8
BAB II KAJIAN PUSTAKA
2.1 Biologi Rafflesia 2.1.1 Morfologi Rafflesia Pada Rafflesia, organ vital seperti daun, batang dan akar tereduksi hingga menyisakan bagian bunga saja sebagai organ reproduksi penerus keturunannya (Kuijt, 1969). Rafflesia memiliki haustorium yang berfungsi untuk menempel pada inang sekaligus menyerap nutrisi yang dibutuhkan. (Zuhud et. al 1998). Bunga jantan dan betinanya terpisah pada individu yang berbeda. Knop dan bunga jantan memiliki anter, sedangkan knop dan bunga betina tidak memiliki anter. Bunga betina lebih pendek dan luas dibanding bunga jantan (Nais. 2001).
Gambar 2.1 Penampakan morfologi Rafflesia arnoldii (Davis et. al., 2007) Susatya (2011), menjelaskan bahwa karena uniknya, bunga Rafflesia memiliki istilah tersendiri untuk menamakan bagian-bagian tubuhnya, berbeda dengan istilah yang digunakan pada tumbuhan berbunga pada umumnya. Karakter
8
9
morfologi pada Rafflesia meliputi: haustoriuum, helai perigon, tabung perigon, diaphragma, lubang diaphragma, braktea, kopula, cakram, prosesi, annulus dalam, annulus luar (Susatya, 2011). Bagian-bagian tubuh Rafflesia secara terperinci disajikan pada gambar di bawah ini:
Gambar 2.2. Anatomi Rafflesia. a. bunga betina; b. dan c Bunga jantan (Nais, 2001) 2.1.2 Sistematika dan Pesebaran Rafflesia Rafflesiaceae terdiri dari 8 marga yang beranggotakan sekitar 50 spesies, umumnya terdapat di daerah tropik indo-malaysia, antara lain Rafflesia,
10
Rhizanthes, dan Sapria (Kuijt dalam Zuhud et. al. 1998). Susatya (2011), menjelaskan bahwa Rafflesia terdiri dari 25 jenis. Jenis-jenis Rafflesia tersebut sebagaimana disajikan pada tabel 2.1 Tabel 2.1 Jenis-Jenis Rafflesia di dunia Jenis-jenis Rafflesia Rafflesia arnoldi R. Br R. patma Blume R. manillana Teschermacher R. rochussenii Teijsm. & Binn. R. tuan-mudae Becc R. hasseltii Suringar R.schadenbergiana Goeppert R. cantleyi Solms-Laubach R.atjehensis Kooders R. zollingeriana Kooders R. gadutensis Meijer R. keithii Meijer R. kerrii Meijer R. microphylora Meijer R. pricei Meijer R. tengku-adlinii Mat-Saleh & Latiff R. speciosa Barcelona & Fernando R. azlanii Latiff & Wong R. mira Fernando & Ong R. bengkuluensis Susatya, Arianto & Mat-Salleh R. baletei Barcelona & Cajano R. lobata Galang & Madulid R. leonardi Barcelona & Pelser R. aurintia Barcelona et. al R. lawangensis Mat-Salleh, Mahyuni et Susatya Sumber: Susatya, 2011
Catatan Brown (1821), Pulau Lebar, Bengkulu Blume (1825), Nusa Kambangan, Jateng Teschermacher (1825), Pulau Leyte, Philipina Teijsmam &Bennendjik (1850), Gunung Gede Pangrango, Jabar Beccari (1868), Gunung Pueh, Sarawak Suringar (1879), Muara laboh, Sumbar Goeppert (1884), Mindanao, Philipina Solms-Laubach (1910), Perak, Malaysia Kooders (1918), Lokop, Aceh Kooders (1918), Puger, Jember, Jawa Timur Meijer (1984), Ulu Gadut, Padang, Sumbar Meijer (1984), Sungai Melaut, Sabah Meijer (1984), Ranong, Philipina Meijer (1984), Lokop, Leuser, Aceh Meijer (1984), Mamut Copper Mine, Sabah Mat-Saleh & Latiff (1989), Mount Trus Madi, Sabah Barcelona & Fernando (2002), Pulau Panay, Philipina Latiff & Wong (2004), Kinta, Perak Fernando & Ong (2005), Mindanao Susatya, Arianto & Mat-Salleh (2005), Talang Tais, Bengkulu Barcelona & Cajano (2006), Luzon, Philipina Galang & Madulid (2006), Central Panay, Philipina Barcelona & Pelser (2006), Luzon, Philipina Barcelona et al (2009), Luzon, Philipina Mat-Salleh, Mahyuni et Susatya (2010), Leuser, Aceh
Taksonomi Rafflesia sampai saat ini masih didasarkan pada bentuk dan struktur morfologi penampakan bunga namun, Bendiksby et. al., (2010) telah
11
melakukan pendekatan molekular bedasarkan materi genetik yang berhasil diisolasi, diamplifikasi dan di-sequensing oleh Barkman et. al., (2008). Barkman et. al., (2004) juga telah mencoba memetakan kedudukan Rafflesia dengan tumbuhan tinggi lainnya secara filogenetik.
