCGTGAAAAC-3'

DEN-3

03520

5'-GGGATGATTGCGTAGTGAAA-3'

DEN-3

03521

S' -TCCAGTCACAACGTGGGAA-3'

03522

5'-TGTACCTCCTTGCAAAGGACTA-3'

DEN-3

03523

5'-AGTIGTIAGTCTACGTGGAC-3'

DEN-3

AFl

5' -AACGAAAMAAGGTGGTIAGRCCA-3'

DEN-4

AF2

5'-CYATGGAYYTGGGTGAWATGTGTG-3'

DEN-4

AF3

5' -TYWCAACYRTRGCYCARG GAAA-3'

DEN-4

AF4

5'-AYTATGGAGAAYTRRYACT-3'

DEN-4

AFS

5'-GGAGCTCCRTGTAAARTBCCCAT-3'

DEN-4

AF6

5' -RRYYGTTGGAGGWATYACYCTGTI-3'

DEN-4

0357

:

I

DEN-3· . '

.....f .

• ..,..__

-- -

-

38

ARl

5' -CTIGCCITYGGTCAACACCC-3'

DEN-4

AR2

5' -TGARACYCCTCCAAACATRGTIGT-3'

DEN-4

AR3

5' -TICCCTIRATYCTCAAYTIYTCCA-3'

DEN-4

AR4

5' -TG RR KRTCTCCRTIGTG RACTGT-3'

DEN-4

5'-GCGACYAGCATCATIAG RACAAAG-3'

DEN-4

!

5'-TRAGRGGTICRCCATCTCTKGTI-3'

DEN-4

i I

5'-GGATGGACTIACTACGAGCCCTCA-3'

DEN -4

5'-GGAGCYCARGCTYTRCCAGTGTA-3'

DEN-4

BRl

5'-CCTCGTIAAGRGGCCARGATC-3'

DEN-4

BR2

5'-TGATGGCTADGTGGRTMTGTCCT-3'

DEN-4

CFl

5'-TGCTATICTCAAGTGAACCCAACA-3'

DEN-4

CF2

S'-GGACCARYYTTRACCTIRTGGG-3'

DEN-4

CF3

5'-TCAAGCATGCAGTATCWAGAGGGT-3'

DEN-4

i

5'-GGCTICAGTCCTGTCCACTICTAG-3'

DEN-4

j

5'-GCCCATGTWGTYCTCATCARGAGT�3'

DEN-4

I 5'-ARAGCATGACTARGGAWGCTGTCA-3'

DEN-4

DFl

5'-SVRAAGAACATICAYWCGGCYATA-3'

DEN-4

DF2

5'-AAAAACGCAGCARAAAGGGG-3

DEN-4'

DRl

5'-ATCCATCTTGCGGCGCTCTGTG-3

DEN-4

DR2

5' -TCAARCCGTGGCACAAGTGG-3'

DEN-4

5':.GYTATRGCCGWRTGAATGTICTI-3'

DEN-4

AR4 AR6

I

BFl

BF2

CRl CR2

CRM3

DRM3

j I

•,

·-vo. . < :

39

Gambar 8. Urutan strategi sekuensing yang dilakukan untuk mendapatkan genom virus. Sampel RNA virus

cDNA

PCR 1

PCR 2

...._ _ P cR 3 _ _

_,I .__I

_

E

j .__ J

_ Pc _ R _ 4_____.

_ Pc _ R_ s_.

NSl-NSS

I 3'UTR

Primer forward dan reverse didisain overlapping. Tm antara 55 dan 6S°C dengan GC content35 sampai 60%.

Amplifikasi cDNA untuk sekuensing Primer untuk identifikasi genetic dioptimasi terlebih dahulu dengan menggunakan protokol kerja sebagai berikut: ·,R�verse Transcription untuk persiapan template region E/NSl. •

Pada tabung PCR disiapkan reaksi RT dengan komposisi sebagai berikut: Serotype-specific primers (1 µI each) 2 Nuclease-free water 4 10 mM dNTP mix 1 RNA sample 6

lnkubasi pada 65° C selama 5 menit, segera taruh di atas es selama 3 mint.

40

Tambahkan : 5X

First Strand Buffer 4 µI

0.1 M OTT 1 µI RNAse Out (40U/µI) 1 Superscript Ill RT 1 µI Sehingga total volume 20 ul Dengan menggunakan pipet, mix campuran dan inkubasi pada thermal cycle dengan Kondisi : 55° C for 60 minutes 70° C for 15 minutes 4° C hold

Pada tabung PCR buat campuran reagen untuk reaksi RT dengan komponan sebagai berikut: lOX

Pfu Buffer 5 µI

10 mM dNTP Mix 1 µI cDNA 2 µI Sense primer* (10 pmol) 1 µI Antisense primer* (10 pmol) 1 µI Pfu Turbo DNA Polymerase, 2.5 U/µI 1 µI Nuclease-free water 39 µI Total volume 50 µI * Menggunakan Primer yang spesifik untuk mesing-masing serotipe. Thermal cycle setting: 95° C for 2 menit, 45 cycles konsidi : 95° C for 30 seconds 55° C for 1 minute

41

72° C for 4 minute 30 seconds 72° C for 10 minutes 4°C hold

Sekuensing DNA

Fragmen hasil purifikasi dengan PCR dilakukan pemeriksaan sekuensing dengan mesin Applied Biosystem 3730 xi DNA Analyzer, dan kit BigDye Terminator v 3.1.

4. 7. Analisis Data Data klinis akan dianalisis menggunakan program SPSS v 15. Analisis data sekuensing dilakukan dengan perangkat lunak Genetix 2.0 dan BioEdit 7.0 (http://www.mbio.ncsu.edu.BioEdit/bioedit.html). Runutan nukleotida hasil sekuensing diperiksa ulang dengan membandingkannya dengan elektropherogram, kemudian disambung satu sama lain sehingga menghasilkan runutan nukleotida lengkap gen E. Runutan nukleotida gen E dibandingkan dengan strain virus dengue lainnya yang berasal dari kasus dengue di Indonesia dan Thailand.

V. PERTIMBANGAN IZIN PENELITIAN Penelitian ini menggunakan serum yang berasal dari penderita DBD. Oleh karena itu di'm_int'tkan \

izin etik karena menggunakan sampel manusia

42

VI. HASIL PENELITIAN

1. Deskripsi

Untuk mencapai jumlah target sampel kasus DBD untuk penelitian ini, kami membandingkan data tren

kasus DBD dalam beberapa tahun sebelumnya. Data diperoleh dari Dinas Kesehatan

Provinsi.

Data dari masing-masing provinsi diikuti dengan hasil dari sampel yang telah

dikurnpulkan. Jumlah sampel yang terkumpul pada penelitian ini adalah Manado, 270

dari Samarinda,

60 dari

660, 270

kasus dari

Ternate dan 60 dari Jayapura.

1. Samarinda

Samarinda

350

"' ::J "' ro �

..c co

E

::J --

300 250

2009

200

2010

150

2011 -

100 50 0

Jan

Feb

Mar

Apr

Mei

Jun

Jul

Ags

Sep

Okt

Nov

Des

Sumber : Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan Timur

Gambar 9. Tren kasus DBD di kota Samarinda

43

2012

Tabel 6. Distribusi sampel Samarinda Jumlah Peny Dalam

%

54

20

Anak

216

80

Laki-laki

165

61

Perempuan

105

39

Inf Primer

89

33

Inf Sekunder

181

67

46

17

Oerajat Penyaklt: Bukan inf dengue DD

119

44

DHF Grade I

30

11

DHF Grade II

59

22

DHF Grade Ill

16

6

Range Umur

3 th

-

67 th

2. Manado 350 300

VI :J VI ro :.,,::

..r: ro

E

:J

\\

250

2008

200

2009

150

2010

1 00

-

2011

so

0

Jan

Feb Mar Apr May Jun

Jul

Aug Sep

Oct

Nov Dec

Sumber : Dinas Kesehatan Provinsi Sulawesi Utara

Gambar 10. Tren Kasus DBD di kota Manado 44

Tabel 7. Distribusi sampel dari Manado Jurnlah Peny Dalarn

%

54

20

Anak

216

80

Laki-laki

162

60

Perempuan

108

40

Inf Primer

97

36

173

64

8

3

Inf Sekunder

Oerajat Penyaklt: Bukaninf dengue DD

178

66

DHF Grade I

57

21

DHF Grade I I

19

7

DHF Grade Ill

8

3

Rerata Umur <5

59

22

6 sd 12

145

54

13 sd 18

35

13

30

11

>

18

45

3. Ternate 45 40 35 30 2008

25

2009

20

2010 -'*"" 2011

15 10 5 0

Jan

Feb

Mar

Apr

Mei

Jun

Jul

Ags

Sept

Okt

Nov

Des

Sumber : Dinas Kesehatan Provinsi Maluku Utara Gambar 1 1 . Tren kasus DBD di kota Ternate