Gambar 2.3 Kedudukan filogenetik Rafflesia dengan tumbuhan tinggi yang lain (Barkman et. al., 2004)
12
Bunga Rafflesia hanya tumbuh di kawasan Asia Tenggara yang meliputi Indonesia, Thailand, Semenanjung Malaya dan Philipina. Deskripsi mengenai jenis-jenis Rafflesia telah dikompilasi oleh dengan baik oleh Beaman et. al., (1998), Meijer (1997) dan diperbaharui lagi oleh Nais (2001). Allah berfirman dalam surat At-Thaha ayat 53 yang berbunyi:
Artinya: “Yang Telah menjadikan bagimu bumi sebagai hamparan dan yang Telah menjadikan bagimu di bumi itu jalan-ja]an, dan menurunkan dari langit air hujan. Maka kami tumbuhkan dengan air hujan itu berjenis-jenis dari tumbuh-tumbuhan yang bermacam-macam.” (Q.S. At-Thaha: 53). Dalam ayat ini Allah menjelaskan diantara bukti keagungan dan kekuasanNya adalah menurunkan air dari langit dan menumbuhkan tumbuh-tumbuhan yang bermacam-macam, oleh karena itu tumbuhan yang sudah ditumbuhkan oleh Allah Swt. Keanekaragaman tersebut nampak pada tingkat spesies Rafflesia. 2.1.3 Siklus Hidup dan Ekologi Siklus hidup Rafflesia meliputi: perkecambahan biji; perkembangan Rafflesia di dalam inang (fase kopula); munculnya kuncup bunga; perkembangan bunga (fase brakta); proses mekar; pembusukan bunga; pemasakan buah dan biji; serta pemencaran biji Rafflesia (Nais, 2001 dimodifikasi oleh Susatya, 2011). Jika diperhatikan, tahapan fase vegetatif (pembentukan organ daun dan batang) tidak terjadi dalam siklus hidup Rafflesia. Hal tersebut merupakan khas dalam proses pembungaan Rafflesia, yang akhirnya menjadi pembeda Rafflesia (Rafflesiacae)
13
dari Spermatophyta lainnya. Pada umumnya perkembangan bunga tumbuhan tinggi diawali dari proses perkembangan organ vegetatif kemudian terjadi transisi dari fase vegetatif ke fase generatif (Salisbury, 1995).
Gambar 2.4 Rekonstruksi Siklus Hidup Rafflesia (Nais, 2001) Keterangan: A. B. C. D. E.