46

Tabel 8. Distribusi sampel dari Ternate Jumlah

%

9

15

Anak

51

85

Laki-laki

26

43

Perempuan

34

57

9

15

51

85

Peny Dafam

Inf Primer Inf Sekunder

Derajat Penyakit: Bukan inf dengue

8

13

DD

10

17

D H F Grade I

10

17

DHF Grade I I

24

40

DHF Grade I l l

8

13

<6

3

50%

6 sd 12

3

50%

Umur

4.Jayapura 16 14

"'

12

32

10

E

8

;:) VI

.c ro

:J

...,

2010 2011

6

2012

4

0

Jan

Feb

Mc1r

1\pr

Mei

Jun

Jul

Ags

Sept

Okt

Nov

Des

Sumber: Dinkes Prov Papua

Gambar 12. Tren kasus DBD di kota Jayapura

47

Tabel 9. Distribusi sampel dari Jayapura Jumlah

%

Peny Oalam

43

72

Anak

17

28

Laki-laki

43

72

Perempuan

17

28

Inf Primer Inf Sekunder

26

43

34

57

9

13

42

72

9

15

0

0

0

0

Derajat Penyakit: Bukan inf dengue DO DHF Grade I DHF Grade II DHF Grade Ill Umur

<5

9

15

6 sd 12

17

28

13 sd 18

0

0

34

57

> 18 2. Manifestasi

Klinis

Diagnosis demam dengue dan demam berdarah dengue dikonfirmasi dengan pemeriksaan antigen berupa deteksi RNA virus dan deteksi antibody yang terbentuk akibat infeksi berupa lg M dan

lg G. lg G yang terdeteksi pada penelitian ini mengindikasikan adanya infeksi sekunder,

oleh karena kit yang digunakan diset untuk mendeteksi lg G yang meningkat pada awal infeksi. ' Untuk konfirmasi d1z3n osis infeksi dengue apabila salah satu dari hasil RT PCR, lg M atau lg G posltif maka penderita ditetapkan menderita infeksi dengue. Bila hanya RT PCR positif, penderita terinfeksi virus dengue, bila lg M yang positif, penderita infeksi primer dan bila lg G yang meningkat penderita infeksi sekunder. Bila ketiganya positif, penderita infeksi sekunder.

48

Tabel 10. Gambaran klinis conj;m infeksi dengue Gejala Demam

Jumlah

% 403

100

Lama demam 2 hr

37

9

3 hr

79

20

4 hr

143

5 hr

35

60

15

6 hr

15

4

Sakit kepala

135

34

Nyeri mata

46

11

Nyeri otot

39

10

Nyeri sendi

29

7

Mual

139

35

Nyeri perut

135

33

Muntah

170

42

Diare

17

4

Perdarahan spontan

37

9

Ruam kulit

37

9

Ronkhi Hati membesar

6

1

83

21

Limpa membesar

33

8

Ptechie

33

8

RL

110

27

49

Tabel 11. Gambaran klinis infeksi dengue pada anak Gejala

%

Jumlah 322

100

Sakit kepala

81

25

Nyeri mata

15

5

Nyeri otot

12

4

Demam

8

2

70

21

Nyeri sendi Mual

80

25

125

39

13

4

spontan

15

5

Ruam kulit

15

5

6

2

Nyeri perut Muntah Dia re Perdarahan

Ronkhi Hati membesar

75

23

limpa membesar

29

9

Ptechie

13

4

98

30

RL

Tabel 12. Gambaran klinis infeksi dengue pada dewasa Gejala

Jumlah

%

Demam

82

100%

Sakit kepala

55

67

Nyeri mata

32

39

Nyeri otot

27

33

Nyeri sendi

21

26

Mual

69

84

Nyeri perut

57

69

Muntah

46

56

4

5

Diare

'-

Perdarahan spontan

23

28

Ruam kulit

23

28

Ronkhi

0

0

Hati membesar

8

10

limpa membesar

4

5

Ptechie

21

25

Rl

13

16

50

Tabel 13. Gambaran klinis infeksi primer pada anak Gejala

Jumlah

%

Demam

91

100

Sakit kepala

25

27

Nyeri mata

2

2

Nyeri otot

4

4

2

2

Mual

14

15

Nyeri perut

17

19

Muntah

29

32

4

4

Nyeri sendi

Dia re Perdarahan spontan

4

4

Ruam kulit

0

0

Ronkhi

2

2

Hati membesar

21

23

Limpa membesar

10

11

0

0

23

25

Ptechie RL

Tabel 14. Gambaran klinis infeksi sekunder pada anak Gejala

Jumlah

% 230

100

Sakit kepala

56

24

Nyeri mata

13

6

Nyeri otot

8

4

Nyeri sendi

6

3

Mual

56

24

Nyeri perut

62

27

Muntah

96

42

Demam

Dia re

8

Perdarahan

'" 4 . (

spontan

10

4

Ruam kulit

15

7

0

0

Hati membesar

52

23

Limpa membesar

19

8

Ronkhi

Ptechie

13

7

RL

75

32

51

Tabel 15. Gambaran klinis infeksi primer pada dewasa Gejala

Jumtah

%

Demam

29

100

Sakit kepala

18

62

Nyeri mata

9

31

Nyeri otot

11

38

Nyeri sendi

7

24

Mual

24

24

Nyeri perut

22

76

Muntah

22

76

2

7

5

7

9

31

Dia re Perdarahan spontan Ruam

kulit

Ronkhi

0

0

Hati membesar

5

17

Limpa membesar

2

7

Ptechie

9

31

RL

4

13

Tabel 16. Gambaran klinis infeksi sekunder pada dewasa Gejala

Jumlah

% 53

100

Sakit kepala

37

70

Nyeri mata

22

42

Nyeri otot

16

30

Demam

Nyeri sendi

14

26

Muat

45

85

Nyeri perut

35

66

Muntah

24

45

2

4

Perdara ha n'"s:io�tan

18

34

Ruam kulit

Dia re

14

26

Ronkhi

0

0

Hati membesar

4

8

Limpa membesar Ptechie RL

2

4

12

23

8

15

52

3. Hematologi

Tabel 17. Status hematologi penderita confirm infeksi dengue Trombosit

Leukosit

range

range

Inf Primer

18500 - 450000

1500 - 3 1000

Inf Sekunder

5200 - 286000

200 - 68000

Anak

5200 � 450000

200 - 110000

Oewasa

8000 - 306000

1200 - 14000

01

5200 - 243000

1700 - 68000

Serotipe

virus D2

8000 - 286000

1700 - 1 1200

03

38000 - 281000

1500 - 110000

04

185000 - 249000

1SOO - S400

4. Pemetaan serotipe

Tabet 18. Serotipe virus dari Samarinda Jumlah

%

Den 1

21

11

Serotipe virus

Den 2

21

11

Den 3

18

9

Den 4

26

14

106

SS

Neg

Tabel 19. Serotipe virus dari Manado Jumlah

%

Den 1

24

14

Den 2

31

19

Den 3

17

10

Serotipe virus

Den 4 Neg

s

3

91

54

53

Tabel 20. Serotipe vi rus dari Ternate Serotipe virus

Jumlah

%

Den 1

0

0

Den 2

16

27

Den 3

10

17

Den 4 Neg

0

0

34

S6

Tabel 21. Serotipe virus dari Jayapura Serotipe virus

Jumlah

%

Den 1

0

0

Den 2

17

28

Den 3

9

lS

Den 4

0

0

34

S7

Neg

5.

H u bu nga n serotipe dengan klinis Tabel 22. Gambaran klinis infeksi dengue serotipe 1 Gejala

Jumlah

%

Demam

62

100

Sakit kepala

30

48

Nyeri mata

6

10

Nyeri otot

6

10

Nyeri sendi

6

10

Mual

27

10

Nyeri perut

34

SS

M u ntah

34

SS

Diare

34

55

spontan

0

0

Ruam kulit

3

5

Ronkhi

0

0

Hati membesar

18

29

Limpa membesar

10

16

6

10

15

24

Perdarahan

Ptechie RL

54

Tabel 23. Gambaran klinis pada infeksi dengue serotipe 2 Gejala

Jumlah

%

Demam

77

100

Sakit kepala

34

44

Nyeri mata

17

22

Nyeri otot

11

14

Nyeri sendi

9

11

Mual

30

39

Nyeri perut

28

36

Muntah

34

44

2

3

4

5

17

22

Diare Perdarahan spontan R u a m kulit Ronkhi

0

0

21

27

Limpa membesar

0

0

Ptechie

9

12

28

36

Hati membesar

RL

Tabe 24. Gambaran infeks dengue serotype 3 Gejafa

Jumlah

%

Demam

48

100

Sakit kepala

19

40

4

8

Nyeri otot

2

4

Nyeri sendi

2

4

13

27

Nyeri mata

Mual Nyeri perut

10

20

Muntah

20

41

Dia re

2

4

Perdarahan spontan

8

17

Ruam kulit

2

4

Ronkhi

2

4

13

27

4

8

2

4

13

27

Hati membesar Limpa membesar Ptechie Rl

'

55

Tabel 25. Garnbaran infeksi dengue serotipe 4 Jumlah

Gejala

%

Demam

14

100

Sakit kepala

14

100

4

29

Nyeri mata Nyeri otot

4

29

Nyeri sendi

4

29

Mual

0

0

Nyeri perut

4

29

Muntah

6

43

Dia re

2

14

Perdarahan spontan

0

0

Ruam kulit

4

29

Ronkhi

0

0

Hati membesar

4

29

Limpa membesar

2

14

Ptechie

2

14

4

29

RL

6. Strain virus dan

Analisis genom dengan klinis

Analisis strin virus pada tahap ini belurn dapat dilakukan. Hal ini disebabkan oleh batalnya kegiatan deteksi genetic

virus

dengan

penggunakan

pemeriksaan sekuensing di Lembaga

Eijkman. Analisis genetik akan lebih focus pada gen E dan gen NSl saja oleh karena terbatasnya reagen untuk perneriksaan sekuensing.

VII. PEMBAHASAN

1. Dekripsi

Distribusi

Data tren kasus DBD dari masing-masing kota digunakan untuk membandingkan serta meninjau kembali target sampel pada penelitian ini. Di kota Manado dan kota Samarinda target jumlah sampel masing-masing 270. Dengan melihat data tren kota Samarinda dan kota Manado, dapat diprediksi bahwa jumlah kasus masih bisa dicapai hingga akhir waktu penelitian. Oleh karena fokus penelitian ini pada identifikasi virus, maka penderita yang direkrut tidak hanya penderita demam berdarah dengue tapi juga penderita demam dengue. Namun begitu kenyataannya masih terdapat kekurangan jumlah sampel dibandingkan dengan target.

Demikian juga halnya dengan kegiatan penelitian di Ternate dan Jayapura. Target sampel yang tadinya masing-masing 120, namun berdasarkan data tren di kota Ternate dan Jayapura tidak mungkin untuk mendapatkan sampel dalam jumlah tersebut. Oleh karena itu jumlah target sampel dikurangi menjadi 60 untuk masing-masing kota ternate dan Jayapura. Dan kasus yang direkrut pada penelitian ini tidak hanya penderita demam berdarah dengue tapi juga demam dengue.

Di kota Samarinda tahun 2009 dan 2010 jumlah kasus meningkat pada akhir dan awal tahun. Sementara pada tahun 2011 dan 2012 walaupun data belum selesai, tampak ada penurunan rata-rata jumlah kasus DBD tiap bulan. Hal yang hampir sama juga terjadi di Mandao, Ternate dan Jayapura. Di Manado tahun 2010 terjadi lonjakan kasus DBD pada bu Ian Februari dan pada tahun berikum�a jumlah kasus menurun. Dari Rumah Sakit Umum Daerah Abdul Wahab Sjahranie terkumpul 192 sampel kasus DD dan DBD, dengan jumlah penderita anak lebih banyak dibandingkan dengan jumlah penderita dewasa.

Demikian juga dari Rumah Sakit Prof Kandou. Hal yang perlu mendapat perhatian

adalah jumlah kasus dengan infeksi sekunder yang lebih banyak, dimana pada infeksi sekunder kondisi klinis lebih berat dibandingkan dengan infeks primer. Hal ini disebabkan oleh fenomena ADE (Antibody dependent Ehancement), dimana antibody dari infeksi terdahulu yang berbeda

57

serotipe virusnya terjadinya inifeksi.

tidak menentralisasi infeksi namun sebaliknya

akan mempermudah

Ketika jumlah vektor meningkat akibat tingginya curah hujan, besar

kemungkinan untuk terjadi lonjakan jumlah kasus infeksi dengue dengan manifestasi klinis yang berat. Jumlah kasus anak yang lebih banyak terdapat pada anak usia sekolah, dapat dihubungkan dengan banyaknya tempat perindukan nyamuk di sekitar sekolah, yang mestinya menjadi sasaran program. Berdasarkan serotipe virus, dari kota Manado dan Samarinda telah ditemukan keempat serotipe virus dengan perbandingan yang tidak jauh berbeda. Sementara dari Ternate dan Jayapura virus dengue serotiep 2 dan 3 masih yang dominan.

2. Manifestasi

klinis

63 % penderita

merupakan infeksi sekunder. Demam merupakan gejala utama demam dengue

dan demam berdarah dengue. Walaupun beberapa penelitian melaporkan gejala infeksi virus dengue sangat bervariasi, mulai dari tanpa gejala hingga dengan manifestasi klinis yang berat. Penderita kebanyakan datang ke rumah sakit atau tempat pengobatan pada hari ke 4, kemudian hari ke 3 dan hari ke 5. Saat dimana demam mulai turun namun belum tampak perbaikan klinis malah semakin berat. Sakit kepala dirasakan pada 34 % penderita. Hal ini kemungkinan disebabkan oleh banyaknya kasus infeksi dengue pada anak sementara anak kurang mengeluhkan sakit kepala. Mual dan muntah juga gejala yang mendukung kearah infeksi dengue 35 hingga 42 persen mengeluhkan mual dan muntah, atau gangguan pencernaan lain seperti diare. Pembesaran hati juga menjadi gejala yang mendukung kearah infeksi dengue. Beberpa studi memperlihatkan terdapatnya kerusakan endotel pada liver sehingga menyebabkan darah masuk ke jaringan menyebaban kesusakan sel liver. Rumple Leeds masih dapat menunjukkan tanda infeksi virus dengue,

27

% penderita positif RL. Perdarahan spontan, ruam kulit juga

terdapat pada penderita confirm infeksi dengue. Pada anak gejala demam, muntah, sakit kepala, nyeri perut, Rl positif, dan hati membesar merupakan tanda dan gejala yang menonjol. Pada orang dewasa demam, mual, nyeri perut,

58

sakit kepala, muntah, serta nyeri mata, otot, sendi. Hal ini dapat disebabkan oleh karena orang dewasa lebih mudah mengungkapkan letak rasa nyeri dan tidak nyaman dibandingkan dengan anak-anak. lnfeksi primer pada anak ditandai dengan

demam, muntah, dan sakit kepala. Hal berbeda

dengan infeksi sekunder adalah ptechie, yang merupakan manifestasi perdarahan spontan pada kulit. Sementara tes Rumple Leeds juga positif pada infeksi primer walaupun tidak banyak perbedaan. Pada orang dewasa gejala klinis pada infeks primer dan sekunder tidak tampk banyak perbedaan, namun jumlah kasus yang dirawat oleh karena infeks sekunder lebih banyak dibandingkan dengan infeksi primer.

3. Hematologi

Tidak banyak perbedaan berarti dari hasil pemeriksaan hematologi pada infeksi primer dan sekunder, anak dan dewasa, maupun berdasarkan serotipe virus. confirm

Bila dicermati, penderita

infeksi virus dengue baik itu infeksi primer maupun infeksi sekunder masuk ke

perawatan di rumah sakit tidak semua dengan nilai trombosit dan Leukosit yang tinggi, namun beberapa hari kemudian akan menunjukkan perubahan nilai hematologi terutama leukosit. Trombosit tidak selalu turun secara bermakna.