Biji (diperlukan waktu 2-3 tahun untuk menuju fase B) Kopula (diperlukan waktu 272-400 hari untuk menuju fase C) Braktea (diperlukan waktu 1-14 hari untuk mekar) Bunga mekar (diperlukan waktu 5-7 hari bunga mekar hingga membusuk) Buah Masak (diperlukan 6-8 bulan buah masak setelah bunga mekar)
14
Pandangan
Al-Qur’an
terhadap
proses
perkembangan
tumbuhan
digambarkan pada beberapa ayatNya, di antaranya disebutkan dalam Q.S. AlAn’aam:
Artinya: Dan Dialah yang menurunkan air hujan dari langit, lalu Kami tumbuhkan dengan air itu segala macam tumbuh-tumbuhan. Maka Kami keluarkan dari tumbuh-tumbuhan itu tanaman yang menghijau. Kami keluarkan dari tanaman yang menghijau itu butir yang banyak; dan dari mayang korma mengurai tangkai-tangkai yang menjulai, dan kebunkebun anggur, dan (kami keluarkan pula) zaitun dan delima yang serupa dan yang tidak serupa. Perhatikanlah buahnya di waktu pohonnya berbuah dan (perhatikan pulalah) kematangannya. Sesungguhnya pada yang demikian itu ada tanda-tanda (kekuasaan Allah) bagi orang-orang yang beriman. (QS. Al-An’aam: 99) Secara tersirat, ayat di atas menjelaskan tentang sebuah pemahaman yang sistemik tentang siklus hidup tumbuhan secara umum sekaligus menjelaskan bahwa mekanisme perkembangan tumbuhan secara bertahap, dimulai dari perkecambahan; pertumbuhan vegetatif; pembungaan; perkembangan buah dan pemasakan
buah,
masing-masing
didukung
oleh
faktor
lingkungan.
Perkembangan Rafflesia memiliki kajian tersendiri karena seolah terdapat deviasi dibandingkan tumbuhan tinggi pada umumnya. Sebagai tanda kehidupan biologis, mempelajari proses pembungaan merupakan salah satu bentuk manifestasi keimanan kepada Allah Swt., Tuhan semesta alam yang menciptakan Rafflesia.
15
Bunga Rafflesia hidup pada sistim perakaran atau batang tumbuhan inang Tetrastigma. Hubungan inang-parasit Rafflesia dan Tetrastigma. sangat unik dalam dunia tumbuhan. Meskipun Tetrastigma merupakan tumbuhan yang tersebar luas di Indonesia, tidak semua inang ditumbuhi Rafflesia (Susatya, 2011). Penyerbukan Rafflesia adalah peristiwa yang belum diketahui secara ilmiah. Disebutkan oleh Nais, (2001) bahwa penyerbukan bagi Rafflesia merupakan hal yang sangat sulit karena melibatkan kombinasi berbagai faktor yang berakibat pada terbatasnya kesempatan untuk menghasilkan buah. Faktorfaktor tersebut diantaranya: bunga jantan dan betina terpisah; ketidakserempakan masa berbunga; masa periode berbunga yang pendek; viabilitas pollen yang terbatas. Sehingga keberadaan agen penyerbuk sangatlah penting. Penyerbukan Rafflesia diperantarai oleh lalat. Lalat tersebut dapat memasuki bagian bunga Rafflesia hingga mencapai bagian polen yang cukup dalam. Meskipun angin tidak berperan langsung sebagai agen penyerbukan, namun angin dapat menyebarkan aroma khas dari bunga Rafflesia sehingga dapat mendatangkan serangga penyerbuk. Angin merupakan agen penyerbuk dari beberapa jenis tumbuhan. Peranan angin dalam menyerbukan (mengawinkan) tumbuhan digambarkan dalam Al-Qur’an surat Al-Hijr:
Artinya:”dan Kami telah meniupkan angin untuk mengawinkan (tumbuhtumbuhan) dan Kami turunkan hujan dari langit, lalu Kami beri minum kamu dengan air itu, dan sekali-kali bukanlah kamu yang menyimpannya.” (Q.S. Al-Hijr ayat 22)
16