4. Pemetaan serotipe virus

Dari Samarinda keempat serotiep virus sudah ditemukan, dengan perbandingan jumlah masing masing serotipe hampir sama. Demikian juga dengan serotipe virus dari Manado. Bila dibandingkan dengan penelitian sebelumnya di Kalimantan Barat, jumlah virus dengue serotipe 3 labih dominan

ditemukan.

Serotipe virus dari Ternate dan Jayapura baru meliputi serotipe 2 dan 3.

Belum dapat

diputuskan apakah serotipe 1 dan 4 tidak ada di ternate dan Jayapura mengingat jumlah sampel yang terkumpul masih sedikit. Hal lain yang menjadi pertimbangan adalah mudahnya transprtasi memungkinkan untuk penyebaran serotipe maupun genotype virus dengue dari daerah lain.

59

S. Hubungan serotipe

dengan klinis penderita

'

Bila dibandingkan dengan serotipe virus, perbedaan klinis tidak banyak berarti. Namun sebaiknyaa analisis ini dilakukan terhadap sampel dengan jumlah yang lebih banyak. Perlu untuk mempertimbangkan strain virus yang menginfeksi untu, dibandingkan dengan klinis penderita untuk pelihat pengaruh virus terhadap klinis penderita.

60

VIII. KESIMPULAN 1.

Manifestasi klinis penderita infeksi dengue sangat bervariasi, demam merupakan tanda awal

infeksi dengan manifestasi klinis yang ringan hingga berat. Kebanyakan penderita datang ke Rumah Sakit pada hari ke empat saat dimana suhu mulai turun namun gejala penyerta lain belum ada perbaikan bahkan bertambah berat. Gejala penyerta yang utama adalah sakit kepala, mual, muntah, pembesaran hati serta gejala perdarahan seperti Ptechie atau perdarahan spontan lain serta tes Rumple Leeds. lnfeksi primer dan sekunder pada anak dibedakan dengan adanya ptechie. 2.

Hematologi

Pemerksaan hematologi yang menjadi pegangan pada infeksi virus dengue yang berat adalah trombosit dan leukosit. Pada penelitian ini, penderita confirm terinfeksi virus dengue tidak semua menunjukkan adanya penurunan trombosit dan leukosit pada saat datang ke Rumah Sakit. Penurunan jumlah trombosit dan leukosit terlihat setelah beberapa hari di rawat di Rumah Sakit.

3.

Dari Pemeriksoan serotipe virus di keempat kota, yaitu Samarinda, Manado, Ternate dan

Jayapura, tidak tampak dominasi serotipe virus tertentu. Serotipe virus di Samarinda dan Manado serotipe 1,2 dan 3 hampir merata, sementara serotipe 4 lebih sedikit. Serotipe virus dengue dari Ternate dan Jayapura hanya serotipe 2 dan 3, namun masih mungkin untuk menemukan serotipe 1 dan 4 mengingat jumlah sampel yang diperiksa masih sedikit.

4. Tidak tampak

hubungan serotipe virus dengue dengan gejala klinis yang ditimbulkan.

61

IX. SARAN

Karena keterbatasan waktu, hasil dan pembahasan penelitian ini masih terbatas.

Pada

penelitian ini terdapat banyak informasi tentang infeksi virus dengue baik itu aspek klinis, epidemiologi, serologi dan virologi. Untuk itu hasil dan pembahasan dari penelitian ini masih mungkin untuk dikembangkan. ldentifikasi genetik masih memerlukan waktu untuk optimasi primer gen E dan NSl. Selain itu kuantitas RNA virus dari sampel tidak begitu tinggi, sehingga untuk itu diperlukan satu tahap kegiatan lagi yaitu kultur virus. Memperbanyak kuantitas virus dengan kultur diharapkan hasil pemeriksaan sekuensing memberikan hasil yang optimal.

X. UCAPAN TERIMA KASIH

Penelitian ini dibiayai dari DIPA Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan (Pusat BTDK) Sadan Litbangkes. Untuk itu kami mengucapkan terima kasih kepada bapak Kepala Pusat BTDK beserta jajarannya. Penelitian ini juga melibatkan Dinas Kesehatan di Provinsi Kalimantan Timur, Sulawesi Utara, Maluku Utara dan Papua. Untuk kami mengucapkan terima kasih kepada Kepala Dinas Kesehatan Provinsi di Kalimanta Timur, Sulawesi Utara, Maluku Utara dan Papua beserta staf terkait. ' Kami juga mengucapkan terima kasih kepada Direktur RSUD A.W Sjahranie di Samarinda beserta jajarannya, Direktur RSUP Prof Kandou di Manado beserta jajarannya, Direktur RSUD Chasan Boesoirie di Ternate beserta jajarannya, dan Direktur RSUD Jayapura beserta jajarannya. Demikian juga semua tim yang terlibat hingga terlaksananya penelitian ini.

62

XI. DAFTAR RUJUKAN

1. Pencegahan dan Pemberantasan Demam Berdarah Dengue di Indonesia. Direktorat

Jendral Pengendalian Penyakit dan Penyehatan lingkungan, Departemen Kesehatan, 2005.

2. Gubler, D. J. 1998. Dengue and dengue hemorrhagic fever. Clin. Microbiol. Rev. 11:480496. 3. Gibbons, R. V., and D. W. Vaughn. 2002. Dengue: an escalating problem. BMJ 324:1563156 4. World Health Organization. 1997. Dengue haemorrhagic fever: diagnosis, treatment,

prevention and control, 2nd ed. World Health Organization, Geneva, Switzerland. 5.

Suwandono A, listiyaningsih E, Vasudevan S et.al., 2004. Genetic Changes in the Pre membrane (prM) and Envelope (E) Genes of Indonesian Dengue 3 Viruses Isolated from Outbreak of Increasing Severity, A Poster Presentation, ASTMH Meeting, 7-10 November 2004, Miami.

6. Chaudry, S.,Swaminathan, S., and Khanna, N. 2006. Viral genetics as a basis of dengue

pathogenesis. Dengue Bulletin. 30: 121-132 7.

Gubler, o. J. 1998. Dengue and dengue hemorrhagic fever. Clin. MicrobioL Rev. 11 (3): 480- 496.

8.

Costa, S. M.V. Paes, D. F. Barreto, A. T. Pinhao, 0. M. Barth, J. L. S. Queiroz, G. R. G. Armoa,

M. S. Freire, A. M. B. Alves. 2006. Protection against dengue type 2 virus

induced in mice immunized with a DNA plasmid encoding the non-structural 1 (NSl) gene fused to the tissue plasminogen activator signal sequence. J. vaccine. 24:195-205. 9. Soedarmo, S. P. 2004. Masalah demam berdarah dengue di Indonesia. Dalam:

Hadinegoro,S. R. H. & H. I. Satari (ed.). 2004. Demam berdarah dengue: Naskah lengkap pelatihan bagi pelatih dokter spesialis anak & dokter spesialis penyakit dalam dalam tata laksana kasus DBD. Balai Penerbit FKUI, Jakarta: 1-13. 10. Low, J.G. Ooi, E.E. Tolsvensam, T. Leo, Y.S. Hibberd, M.L. et al. 2006. Early Dengue

Infection and Outcome Study (EDEN) - Study Design and Preliminary Findings. Ann Acad

63

Med Singapore 35:783-9 11. Diamond,M.S., Zachariah,M., dan Harris,E. 2002. Mycophenolic Acid (MPA) inhibits

dengue virus infection by preventing replication of viral RNA. Virology. 304(2):211-21. 12. Lescar,J., Luo,D., Xu,T., Sampath,A., Lim, S.P., Canard,P., et al. 2008. Towards the design

of antiviral inhibitors against flaviviruses: The case for the multifunctional NS3 protein from Dengue virus as a target.Antiviral Res. 80(2):94-101. 13. Whitby,K., Pierson,T.C., Geiss,B.,Lane,K.,Engle,M.,Zhou,L., et al. 2005. Castanospermine,

a Potent Inhibitor of Dengue Virus Infection In Vitro and In Vivo. Journal of Virology. 79( 14): 8698-8706. 14. Anonym, 2006. Acuan Sediaan Herbal, Badan Pengawas Obat dan Makanan. Jakarta. 2426. 15. Halstead SB. 1988.

The pathogenesis of dengue: challenges to molecular biology.

Science. 239: 476-81 16. Henchal, E.A dan Putnak, R. 1990. The dengue viruses. Clin Mier Rev. 3(4): 376-396. 17. World Health Organization. Dengue/dengue hemorrhagic fever. Fact sheet no. 117. 2002

[Accessed

27

December

Available

2006].

at:

http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs 117/en/in dex. html] 18. Lindenbach BD, Rice CM. 2001. Flaviviridae: The virus and their replication. In : Knipe,

D.M., Howley, P.M, editors. Fields Virology. 4th ed. Philadelphia : Lippincott williams & Wilkins. p.992-1125. 19. Depkes RI. 2009. Penyakit potensi KLB/wabah, Demam berdarah dengue. Dalam : Profil

Kesehatan RI 2008. Depkes RI. Hal 45. 20. Setiati, TE, Wagenar, JFP., De Kruif, MD., Mairuhu, ATA.,

Soemantri,A. 2006.

·

· ,v�n Gorp, ECM.,

Changing Epidemiology of Dengue Haemorrhagic Fever in

Indonesia. Dengue Bulletin. 30 : 1-14. 21. Suwandono A, Kosasih H,Nurhayati, Kusriastuti R, Harun S, Ma'aroef C, et al.2006. Four

dengue virus serotypes found circulating during an outbreak of dengue fever and dengue haemorrhagic fever in Jakarta, Indonesia, during 2004. Trans R Trop Med hyg. 100 (9):855-62.

64

22. Monath, TP dan Heinz, F.X. 1996. Flaviviruses. Dalam: Fields, B.N., Knipe, D.M., & P.M

Howley. 1996. Field Virology. 3 ed. Lippincott-Raven, Philadelphia : 931-959. 23. Burke DS dan Monath TP. 2001. Flaviviruses. Dalam: Fields, B.N., Knipe, D.M., and P .. M.

Howley. 2001. Field Virology. 4 ed. Lippincott-Raven, Philadelphia: 1043-1124 24. Gubler, D.J. 1997. Dengue and Dengue Haemorrhagic Fever : its history and resurgence

as a global public health problem. Dalam: Gubler, D.J & Kumo (eds). 1997. Dengue and Dengue Haemorrhagic Fever. CAB INTERNATIONAL, Colorado: 1-18. 25. Rico-Hesse, R. 2007. Dengue Virus Evolution and Virulence Models. Clin Infect Dis. 44(11): 1462-1466. 26. Malagiye, G.N., Fernando,S., Fernando, S., &

Seneviratne, S.L. 2004. Dengue viral

infections. Postgrad Med J. 80:588-601. 27. Beasley, DWC dan Barret, ADT. 2008. The infection agent. Dalam : Halstead

.

1998.

Dengue, tropical medicine: Science and Practise. Imperial College Press. London. 30-57. 28. ICTVdB-The

Universal

Virus

Database,version

4.Diunduh

dari

http://www .ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ICTVdB/ 29. Pramesyanti, A. Sekuens lengkap Nukleotida dan Perbandingan Homologi Genom virus

Dengue Tipe 3.[Tesis]. Jakarta : Universitas Indonesia 2003 30. Medin, CL. 2005. Chemokine induction by dengue virus infection : Mechanisms and role

of viral protein. [Dissertation]. University of Massachussets. 31. Leitmeyer KC, Vaughn OW, Watts DM, Salas R, Villalobos I, de Chacon, et al. 1999. Dengue virus structural differences that correlate with pathogenesis. J Viral. 73:473847. 32. Kurane,I.

2006.

Degue

Haei'l-l'?rrhagic

Fever

with

special

Emphasis

on

lmmunopathogenesis. Comp. lmmun. Microbial. Infect. Dis. 30: 329-340. 33. Rothman,AL. dan

Ennis, F.A. 1999. Mini review lmmunopahogenesis of Dengue

Haemorrhagic Fever. Virology. 257: 1-6. 34. Koraka, P. 2007. Dengue virus specific imun response: implication for laboratory

diagnosis and vaccine development [Thesis] Rotterdam.(The Netherlands). Erasmus University

65

35. Atrasheuskaya,A., Petzelbauer,P.,Fredeking,TM.,lgnatiyev,G. 2002. Anti-TNF antibody treatment reduces mortalitiy in experimental dengue virus infection. FEMS Immunology and Medical Microbiology. 35: 33-42. 36. Avirutnan, P., Mehlhop, E. dan

Diamond, MS. 2008.Complement and its role in

protection and pathogenesis of Flavivirus infections. Vaccine. 26(Suppl 8): 110CH107. 37. Chuansumrit, A. dan Tangnararatchakit, K. 2006. Pathophysiology and management of Dengue Haemorrhagic Fever. Transfusion Alternatives in Transfusion Medicine 8 (Suppl. 1), 3-11. 38. Nakao S, Lai CJ, Young NS. 1989. Dengue virus, a flavivirus, propagates in human bone marrow progenitors and hematopoietic cell lines. Blood. 74: 1235-40. 39. Boonpucknavig S, Vuttiviroj 0, Bunnag C, Bhamarapravati N, Nimmanitya S. 1979 Demonstration of dengue antibody complexes on the surface of platelets from patients with dengue hemorrhagic fever. Am J Trop Med Hyg 28: 881-4. 40. Spector,F.C., Lliang, H. Giordano, M.Sivaraja dan M.G. Peterson.1998. Inhibition of herpes simplex

replication

b y 2-amino thiazole via intractions with the helicase

component of the ULS-UL8-UL52 complex. J.Virol. 72:6979-6987 41. Lemeshow, S., Hosmer Jr,D.W.,Klar,J. ,dan Lwanga,S.K., 1 990,"Besar samp el dalam PeneJitian Kesehatan"(terjemahan) Gajah Mada Iniversity Press.

42. Lanciotti, R., et al. 1992. Rapid detection and typing of dengue viruses from clinical samples by using revese trancriptase-polymerase chain reaction. Journal ofClinical

Microbiology. 30(3)

66

Lampiran 1 SOP Perekrutan Subyek Penelitian

1.Penderita dengan suspek DBD 2.Penjelasan mengenai penelitian DBD kepada penderita 3.Persetujuan oleh penderita/wali (menandatangani informed consent) untuk mengikuti penelitian 4.Pengisicin kuesioner sesuai hasil pemeriksaan dan ditandatangani oleh dokter pemeriksa S.Pengambilan darah 6.Memberian biaya pembelian bahan makanan tambahan 7.Selesai, kuesioner diserahkan kepada koordinator penelitian

67

lampiran 2 SOP Pemisahan Serum

1.3-5 ml Whole blood dimasukkan ke dalam vacutainer (plain) 2.Sentrifuse 1000 rpm selama 5 menit atau biarkan selama 1 jam 3.Beri label/no sampel pada cryotube 4.Pisahkan serum, 200 ul dimasukkan ke dalam tabung cyrotube yang sudah diisi transport buffer 5.Sisa serum masukkan ke dalam cryotube kosong 6.Lapisi tutup cryotube dengan seal (parafilm) yang sudah disiapkan 7.Serum, serum dengan buffer, Blood clot disimpan di dalam freezer (dalam keadaan beku)

68

Lampiran

3

KEMENTERIAN KESEHATAN RI BADAN PENELITIAN DAN PENGEMBANGAN KESEHATAN PUSAT BIOMEOIS DAN TEKNOLOGI DASAR KESEHATAN Formulir penjelasan dan persetujuan peserta penelitian

(Informed & Concentformed) Dengan hormat, Bapak/ibu/saudara/putra/putri bapak ibu saya minta ikut serta secara sukarela dalam penelitian yang berjudul "ldentifikasi genotype virus dengue dari daerah endemis DBD (Demam Berdarah Dengue)" Pada penelitian ini Kementerian Kesehatan akan melaksanakan survei tentang penyakit yang ada di kota bapak/ibu. Survei ini dilakukan untuk mempelajari virus yang menjadi penyebab demam berdarah, adapun kegunaan survei ini adalah untuk pengembangan tata cara penanggulangan Demam Berdarah Dengue di Indonesia. Dalam penelitian ini akan diambil sampel darah dari 120 sampai dengan