Rafflesia berkembang biak dengan biji yang penyebarannya dibantu oleh binatang. Beberapa referensi menyebutkan serangga, angin, air maupun binatang mamalia seperti landak, tupai, babi hutan hingga gajah namun semua bersifat masih perkiraan dan perlu diteliti lebih jauh (Susatya, 2011). Kulit buahnya keras yang memang hanya dapat dipecahkan oleh binatang-binatang tersebut. Zuhud et. al., (1998) menjelaskan bahwa Rafflesia dapat ditemukan baik di hutan primer maupun hutan sekunder. Penyebarannya sangat tergantung pada penyebaran tumbuhan inangnya yaitu Tetrastigma. Namun demikian tidak semua Tetrastigma ditumbuhi Rafflesia walaupun di habitatnya sekalipun. Rafflesia umumnya ditemukan pada inang yang hidup di tempat-tempat yang dekat dengan sumber mata air. Ketinggian dan kemiringan lahan tempat tumbuhnya sangat bervariasi tergantung dari jenisnya, mulai 5 m (Rafflesia patma di Jawa Barat) hingga 1400 m di atas permukaan air laut (Rafflesia pricei di Sabah dan Rafflesia rochusenii di Jawa Barat). 2.2 Teknik Isolasi DNA Porebski, S.L., et, al., (1997) menyatakan bahwa, metode isolasi DNA tumbuhan yang umum digunakan adalah metode CTAB (Cetytrimetihyl Ammonium Bromide) dan SDS (Sodium Deoecyl Sulfate). Akan tetapi, metode ini juga telah banyak mengalami modifikasi disesuaikan dengan tujuan isolasi dan jenis tumbuhan yang akan diisolasinya. Proses pengeluaran DNA dari nukleus, mitokondria maupun organel lain dengan cara diekstraksi dan dilisiskan biasanya dilakukan dengan homogenasi dengan penambahan bufer ekstraksi atau bufer lisis agar DNA tidak rusak.
17
Pada
kondisi
sampel
tertentu,
untuk
membantu
lisis
membran
sel/nukleus/organel atau juga dinding sel maka sampel tumbuhan dimasukkan ke dalam nitrogen cair dan langsung digerus sebelum ditambahkan bufer ekstraksi. Senyawa yang digunakan untuk memaksimalkan hasil isolat DNA yang murni ditambahkan yaitu fenol, kloroform, dan isoamil-alkohol (Fatciyah, 2011). Kotoran akibat lisis sel dipisahkan dengan cara sentrifugasi. Proses sentrifugasi dengan kecepatan tinggi akan mengendapkan tepung berwarna putih (DNA) dan menempel di dasar tabung ependorf. Secara kimiawi penghancuran sel dilakukan dengan memanfaatkan senyawa kimia seperti ethyllenediamine tetraacetic (EDTA), Sodium Dodecyl Sulfate (SDS) dan Triton X-100. EDTA berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion magnesium (ion ini berfungsi untuk mempertahankan aktifitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat). Enzim proteinase K dapat digunakan untuk menghancurkan protein dan enzim RNAse digunakan untuk menghancurkan RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh (Muhammad, S.A., dan Praseno. 1991). Untuk membantu terjadinya lisis biasanya dilakukan inkubasi pada suhu sekitar 60o C. Dalam proses ini biasa digunakan senyawasenyawa phenol, chloroform dan isoamyl alcohol untuk memaksimalkan proses lisis (Sambrook, 1989). Kontaminan yang umum ditemukan adalah polisakarida yang dapat mengganggu proses PCR dengan cara menghambat aktivitas Taq polimerase, atau polifenol yang dalam keadaan teroksidasi akan mengikat DNA secara kovalen. Untuk menghindari hal ini jaringan yang digunakan dipertahankan agar tetap
18
dingin sebelum dan selama proses ekstraksi. Selain itu dilakukan penambahan antioksidan seperti PVP (Wilkins dan Smart, 1996). Setelah dilakukan ekstraksi, maka proses dilanjutkan dengan presipitasi DNA dengan menggunakan etanolabsolut atau isopropanol. Selain DNA, semua bahan yang lain akan larut dalam etanol yang dingin. Dengan demikian, saat dilakukan sentrifugasi, maka DNA akan mengendap dan terpisah dari senyawasenyawa atau bahan lain. Fatchiyah, (2011) menjelaskan bahwa, selama proses ekstraksi DNA beberapa hal yang bisa terjadi adalah: DNA patah-patah selama proses isolasi; DNA terdegradasi oleh enzim nuklease; terjadi kontaminasi oleh polisakarida dan metabolit sekunder ikut terisolasi 2.3 Uji Hasil Isolat DNA Kuantitas DNA diukur melalui spektrofotometri sinar ultra-violet dengan alat spektrofotometer. Banyaknya radiasi ultraviolet yang diserap oleh larutan DNA berbanding lurus dengan banyaknya DNA dalam sampel. Penyerapan sinar tersebut oleh nukleotida secara maksimal dicapai pada λ 260 nm, sedangkan penyerapan maksimal oleh protein dicapai pada λ 280 nm.Kemurnian larutanDNA tersebut dapat dilihat dengan membagi nilai A260/280. Molekul DNA dikatakan murni jika rasio kedua nilai tersebut berkisar antara 1,8 – 2,0. Jika nilai rasio lebih kecil dari 1,8 maka masih ada kontaminasi protein atau fenol di dalam larutan (Sulandari,S dan M.S.A. Zein. 2003). Uji kualitatif standar yang digunakan untuk identifikasi, pemisahan, dan purifikasi fragmen DNA adalah menggunakan elektroforesis gelagarosa. Migrasi
19
elektroforesis DNA melalui gel agarosa dipengaruhi oleh faktor ukuran dan konformasi molekul DNA, kosentrasi DNA, arus listrik, dan suhu. Pewarna etidium bromida (EtBr) digunakan untuk alat identifikasi dan mengukur semikualitatif fragmen DNA yang terpisah dalam gel. EtBr ini akan terikat di antara dua untai ganda DNA, sehingga pita DNA dalam agarosa akan berpendar karena pewarna ini mengandug zat fluresen. Ikatan DNA-EtBr ini kan terkespos pada sinar UV level medium, sekitar panjang gelombang λ300 nm (Fatciyah, 2011). 2.4 Herbarium Herbarium merupakan suatu spesimen dari bahan tumbuhan yang telah dimatikan dan diawetkan melalui metode tertentu. Herbarium biasanya dilengkapi dengan data-data mengenai tumbuhan yang diawetkan, baik data taksonomi, morfologi, ekologi, maupun geografinya. Selain itu dalam herbarium juga memuat waktu dan nama pengkoleksi (Steenis, 1950). Fungsi Herbarium adalah sebagai berikut: a. Sebagai pusat referensi; merupakan sumber utama untuk identifikasi tumbuhan bagi para ahli taksonomi, ekologi, petugas yang menangani jenis tumbuhan langka, pecinta alam, para petugas yang bergerak dalam konservasi alam. b. Sebagai lembaga dokumentasi merupakan koleksi yang mempunyai nilai sejarah, seperti tipe dari taksabaru, contoh penemuan baru, tumbuhan yang mempunyai nilai ekonomi dan lain-lain.
20
c. Sebagai pusat penyimpanan data ahli kimia memanfaatkannya untuk mempelajari alkaloid, ahli farmasi menggunakan untuk mencari bahan ramuanuntuk obat kanker, dan sebagainya Terdapat beberapa kelemahan pada herbarium yaitu; spesimen mudah mengalami kerusakan akibat perawatan yang kurang memadai maupun karena frekuensi pemakaian yang cukup tinggi untuk identifikasi dan pengecekan data secara manual, tidak bisa diakses secara bersama-sama oleh berberapa orang, biaya besar; tidak bisa diakses sewaktu-waktu dan tidak dapat diakses dari jarak jauh (Waluyo, 2000).