270

penderita di 2 rumah

Sakit di kota Samarinda, Manado, Ternate, Manokwari dan Jayapura. Volume darah yang akan diambil sebanyak ± 5 ml, diambil pada saat penderita dirawat di Rumah Sakit. Pengambilan darah akan dilakukan oleh perawat Rumah Sakit dimana bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu dirawat. Resiko ketidak nyamanan bapak/ibu/saudara/ putra/putri bapak ibu adalah sedikit rasa sakit karena tusukan pada pembuluh darah lengan. Keuntungan yang akan bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu dapatkan dalam keikutseraan dalam penelitian ini adalah mengetahui apakah dalam darah bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu mengandung virus penyebab demam berdarah, dan ikut berpartisipasi dalam pengembangan ilmu pengetahuan khususnya demam berdarah. Sebagai

ucapan

terima

kasih

kami,

apabila

pengambilan

darah

selesai

dilakukan

bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu akan mendapatkan Rp 50,000,- guna pembelian vitamin atau bahan makanan yang berguna bagi kesehatan bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu. Apabila dalam proses pemeriksaan dan pengambilan darah terjadi sesuatu yang tidak diinginkan oleh bapak/ibu/saudara/putra /putri bapak ibu dapat menghubungi dokter penanggung jawab di Rumah Sakit atau ketua pelaksana penelitian ini: Dr. Reni Herman,M.Biomed Badan Utbangkes, JI. Percetakan Negara No. 29, Jakarta 10560 No. Telpon: 021 4261088 atau HP 081314659952 Bapak/ibu/saudara dapat menolak atau mengundurkan diri untuk tidak ikut dalam penelitian ini, hal ini sepenuhnya adalah hak bapak/ibu/saudara. Apabila bapak/ibu/saudara menyetujui untuk ikut dalam penelitian ini, mohon bapak/ibu/saudara mau menandatangani formulir persetujuan ini . ............................., .........................................2012 Nama: ............................................................ Tanda tangan/cap jari peserta

.

........................... ................................................

Na ma dan tanda tangan saksi : . .

.. ............................

. ... ...

.........

.

.

.......

................ .

69

Kuesioner bagi tersangka DBD d i Rumah Sakit

I sagian:

Sampel Darah : er Penanggung Jawab :

I I

\led Rec :

Rumah Sakit :

Propinsi :

IOENTIFIKASI 1a :

Nama Ayah :

Nama lbu:

W/l 1 I I/I 1 1

jigal Lahir:

Tanggal Bulan

: LLJ

Atau Umur

Bulan I Tahun

Tahun

1kelamin (Seri tanda (121) pada satu kotak): D Laki-laki

D Pennpuan

Suku :

1gal Masuk Perawatan: '.it rumah :

RT : Kecamatan :

-ahan :

RW: No.Telp

RJWAYAT PENYAKIT in

0

Baru

I

D Rujukan

Keluhan utama :

l'fal Deman

0 Ada 0 Tidak keluhan utama bukan demam)

ti berapa

Sudah berapa hari I sejak kapan :

hari I sejak kapan : "

I

lkepala 0 Ya 0 Tidak

�

Nyeri belakang mata D Ya 0 Tidak

Nyeri perut 0 Ya 0 Tidak

�rahan spontan 0 Ya 0 Tidak

D Ya

0 Tidak

D

Nyeri sendi D Ya 0 Tidak

Pilek D Ya 0 Tidak

Muntah 0 Ya 0 Tidak

Bila Ya, di mana? Hidung 0 Konjungtiva

' di kulit

Nyeri otot D Ya 0 Tidak

Batuk D Ya O Tidak

lmenelan 0 Ya 0 Tidak 0 Ya 0Tidak

KELUHAN LAIN

Gusi 0

Diare 0 Ya O Tidak

Kulit 0

Menomethorrhagi 0 (Khusus wanita)

Muntahan 0

TinjaO

Lain-lain D Sebutkan

.....................

Keluhan lain: 70

Pemeriksaan Fisik

cm

1ggi Sadan :

Berat Sadan:

.___._�I Li

kg

TANDA VITAL isadaran:

Baik 0

Koma 0

Menurun 0

;k.anan darah:

mmHg

Frekuensi Nadi:

?kuensi nafas:

kali/menit

Suhu :

kali/menit oc

KEPALA

onjungtiva anemis:

Ya 0

'mbesaran Tonsil :

Ya 0

Tidak 0 Tidak 0

Ya D

Sklera ikterik:

Faring Hiperemis: Ya D

Tidak D Tidak O

PARU-PARU IJsi Pleura:

Ya 0

Suara Ronkhi:

Tidak D

Ya 0

Tida k

0

ABDOMEN ati

membesar: Ya D

Limpa membesar: Ya O

Tidak D

Tidak O

Ascites: Ya D

Tidak 0

TANDALAIN lema:

Tidak 0

Ya 0

Ptechiae:

mple leed positif:

Ya 0

Tidak 0

Tanda syok lain:

CATATAN KHUSUS ranfusi darah:

Ya D

Tidak D

iagnosis: !ila

DBD disertai dengan derajat penyakit)

.Xldisi pulang:

Diagnosis Banding:

Sembuh D Meninggal D Pulang paksa D Rujuk D

...................,......................................2012

Pewawancara/pemeriksa,

(

.........................................................

Mengetahui ketua Pelaksana,

)

(dr. Reni Herman, MBiomed) 71

OBSERVASI HARIAN Tanaaal

2

1

Hari

4

3

5

7

6

8

--

Kesadaran Tek. Darah Nadi Nafas Suhu Ya

lidak

Ya

lidak

Ya

lidak

Ya

Tidak

Ya

Ttdak

Ya

Tidak

Ya

Tidak

Ya

lidak

Edema Efusi Pleura Ascites

·-

Petechie Eoistaksis

Gusi berdarah

Melana Hematesis Lain-lain

Hb Ht Thrombosit Lekosit *Hasil pemeriksaan laboratorium ditulis dengan lengkap

72 ,.

ELISA

RT PCR:

HASIL PEMERIKSAAN LAB ORATORIUM DI SADAN LITBANGKES

lgM abs..... ..... ..... ..... .... Pos O

Neg O Eq O

lgG abs. . . . . . . . . . . . ..... ..... ..... ..

Pos 0 Neg 0 Eq 0

Dengue 1 O Dengue 2 O Dengue 3 O Dengue 4 O Negatif 0

Sekuensing:

73

Lampiran Realisasi Anggaran Penelitian Tahun 2012

Judul Penelitian : ldentifikasi Serotipe dan Genotipe Virus Dengue dari Daerah Endemis DBD (lanjutan) Ketua Penelitian: dr. Reni Herman, MBiomed Pagu Penelitian : Rp 3,303,389,000

Uraian Kegiatan Realisasi Realisasi Total (Rp)

2,312,082,449 I

Honor Output Kegiatan 499,950,000

Belanja Bahan

1,566,004,049

Belanja Non Operasional 33,700,000

Belanja Jasa

Perjadin

BelanjaJ asa

Profesi 212,428,400

0

0

LEMBAR PENGESAHAN

Jakarta, Januari 2013

Kepala Bidang Biomedis

dr. Roselinda, M.Epid NIP 195807011987012001

Ketua Panitia Pembina llmiah

Dr.drg. MagdarinaD.A,MSc NIP 195012061984022001

Ketua Pelaksana

t:

dr. Ren M.Biomed NIP 197110212005012002

ologi Dasar Kesehatan

Naskah Publikasi

Sebaran serotype virus dengue di Pontianak, Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura tahun 2012 Reni Hennan, ArieArdiansyah Abstrak Latar belakang. Di Indonesia penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) sampai saat ini masih merupakan salah satu masalah kesehatan masyarakat, terutama di kota kota besar.Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui sebaran serotipe virus dengue tahun 2012 di kota Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura. Metode. Desain penelitian potong lintang. Data yang dikumpulkan masing-masing dari Rumah Sakit di Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura. Sampel sera dikumpulkan dari penderita yang datang ke bagian Penyakit Dalam dan bagian Anak, criteria demam 2 sampai 7 hari, dengan manifestasi perdarahan dan atau trombosit< 3 100.000/mm , Hematokrit > 20 % nilai normal serta menandatangani informed

concent. Darah penderita diambil maksimal 5 ml, serum dipisahkan dan dilakukan pemeriksaan RT-PCR untuk menentukan serotype virus.

Hasil. Sampel yang terkumpul pada penelitian ini 660, 270 sera dari Samarinda dan Manado, 60 sera dari Ternate dan Jayapura. Penderita datang ke Rumah Sakit

4 hari demam. Dari Hasil pemeriksaan RT-PCR, lebih dari 6QO/o 4, di Manado dengue 2, dan hanya dengue 2 dan dengue 3 di Ternate dan Jayapura. terbanyak setelah

positif, dengan komposisi serotipe terbanyak di Samarinda dengue

Kesimpulan. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa keempat serotipe virus dengue bersirkulasi di Samarinda dan Manado, sementara di Ternate dan Jayapura hanya dengue 2 dan dengue

Kata kunci :

3.

DBD, dengue, serotype,

1

Pendabuluan

Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) disebabkan oleh infeksi virus dengue, yang terdiri dari 4 serotipe ( l -4).1 Pada saat ini DBD menjadi endemis pada lebihdari 100 negara-negara di

Afrika, Amerika, MediteraniaTimur, Asia Tenggara, Pasifik

Barat, dan merupakan ancaman bagi lebih dari 2,5 milyar orang.

2

World Health

Organization (WHO) memperkirakan kemungkinan terjadi infeksi DBD pada 50 juta sampai 100 juta orang di seluruh dunia setiap tahun, dimana 250.000 sampai 500.000 merupakan kasus DHF dengan kematian sebanyak24.000 orang setiap tahun.

3

Di Indonesia penyakit DBD sampai saat ini masih merupakan saJah satu masalah kesehatan masyarakat, terutama di kota-kota besar seperti Jakarta. Sejak tahun I 986 penyakit

ini

penyebarannya

cenderung meluas

dan jwnlah

kasus

cenderung

meningkat dari tahun ke tahun.4 Penelitian tentang virus dengue di Indonesia tahun 1979 telah menemukan keempat serotype bersirkulasi di Steman, Jogjakarta dan Jakarta. 5 Pada kejadian luar biasa DBD di Jakarta tahun 2004, juga ditemukan sirkulasi keempat serotype dengan serotype dominan adalah dengue 3.6 Manifestasi klinik infeksi dengue sangat bervariasi, mulai dari tanp amenimbulkan gejala, demam yang tidak dapat diketahui penyebabnya, demam dengue, demam berdarah dengue hingga sindrom syok dengue (DSS).

7

Manifestasi klinis yang berat

ditandai dengan kebocoran plasma, biasanya terjadi setelah akhirfase viremia. Oleh karena itu kebocoran plasma lebih sering dihubungkan dengan faktori munologi akibat infeksi dari pada faktor virus secara langsung.8 Meskipun begitu, virus masih diduga sebagai salah satu factor penyebab beratnya manifestasi klinis akibat infeksi

virus dengue. 9 Pada penelitian ini dilakukan identifikasi serotipe virus dengue untuk mengetahui sebaran serotipe virus dengue di kota Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapura tahun 2012.

Metode

Penelitian ini merupakan studi potong lintang, dilakukan di

Rumah Sakit di

Samarinda, Manado, Ternate dan Jayapuraa. PengurnpuJan sampel sera dilakukan selama bulan Juni-Desember 2012; populasi penelitian adalah pasien pengunjung Rwnah Sakit Umwn dari masing-masing kota. Sampel penelitian adalah sera yang 2

berasal dari pengunjung Rumah Sakityang berobat ke Bagian Anak dan Penyakit Dalam yang telah ditetapkan oleh klinisi sebagai tersangka penderita DBD, dengan k:riteria

WHO

yaitu mengalami demam tinggi mendadak/ tanpa sebab yang jelas,

berlangsung terus menerus selama

2-7

hari,

disertai manifestasi perdarahan

(sekurang-kurangya uji Tourniquet positif), dan/atau trombosifopenia (trombosit Sl00.000/ul) dan hemokonsentrasi (Ht � 20% dari normal)10 serta bersedia untuk berpartisipasi dan menandatangani informed concent Kriteria ekslusiadalah tersangka .

penderita DBD yang menolak untuk berpartisipasi. Dengan asumsi prevalensi penderita demam berdarah yang merujuk ke Rum.ah Sakitadalah 95%, (P) Z

=

l,96jarak (d)

=

=

95,1%, tingkat keyakinan (Confidence Interval) = 95%,nilai

5%,serta antisipasi drop out 20%, maka jumlah sampelpenelitian

di masing-masing Rumah Sakit90 sera.11 Anak-anak dan dewasa yang dinyatakan tersangka penderita DBD oleh dokter ahli Anak atau dokter ahli Penyakit Dalam, memungkinkan untuk diambil darahnya serta memberikan persetujuannya untuk berpartisipasi dalam penelitian, dicatat data klinisnya serta diambil darah dari vena di fossa cubiti sebanyak: 2-5 ml.Serum dipisahkan dan disimpan dalamfreezer. Pada waktu yang sudah. ditentukan sera yang sudah terkumpul diambil dan dibawa ke laboratorium Puslitbang BMF, Sadan Litbangkes untuk pemeriksaan antigen dan serotipe virus. Antigen dan serotipe virus dengue ditentukan dengan mendeteksi RNA virus. Identifikasi dimulai dengan mengisolasi RNA virus, menggunak:an QIAam.p Viral RNA Kit (Qiagen) sesuai dengan protokol. Lisis virus menggunakan buffer yang mengandung guanidin tiosianat, diikuti dengan 2 kali pencucian menggunakan buffer yang

salah satunya juga

mengandung guanidin tiosianat. Filtrasi menggunakan

QIAamp Mini spin column dan terakhir elusi menggunakan buffer yang mengandung Rnasefree water dengan 0,04% sodium azida.

RNA virus diidentifikasi teknik Reverse transcriptase-Polimerase Chain Reaction (RT-PCR),dengan primer spesifik virus dengue dan protokol yang dikembangkan oleh Lanciotti12,Uji RT-PCR dilakukan pada semua sampeldengan sedikit modifikasi sesuai dengan protokol yang dianjurkan oleh produsen kit Platinum Taq DNA Polymerase (lnvitrogen).

Data dari lapangan dikumpulkan setelah mendapatkan persetujuan dari komisi etik 3

dan di-entry dengan menggunakan programSPSS PC versi 15.

Basil

DBD telah dikumpulkan

660 sera tersangka Manado

pada penelitian ini. Dari Samarinda dan

masing-masing 270 sera dan dari Ternate dan Jaypura masing-masing 63

sera.

DBD

Penderita

yang datang ke Rumah Sakit biasanya setalah mengalami demam

beberapa hari. Pada gambar 1 , tampak proporsi terbanyak penderita DBD yang datang ke Rumah Sakit adalah pada hari ke 4 demam (29%), diikuti dengan hari ke 6 dan 5 (masing-masing 1 8,9% dan 1 8,4%).

!

·�··----·---

Gambar 1 . Lama demam ketika penderita dataog ke Rumah Sakit . ..........

..-·····�...........

80

I

.

,1

<

70

I�

60

r

so

,-

4o

•

I

I ..!><:

I -:ii

l "E �

I, I 1

.. ······-·· . ······---··--··· ....

...

.. ... ··-··-······· .

.

·

•..........•.

- ·· ··

... .. ...

·-- - --

--

-

-

- · -- -

-·· . ..

..

-

.

--

-

....

....

........- --··-

..

'"

. ..

.. -·... . .... .

. .......__ -· .._.. .

..

.

...

.·-·······

.

. . . . . ···· · ·-· - ....

")

··---"""'"'.........--······ --·--·-·--·..-.�·-····· ----··-

···- ·····-·····-- ··- .... -'"•····-·····-· ·-- -······ -..···-·····

. . ....

.

--

- --

--

- - --

. .. -

. . . . - --·-······

...

- -

.. -

·

. .

.

. -·

. .

..

30 20 ·+

L l -11 ... ·········

10 0

.. ···-·-·---·-··" -···-···-········· ---

1

...

.

.

.. . ·

..

.

-

-

·-·- ·-

-----··· ···

1

1.-

.

·

....... ······-·-·

··"··· ·-········· . . . . ....

2

- :· · ··

r

··

..-

-·-·· -··

3

4

5

Lama demam (hari)

-

·

---

·

6

7

-r ---,

---·

--

···

Tidak tahu

I

---J

---··-····-·--·-·--··----··-..-----·-·----····-·-·"··-·-------···------···---------··----

Hasil uji RT-PCR pada sera tersangka

DBD

dari Samarinda, Manado, Temate dan

Jayapura positif dengan rata-rata proporsi diatas 60%. (Gambar 2).

4

Gambar 2.

Hasil UJI RT-PCR terbadap sampel tersangka penderita DBD

I

I

l-··--·--·-··-··--·-·-·-··--·--·-··-···-·--··-·····--·--·--··---·-·-·-·-----·· .---......1

.

Berdasarkan basil identifikasi serotipe virus pada sera penderita DBD, keempat serotipe virus dengue bersirkulasi diSamarinda, Manado,

Temate dan Jayapura.

Namun, ada perbedaan pada sebaran serotipe virus. Di Samarinda, virus yang paling dominan adalah dengue serotipe

4,

sementara di Manado serotipe 2,eslspun keempat

serotiep virus ada dari masing-masing kota.. Di Temate dan Jayapura hanya ada serotipe 2 dan 3. (Tabet

4).

Tabel 1. Basil identifikasi serotipe virus dengue pada basil positif RT-PCR penderita DBD di Pontianak, Medan dan Jakarta

Serotipe virus

Samarioda

Manado

Ternate

Jayapura

Den-1

2 1 ( 1 1 %)

24 (14%)

0 (0%)

0 (0%)

Den-2

21(11%)

3 1 (19%)

16 (27%)

16 (27%)

Den-3

18 (9%)

17 (10%)

10 (17%)

10 (17%)

Den-4

26 (14%)

5 (3%)

0 (0%)

0 (0%)

Total positif

86

65

77

26

Diskusi Jumlah kasus DBD yang disajikan pada penelitian ini bukanlah rnerupakan jumlah keseluruhan kasus DBD yang ada di kota .Samarinda, Manado, Temate

dan Jayapura 5

Namun merupakan jumlah kasus DBD yang dirawat di Rumah Sakit selama masa penelitian. Jumlah sera yang didapat pada penelitian ini dipengaruhi oleh terbatasnya waktu pengumpulan kasus DBD yang hanya empat bulan. Oleh karena rnanifestasi klinik infeksi denguesangat bervariasi, mulai dari tanpa menimbulkan gejala, hingga menimbulkan perdarahan dan syok,7maka sera penderita yang dikumpulkan pada penelitian ini merupakan sera dari kasus DBD dengan manifestasi klinis berat, karena disertai

manifestasi

perdarahan

atau

dengan

gejala

klinis

yang

berpotensi

menimbulkan perdarahan. Pada infeksi dengue, viremia terjadi mulai dari beberapa hari sebelum demam, mencapai puncaknya pada hari pertama dan kedua kemudian mulai turun pada hari ketiga.13Jadi, pada awal demam merupakan saat terbaik untuk mendeteksi virus dengue dari specimen darah penderita. Pada penelitian ini, kebanyakan penderita dirawat di Rumah Sakit pada hari ke 4-6 demam (tabel I). Dapat dimengerti bila basil pemeriksaan RT-PCR tidak semua positif(tabel 2). Hal yang perlu mendapat perhatian dari basil penelitian ini adalah sebaran serotipe virus Dengue di Samarinda, M.anado, Ternate dan Jayapura. Hasil penelitian ini menuajukkan bahwa serotipe

4 ditemukan pada Samarinda dan Manado,

sama

dengan basil penelitian yang dilakukan di Jawa tahun 1976-1978 5maupun pada kejadian luar biasa DBD di Jakarta tahun 2004.6Hal menarik lainnya adalah serotipe virus yang dominan ditemukan dari masing-masing kota. Secara umum virus dengue serotipe 3 adalah yang paling dominan ditemukan di Indonesia. 5·6I>ada penelitian ini, virus dengue serotipe 3 terlihat paling menonjol di Manado, berbeda jauh dengan serotipe lainnya. Di Samarinda, serotipe 4 diidentifikasi paling banyak, diikuti dengan serotipe 3 dan 1 . Sementara di Temate dan Jayapura virus yang ditemukan adalah serotipe 3 diikuti dengan serotipe 2. (Tabel 3). Hasil ini menuajukkan bahwa virus dengue serotipe 3 paling banyak memberikan gejala klinis dengan manifestasi perdarahan atau berpotensi menimbulkan perdarahan, begitu juga virus dengue serotipe 2 dan I . Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa keempat serotipe virus dengue bersirkulasi di Samarinda dan Manado dengan mayoritas virus dengue serotipe 4di Samarinda dan serotipe 2 di Manado.

6

Ucapan Terimakasih Ucapan terimakasih kami sampaikan kepada Kepala Pusat Penelitian Biomedis dan Farmasi, Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan, yang telah memberikan kesempatan untuk melakukan penelitian ini. Kepada teman-teman Hastini, Farida Siburian, penulis mengucapkan terima kasih yang sebesar besamya atas segala bantuan dan dukungannya untuk kegiatan penelitian di laboratorium. Kepada para para dokter dan paramedis di RSU Soedarso

dan Antonius di Pontianak;

Rumah Sakit Pirngadi dan Adam Malik di MedansertaRumahSakitKoja dan Tarakan di Jakarta penulis mengucapkan terima kasih yang sebanyak banyaknya atas semua bantuan

dan partisipasinya dalam pengambilan sampel sehingga penelitian ini dapat

berjalan dengan baik.

Daftar Rujukan 1 . Pencegahan Dan Pemberantasan Demam Berdarah Dengue Di Indonesia, Direktorat Jendral Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan, Departemen Kesehatan, 2005. 2.

Gubler, D . J . Dengue and dengue hemorrhagic fever. Clin.Microbiol. Rev. 1998J1:480-496.

3.

Gibbons, R. V., and D. W. Vaughn. Dengue: an escalating problem. BMJ 2002;324: 1563-1566

4. World Health Organization. Dengue haemorrhagic fever: diagnosis, treatment, prevention and control, 2nd ed. World Health Organization, Geneva, Switzerland. 1997. 5. Lorono-Pino,M.A., Cropp, C.B.,. Farfa' N, J. A, Vomdam, A. V., E. M. Rodri'Guez-Angulo, Rosado-Peredes, E.P., et al. Common occurrence of concurrent infections by multiple dengue virus serotypes. Am. J. Trop. Med. Hyg. 1999;61(5):725-730 6. Suwandono, A, Kosasih, H, Nurhayati, Kusriastuti, R, Harun, S., Ma'roef, C., et al. Four dengue virus serotypes found circulating during an outbreak of dengue

fever and dengue haemorrhagic fever in Jakarta, lndonesia,during 2004. Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 2006; 100: 855�862.

7

7. Malagiye, G.N., Fernando,S., Fernando, S., &Seneviratne, S.L. Dengue viral infections. Postgrad Med J. 2004�80:588-601. 8. Medin, CL. Chemokine induction by dengue virus infection : Mechanisms and role of viral protein. [Dissertation) . University of Massachussets. 2005. 9. Cologna, R and Rico-Hesse, R. American Genotype Structures Decrease Dengue Virus Output from Human Monocytes and Dendritic Cells. Journal Of Virology. 2003;77:3929-3938 I 0. DepartemenKesehatanRepublik Indonesia, 2003.Pencegahan Dan PenanggulanganPenyakitDemam Dengue Dan Demam Berdarah Dengue.Petunjuk.LengkapTerjemhandari WHO Regional Publication SEARO No. 29: "Prevention and Control ofDengue and Dengue Haemorrhagic Fever " hal. 8. 1 1 . Lemeshow, S., Hosmer Jr,D.W.,Klar,J.,dan Lwanga,S.K.Besar sampel dalam Penelitian Kesehatan(terjemahan). Gajah Mada Iniversity Press.1990 12. Lanciotti, R., et al. Rapid detection and typing of dengue viruses from clinical sampels by using revesetrancriptase-polymerase chain reaction. Journal of Clinical Microbiology. 1 992;30(3): 545-5 5 1 . 1 3 . World Health Organization. Dengue : Guidelines for diagnosis, treatment,prevention and control. Geneva: The Organization, 2009.

8

LAPORAN PENELITIAN IDENTIFIKASI SEROTIPE DAN GENOTIPE VIRUS DENGUE DARI DAERAH ENDEMIS DBO (.LANJUTAN) RENI HERMAN

Recommend Documents